Difference between revisions of "Eos"
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Revision as of 05:07, 18 July 2014
Eos is an electron microscope image analysis software developed and published since 1996 by Takeyuki Wakabayashi and Takuo Yasunaga. Originally was a collection of programs of 50 or so. Then by software development with students, it is an integrated environment that is composed of program of about 400 on the electron microscope image processing, currently.
Contents
Overview of Eos
Eos is named using first letters of "Extensible Object-oriented System" after the goddess of the dawn Eos in Greek mythology. We have the hope that many programs will be developed from here. We think there is a strong transmission for many of the commands and rapid development, and the development of effective programs for the user through integration. At present, it is referred to as a platform that such program environment is established, but it was called "environment" because it was not a word popular development at that time.
1996 - 2011
Eos system supplies four types of codes. We provid two of them for Developers, other two for Users. The support for Developers of the former are Object-oriented library and Prototype and Source code, the support for Users of the latter are Small Tools of viable and Integration program that integrates them. Integration program is one that is provided as part of the command as Display2, and Makefile( In the future, integrating to PIONE with GUI) for make.
2011 -
We added the class of Experts to categories such as the Users and the Developers. One fo the Experts is the layer that can be programmed in the scripting language level and electron microscope image processing. In addition, it was running by integrating of make through shell script initially, after that the time has change when computing environment itself become cloud and cooperative computing systems, so we decided to achieve the transformation to a platform to help them. It is developing, however we aim to the Enhancement of the layers of the scripting language and the level including those related to the display, such as a GUI.
And we describe Loadmap about the direction of future development.
Supports for Users
For users to perform an electron microscope image processing, Eos provides a program of more than 400 in 2012, and Integrated program of their such as for Electron tomography and Single particle analysis.
Commands(Small Tools)
Eosの発想は、UNIXのそれに近い。UNIXでは、ls/cat/grep/sedなどの各々特定の仕事に特化したコマンドが提供され、シェルスクリプトの形でそれらをまとめ、より大きな仕事を行う。Eosでも、基本的には、小さいプログラムを組み合わせて、大きな仕事（単粒子解析や電子線トモグラフィー）などを統合プログラムにより行う。前処理・後処理に利用する一般的な画像処理、3次元再構成のためのコマンド、電子顕微鏡画像の補正に関わるもの、など、コマンド一覧や機能別コマンド一覧の詳細は各々別ページを参考にしてもらいたい。
加えて、それぞれのコマンド群を、ブラウザGUIを通して実行するためのツールの開発を進めている。
統合プログラム(Integration Tools)
Eosでは、電子線トモグラフィーなどの大きな仕事はこの統合プログラムを用いて行う。また、オブジェクト指向型ライブラリをAPIとして用いる統合コマンドも提供している。前者は、コマンド群を用いた統合化を、後者の多くは、ライブラリにより提供されるAPIによる統合化を提供している。
Makefileによる提供
電子顕微鏡画像の補正、電子線トモグラフィー、単粒子解析（参照有単粒子解析、ランダムコニカル傾斜、コモンライン型3次元再構成など）、らせん対象性をつかった3次元再構成等の基本Makefileを提供している。これらのMakefileは、更に個々のユーザー（ここでは、エキスパートと呼ぶ）により、改良され、個々の解析に利用されている。Eosでは基本的なMakefileを主として提供する。
PIONEによる提供
現在、分散環境で実行できることを目指して、新しい統合プログラム(PIONE)の開発が急ピッチで進んでいる。既に、β版は公開されており、画像処理部分の移植が進んでいる。
統合コマンド
Display2、ctfDisplay、molvie、smoletのように、オブジェクト指向型ライブラリやコマンド群をAPIとして用い、統合したプログラムも提供する。Display2はImageJを目指して、smoletはetomoや3dmodを目指して、作成を続けているものである。
Eos is an environment for image analysis of electron micrographs. Eos system supplies four types of codes.
