pdb2mrc2d

pdb2mrc2d Eos's Command that converts from PDB file to mrcImage file.

List of option

Main option

Option	Essential/Optional	Description	Default
-i	Essential	Input設定: PDB	NULL
-o	Optional	Output設定: mrcImage(2D)	NULL
-O	Optional	Output設定: mrcImage(3D)	NULL
-d	Essential	1ピクセルのWidthを指定	5.0 5.0
-s	Optional	画像の位置を指定	0.0 0.0
-n	Essential	画像のサイズを指定	0 0
-Rot	Optional	回転（ｘ軸、ｙ軸のみ）	1 1
-S	Optional	Z軸→X軸→Y軸の順で回転	0.0 0.0 0.0
-startEA	Optional	Euler Angleを設定	YOYS 0.0 0.0 0.0
-EAMode	Optional	RotationModeを指定	YOYS
-EARot1	Optional	主となる回転	5.0 0.0 180.0
-EARot2	Optional	-EARot1とは別の回転	5.0 0.0 180.0
-w	Optional	重量を設定	1.0
-sig	Optional	原子の半径を指定	0.0
-m	Optional	Mode設定	0
-h	Optional	Help

-m details

Value	Description
0	メルカトール図法・等角
1	モルワイデ図法・等角
2	メルカトール図法・等積
3	モルワイデ図法・等積

※Case: -Sと-startEAの両方が宣言されていた場合、-Sを実行した後に-startEAが実行される
※軸を中心にもってきたい場合は、pdbInfoで軸を調べ、pdbMoveで軸の＋とーを逆にして実行する

RotModeの設定 details

一桁目:	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目:	回転軸の順番を設定１
	O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目:	回転軸の順番の設定２
	Y…順番を維持する N…順番を逆順にする
四桁目:	回転方法を設定
	Y…物体そのものをまわす D…座標を移動させる

Execution example

Input file image

pdbInfoでみたInput fileの詳細

Output file image

Optionを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回のInput fileでは下記のようにOptionを設定すると、物体がほぼ中心に写る

-d	0.8 0.8
-s	-40 -40
-n	100 100

Output file→2D

Output file→3D

このOptionを使用した場合、二つ's imageに相違点はない

Option -Rot

-Rot 6 6に設定

Output file→2D

Output file→3D（2Dの結果を繋ぎ、3Dで出力している）

ｘｙ平面の図	ｙｚ平面の図

Option -S

-Rot 6 6、-S 30 30 30に設定

Output file→2D

Option -startEA

-Rot 6 6、-startEA XOYS 30 30 30に設定

Output file→2D

Option -EAMode

-Rot 6 6、-EAMode XOYSに設定

Output file→2D

-Rot 6 6、-EAMode YOYSに設定

Output file→2D

Option -EARot1,-EARot2

-EARot1 10 20 70,-EARot2 20 50 100に設定

Output file→2D

Option -sig

-sig 1に設定、Output fileは-oとする

Option -w

-wを指定しなかった場合's imagedata

-w 10を指定した場合's imagedata

Option -m

Case: m=0
Case: m=1
	File:m1-pdb2mrc2d.png
Case: m=2
	File:m2-pdb2mrc2d.png
Case: m=3
	File:m3-pdb2mrc2d.png

今回's imageでは変化がわかりづらいが、画像dataの詳細を見ると、変化があることが分かる