ctfZeroPoint

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ctfZeroPointとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-RMax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-dR 選択 空間周波数間隔[/A] 0.0001
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス: [A]:under(+) 27000
-dfMin 選択 デフォーカス最小値: [A] 0
-dfMax 選択 デフォーカス最大値: [A] 200000
-deltadf 選択 デフォーカス間隔[A] 2000
-A 選択 AmplitudeContrast/PhaseContrast 0.05
-N 選択 Ordinal number of zero point 1.0
-Ain 選択 照射半角[mrad] 0.02
-ctfMode 選択 CTFMode 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 One zero point
1 All zero points
2 All zero points along defocus

CTFModeの詳細

モード 説明
0 位相コントラストのみ
1 強度コントラストを加える


実行例

オプション必須項目のみの場合

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038443 


オプション -kV

kV=100で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.031647 


オプション -Cs

Cs=5.0で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038453 


オプション -df

df=20000で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   20000.000000 1        0.044674 


オプション -A

A=0.1で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.100000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038443 


オプション -N

N=2で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 2        0.054377 


オプション -ctfMode

ctfMode=1で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 1        0.038136 


オプション -m

m=1, N=2で実行

[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
   27000.000000 2       0.038443       0.054377


m=2で実行

その他のオプション設定なし
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
       0.000000               1       -1.000000
    2000.000000               1       -1.000000
    4000.000000               1       -1.000000
    6000.000000               1        0.081838
    8000.000000               1        0.070758
   10000.000000               1        0.063241
   12000.000000               1        0.057707
   14000.000000               1        0.053414
   16000.000000               1        0.049956

-中略-

   80000.000000               1        0.022330
   82000.000000               1        0.022056
   84000.000000               1        0.021792
   86000.000000               1        0.021537
   88000.000000               1        0.021291
   90000.000000               1        0.021053
   92000.000000               1        0.020823
   94000.000000               1        0.020600
   96000.000000               1        0.020384
   98000.000000               1        0.020175
  100000.000000               1        0.019972

-中略-

  190000.000000               1        0.014489
  192000.000000               1        0.014414
  194000.000000               1        0.014339
  196000.000000               1        0.014266
  198000.000000               1        0.014194
  200000.000000               1        0.014122


dfMin=8000, dfMax=100000, deltadf=4000で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast        0.050000 
Amount of Defocus [A]  Number          R [A] ......... 
    8000.000000               1        0.070758
   12000.000000               1        0.057707
   16000.000000               1        0.049956
   20000.000000               1        0.044674
   24000.000000               1        0.040777
   28000.000000               1        0.037750
   32000.000000               1        0.035311
   36000.000000               1        0.033290
   40000.000000               1        0.031581
   44000.000000               1        0.030111
   48000.000000               1        0.028829
   52000.000000               1        0.027698
   56000.000000               1        0.026690
   60000.000000               1        0.025785
   64000.000000               1        0.024966
   68000.000000               1        0.024220
   72000.000000               1        0.023538
   76000.000000               1        0.022910
   80000.000000               1        0.022330
   84000.000000               1        0.021792
   88000.000000               1        0.021291
   92000.000000               1        0.020823
   96000.000000               1        0.020384
  100000.000000               1        0.019972