コマンド
コマンドとはEosにおいて計算機への命令を実行するもの。Eosは基本的にキャラクタユーザインタフェース(CUI)によって操作する。
Eosにおけるコマンドの使用例
EosのコマンドはCUIへの標準入力(キーボードからの入力)で使用する。
$ Display2 -i MicroscopeImage.roi
上記のDisplay2コマンドは、mrcやroiイメージなどを表示する機能を持つ。 他にも粒子の切り出しなどを行うことができる。 Eosのコマンドはオプションに-hをつけるとその場でオプションヘルプを確認することが可能である。
$ Display2 -h
以下はDisplay2のヘルプの表示例である。
Usage: /home/people/keita1023/Eos/bin/X86LINUX64/Display2 Options: [-i[nput] In (NULL )] :Optional :InputDataFile [-t[epmlate] Template (85.roi )] :Optional :Template for InputFile [-H[ighForThres] ThresHigh (0.0 )] :Optional :Template for InputFile [-L[owForThres] ThresLow (0.0 )] :Optional :Template for InputFile [-Zoom Zoom (1.0 )] :Optional :Zoom for InputFile [-Inverse ] :Optional :Inverse (HighValue(dark)<->LowValue(bright)) for InputFile [-o[utput] Out (.EosLog )] :Optional :OutputLogFile [-display geometry (:0.0 )] :Optional :OutputLogFile [-geometry display (1024x1024+0+0)] :Optional :OutputLogFile [-c[onfig] configFile (NULL )] :Optional :ConfigurationFile [-m[ode] mode (0 )] :Optional :Mode New wish commands of Display2 mrcInfoSet [z|min|max] value mrcInfoSet [log|pow] mrcInfoGet [Nx|Ny|Nz|Max|Min|Mean|Hist]
Eosが用意しているコマンド群（コマンド一覧、機能別コマンド一覧）は、2012年時点で約400種ほどあり、多くの画像処理を行う事ができます。
PIONEにおけるコマンド
PIONEのコマンドのほとんどはPIONE Webclientの管理者やPIONE定義書やパッケージを作成するエキスパート向けに用意されています。ユーザの方は予め作成されたPIONE定義書やパッケージをウェブページなどのGUIで操作するので、コマンドを実行する必要はありません。
コマンドの一覧についてはPIONEコマンド一覧または機能別PIONEコマンド一覧をご覧下さい。
Linuxにおけるコマンド
最近はWindowsチックなLinuxとしてUbuntuが急速に普及しているが、まだまだLinuxはCUIに免疫が無い者にとって手が出しにくいOSである。 以下にEosの使用に最低限必要であるコマンドを並べるが、書籍や専門サイトを参照することを推奨する。
ls
現在の場所のディレクトリに含まれるファイルやディレクトリを表示するコマンド。
$ ls aaa.txt bbb.txt
pwd
現在の場所のディレクトリの位置を知るコマンド。
$ pwd /net/pc100/***/***/home
cd
ホームディレクトリに戻るコマンド。別のディレクトリに移動する場合も使用する。
$ pwd /net/pc100/***/***/home $ cd ./aaa pwd /net/pc100/***/***/home/aaa $ cd /net/pc100/***/***/home
cp
ファイルを別の場所にコピーするコマンド。
$ cp before.txt ./aaa/after.txt
mv
ファイルを別の場所に移動するコマンド。
$ mv before.txt ./aaa/after.txt
また、mvはファイル名やディレクトリ名を変更することもできる。
$ ls before.txt $ mv before.txt after.txt $ ls after.txt
