Difference between revisions of "Display2"

Revision as of 06:31, 20 August 2014

Display2 is the Command for image display on Eos. It can also cut out ROI(Region of Interest) from image. In addition, it can display Fourier transform image. And, in the case of 3D data, it can display its section.

List of option

Main option

Option	Essential/Optional	Description	Default
-i	Optional	Input: mrcImage	NULL
-t	Optional	Template for InputFile	85.roi
-o	Optional	Logfile	.EosLog
-L	Optional	LowThreshold	0.0(if not set, not use.)
-H	Optional	HighThreshold	0.0(if not set, not use.)
-Zoom	Optional	Zoom for InputFile	1.0
-Inverse	Optional	Inverse (HighValue(dark)<->LowValue(bright)) for InputFile
-display	Optional		:0.0
-geometry	Optional	Initial size and position of window.	1024x1024+0+0
-c	Optional	ConfigurationFile	NULL
-m	Optional	Mode	0
-h	Optional	Help

If not set -L or -H, estimate contrast at centre 64x64 image.

-m details

Value	Description
0

-geometry 's argument format

-geometry (Size x)x(Size y)+(Position x)+(Position y)

Either Size or Position don't have to set.

Execution example

Input file image

Min

Max
Mean
SD

SE

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845

Case: Options only essential

File

File(Seq)
Edit
Window
ROI
Operation
Information

Help

file operation

Seq file operation
Edit
Window operation
ROI file creation
Image Process
Information display

Help

Option -L, -H

Case: L=0, H=30000

Set -L, -H about image, then it can display at wished range.

Option -Zoom

Case: Zoom=2

Option -Inverse

Option -geometry

Case: geometry=250x350+100+100

The following window is shown right bottom than default.

File Menu

Open

New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As

Exit

Open the file at same window.

Open the file at new window.
Save as PS file.
Save as file. (Not implemented)
Extract as ROI file
Save image as PS file

Exit

Open

New

Save Image(PS) As

Save Image(BYTE) As

Extract ROI(REAL) As

Output as ROI file by setting range and size.

Save Canvas(PS) As

Save PS file as the following.

File(Seq) Menu

Open
New

Open the file at same window.
Open the file at new window.

Open

New

Editメニュー

Cancel

OK
Move
Resize
Rotate
All Delete
Delete
ZoomIn
ZoomOut

ROIInfo

切り出し範囲の取り消し

切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の移動
切り出し範囲のサイズ変更
切り出し範囲の回転
全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト

ROI Informationウィンドウを開く

Cancle

切り出し範囲を取り消す

->

OK

切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)

->

Move

ドラッグにより移動ができる

->

Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる

->

Rotate

ドラッグにより回転ができる

->

All Delete

全ての切り出し範囲を削除する

->

Delete

Currentの切り出し範囲を削除する

->

->

ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍の範囲で拡大表示する

->

ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍の範囲で縮小表示する

->

ROIInfo

ROIfile設定およびOutputができる

Rectrangleの場合

Lineの場合

Splineの場合

Extract

設定した範囲やサイズでROIfileをOutputする

AfterExtract

Viewにチェックを入れてExtractすると、OutputしたROIfileを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)

->

Redraw

MultiShape

複数のROIfileがOutput可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Windowメニュー

New Wondow

新規のウィンドウを開く

New Window

ROIメニュー

Rectangle

Line
Spline
Create
Select
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock

ROIInfo

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出し範囲を直線にする
切り出し範囲をスプライン曲線にする
切り出し範囲の新規作成
切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)
ズームイン
ズームアウト
ROIfileの複数切り出し

ROI情報を表示

Rectangle

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出した画像

Min

Max
Mean
SD

SE

-10973.5 (23, 0, 0)

52942.7 (19, 34, 0)
12818.1
10974.8

304.857

-o のログ

mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0

Line

切り出し範囲を直線にする

Spline

切り出し範囲をスプライン曲線にする

切り出した画像

Min

Max
Mean
SD

SE

-18651.7 (51, 1, 0)

52942.7 (12, 7, 0)
8339.4
10634.9

73.3183br>

-o のログ

mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0

Create

切り出し範囲を新規作成する

->

ZoomIn

Editメニューと同様

ZoomOut

Editメニューと同様

MultiROI

複数のROIfileがOutput可能になる

SizeLock

ROIInfo

Editメニューと同様

Operationメニュー

fft2d

FFT処理を行う

fft2d

Informationメニュー

画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる

Display2 Info

mrcImage Info
Image Info
Roi Info
LayerLine Info
Projection Info
Section Info
CTF Info
UnitCell Info

Scale Info

密度とFrequencyのグラフを表示する

Display2 Info

右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される

->

グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)

->

グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す

->

mrcImage Info

mrcImage's image情報が表示される

Display2 Infoと同様にグラフのピークの表示やズームができる

Image Info

クリックした箇所のdataが得られる

Roi Info

Editメニューと同様

LayerLine Info

Projection Info

Scetion Info

CTF Info

UnitCell Info

Scale Info

Helpメニュー

Help

@@ Line 226: / Line 226: @@
 <br>
-===File(Seq)メニュー===
+===File(Seq) Menu===
 	<table>
 		<tr>

Difference between revisions of "Display2"

Revision as of 06:31, 20 August 2014

Contents

List of option

Main option

-m details

-geometry 's argument format

Execution example

Input file image

Case: Options only essential

Option -L, -H

Case: L=0, H=30000

Option -Zoom

Case: Zoom=2

Option -Inverse

Option -geometry

Case: geometry=250x350+100+100

File Menu

Open

New

Save Image(PS) As

Save Image(BYTE) As

Extract ROI(REAL) As

Save Canvas(PS) As

File(Seq) Menu

Open

New

Editメニュー

Cancle

OK

Move

Resize

Rotate

All Delete

Delete

ZoomIn

ZoomOut

ROIInfo

Extract

AfterExtract

Redraw

MultiShape

Windowメニュー

New Window

ROIメニュー

Rectangle

Line

Spline

Create

ZoomIn

ZoomOut

MultiROI

SizeLock

ROIInfo

Operationメニュー

fft2d

Informationメニュー

Display2 Info

mrcImage Info

Image Info

Roi Info

LayerLine Info

Projection Info

Scetion Info

CTF Info

UnitCell Info

Scale Info

Helpメニュー

Navigation menu

Search