Difference between revisions of "pdb2mrc2d"
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>Essential</td> | <td>Essential</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Input: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Output: [[mrcImage]](2D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-O</td> | <td>-O</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Output: [[mrcImage]](3D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>Essential</td> | <td>Essential</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Width per 1pixel</td> |
<td>5.0 5.0</td> | <td>5.0 5.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-s</td> | <td>-s</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Position of image</td> |
<td>0.0 0.0</td> | <td>0.0 0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-n</td> | <td>-n</td> | ||
<td>Essential</td> | <td>Essential</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Size of image</td> |
<td>0 0</td> | <td>0 0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-Rot</td> | <td>-Rot</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Rotaiton (x-axis, y-axis)</td> |
<td>1 1</td> | <td>1 1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-S</td> | <td>-S</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Rotation (order z-axis -> x-axis -> y-axis)</td> |
<td>0.0 0.0 0.0</td> | <td>0.0 0.0 0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 62: | Line 62: | ||
<td>-startEA</td> | <td>-startEA</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td>[[Euler Angle]] | + | <td>[[Euler Angle]]</td> |
<td>YOYS 0.0 0.0 0.0</td> | <td>YOYS 0.0 0.0 0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 68: | Line 68: | ||
<td>-EAMode</td> | <td>-EAMode</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>RotationMode</td> |
<td>YOYS</td> | <td>YOYS</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 74: | Line 74: | ||
<td>-EARot1</td> | <td>-EARot1</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>FirstRotation</td> |
<td>5.0 0.0 180.0</td> | <td>5.0 0.0 180.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 80: | Line 80: | ||
<td>-EARot2</td> | <td>-EARot2</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>SecondRotation</td> |
<td>5.0 0.0 180.0</td> | <td>5.0 0.0 180.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 86: | Line 86: | ||
<td>-w</td> | <td>-w</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Weight</td> |
<td>1.0</td> | <td>1.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 92: | Line 92: | ||
<td>-sig</td> | <td>-sig</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Atom Radius: [A]</td> |
<td>0.0</td> | <td>0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| Line 98: | Line 98: | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>Optional</td> | <td>Optional</td> | ||
| − | <td> | + | <td>Mode</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
Revision as of 02:50, 7 August 2014
pdb2mrc2d Eos's Command that converts from PDB file to mrcImage file.
Contents
List of option
Main option
| Option | Essential/Optional | Description | Default |
|---|---|---|---|
| -i | Essential | Input: PDB | NULL |
| -o | Optional | Output: mrcImage(2D) | NULL |
| -O | Optional | Output: mrcImage(3D) | NULL |
| -d | Essential | Width per 1pixel | 5.0 5.0 |
| -s | Optional | Position of image | 0.0 0.0 |
| -n | Essential | Size of image | 0 0 |
| -Rot | Optional | Rotaiton (x-axis, y-axis) | 1 1 |
| -S | Optional | Rotation (order z-axis -> x-axis -> y-axis) | 0.0 0.0 0.0 |
| -startEA | Optional | Euler Angle | YOYS 0.0 0.0 0.0 |
| -EAMode | Optional | RotationMode | YOYS |
| -EARot1 | Optional | FirstRotation | 5.0 0.0 180.0 |
| -EARot2 | Optional | SecondRotation | 5.0 0.0 180.0 |
| -w | Optional | Weight | 1.0 |
| -sig | Optional | Atom Radius: [A] | 0.0 |
| -m | Optional | Mode | 0 |
| -h | Optional | Help |
-m details
| Value | Description |
|---|---|
| 0 | メルカトール図法・等角 |
| 1 | モルワイデ図法・等角 |
| 2 | メルカトール図法・等積 |
| 3 | モルワイデ図法・等積 |
※Case: -Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の＋とーを逆にして実行する
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の＋とーを逆にして実行する
RotModeの設定 details
| 一桁目: | どの軸から回転を始めるか設定 |
| 二桁目: | 回転軸の順番を設定１ |
| O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する |
|
| 三桁目: | 回転軸の順番の設定２ |
| Y…順番を維持する N…順番を逆順にする |
|
| 四桁目: | 回転方法を設定 |
| Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる |
Execution example
Input file image
pdbInfoでみたInput fileの詳細
Output file image
Optionを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回のInput fileでは下記のようにOptionを設定すると、物体がほぼ中心に写る
今回のInput fileでは下記のようにOptionを設定すると、物体がほぼ中心に写る
| -d | 0.8 0.8 |
| -s | -40 -40 |
| -n | 100 100 |
Output file→2D
Output file→3D
このOptionを使用した場合、二つ's imageに相違点はない
Option -Rot
-Rot 6 6に設定
Output file→2D
Output file→3D（2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している）
| ｘｙ平面の図 | ｙｚ平面の図 |
 |
 |
Option -S
-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定
Output file→2D
Option -startEA
-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定
Output file→2D
Option -EAMode
-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定
Output file→2D
-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定
Output file→2D
Option -EARot1,-EARot2
-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定
Output file→2D
Option -sig
-sig 1に設定、Output fileは-oとする
Option -w
-w 10に設定、Output fileは-oとする
-wを指定しなかった場合's imagedata
-w 10を指定した場合's imagedata
Option -m
| Case: m=0 | |
|
 |
| Case: m=1 | |
 |
File:m1-pdb2mrc2d.png |
| Case: m=2 | |
 |
File:m2-pdb2mrc2d.png |
| Case: m=3 | |
 |
File:m3-pdb2mrc2d.png |
今回's imageでは変化がわかりづらいが、画像dataの詳細を見ると、変化があることが分かる
