Display2

Display2 is、Eosにおける画像表示のためのCommandです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、３Ｄのdataの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。

List of option

Main option

Option	Essential/Optional	Description	Default
-i	Optional	Input: mrcImage	NULL
-t	Optional	Template for InputFile	85.roi
-o	Optional	Logfile	.EosLog
-L	Optional	LowThreshold	0.0(if not set, not use.)
-H	Optional	HighThreshold	0.0(if not set, not use.)
-Zoom	Optional	Zoom for InputFile	1.0
-Inverse	Optional	Inverse (HighValue(dark)<->LowValue(bright)) for InputFile
-display	Optional		:0.0
-geometry	Optional	Initial size and position of window.	1024x1024+0+0
-c	Optional	ConfigurationFile	NULL
-m	Optional	Mode	0
-h	Optional	Help

If not set -L or -H, estimate contrast at centre 64x64 image.

-m details

Value	Description
0

-geometry 's argument format

-geometry (Size x)x(Size y)+(Position x)+(Position y)

Either Size or Position don't have to set.

Execution example

Input file image

Min Max Mean SD SE

-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) 7214.87 10067.6 125.845

Case: Options only essential

File File(Seq) Edit Window ROI Operation Information Help

file操作 Seqfile操作 編集 ウィンドウ処理 ROIfileの作成 画像処理 情報の表示 ヘルプ

Option -L, -H

L=0, H=30000

-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる

Option -Zoom

Zoom=2

Option -Inverse

Option -geometry

geometry=250x350+100+100

以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される

Fileメニュー

Open New Save Image(PS) As Save Image(BYTE) As Extract ROI(REAL) As Save Canvas(PS) As Exit

同じウィンドウでfileを開く 新規ウィンドウでfileを開く PSfileで保存 バイナリfileで保存(Not implemented) ROIfileに展開 画像をPSfileで保存 終了

Extract ROI(REAL) As

設定した範囲やサイズでROIfileをOutputする

Save Canvas(PS) As

保存したPSfile

File(Seq)メニュー

Open New

同じウィンドウでfileを開く 新規ウィンドウでfileを開く

Editメニュー

Cancel OK Move Resize Rotate All Delete Delete ZoomIn ZoomOut ROIInfo

切り出し範囲の取り消し 切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ) 切り出し範囲の移動 切り出し範囲のサイズ変更 切り出し範囲の回転 全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ) 切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ) ズームイン ズームアウト ROI Informationウィンドウを開く

Cancle

切り出し範囲を取り消す

->

OK

切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)

->

Move

ドラッグにより移動ができる

->

Resize

ドラッグによりサイズ変更ができる

->

Rotate

ドラッグにより回転ができる

->

All Delete

全ての切り出し範囲を削除する

->

Delete

Currentの切り出し範囲を削除する

->

->

ZoomIn

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する

->

ZoomOut

元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する

->

ROIInfo

ROIfile設定およびOutputができる

Rectrangleの場合

Lineの場合

Splineの場合

Extract

設定した範囲やサイズでROIfileをOutputする

AfterExtract

Viewにチェックを入れてExtractすると、OutputしたROIfileを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)

->

MultiShape

複数のROIfileがOutput可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される

Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される

Windowメニュー

New Wondow

新規のウィンドウを開く

New Window

ROIメニュー

Rectangle Line Spline Create Select ZoomIn ZoomOut MultiROI SizeLock ROIInfo

切り出し範囲を矩形サイズにする 切り出し範囲を直線にする 切り出し範囲をスプライン曲線にする 切り出し範囲の新規作成 切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ) ズームイン ズームアウト ROIfileの複数切り出し ROI情報を表示

Rectangle

切り出し範囲を矩形サイズにする

切り出した画像

Min Max Mean SD SE

-10973.5 (23, 0, 0) 52942.7 (19, 34, 0) 12818.1 10974.8 304.857

-o のログ

mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0

Line

切り出し範囲を直線にする

Spline

切り出し範囲をスプライン曲線にする

切り出した画像

Min Max Mean SD SE

-18651.7 (51, 1, 0) 52942.7 (12, 7, 0) 8339.4 10634.9 73.3183br>

-o のログ

mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0  74.0 12.0  37.0 26.0  62.0 39.0  41.0 73.0  23.0 72.0  10.0 65.0  19.0 53.0  6.0 34.0  8.0 14.0 

Create

切り出し範囲を新規作成する

->

ZoomIn

Editメニューと同様

ZoomOut

Editメニューと同様

MultiROI

複数のROIfileがOutput可能になる

ROIInfo

Editメニューと同様

Operationメニュー

fft2d

FFT処理を行う

Informationメニュー

画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる

Display2 Info mrcImage Info Image Info Roi Info LayerLine Info Projection Info Section Info CTF Info UnitCell Info Scale Info

密度とFrequencyのグラフを表示する

Display2 Info

右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される

->

グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)

->

グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す

->

mrcImage Info

mrcImage's image情報が表示される

Display2 Infoと同様にグラフのピークの表示やズームができる

Image Info

クリックした箇所のdataが得られる

Roi Info

Editメニューと同様

UnitCell Info

Helpメニュー

Help

Help