Gautomatch

Gautomatch'

　テンプレート有もしくは無の条件で，クライオ電子顕微鏡の画像から，精確に，高速に，柔軟に，かつ，十分に自動的に粒子抽出を行うことができるソフトウェア。GPUにより加速されている。

使い方

$ Gautomatch [options] <micrographs>

基本のオプション
option	default	説明
-apixM	1.34	ピクセルサイズ（A）
-diameter	400	粒子の直径（A）
-T	NONE	粒子のテンプレート（MRCのスタックファイル），提供されない場合は，自動生成する。
-apixT	1.34	粒子のテンプレート画像のピクセルサイズ（A）

付加的なオプション
option	default	説明
--ang_step	5	角度ステップ（但，テンプレートが設定された場合），自動でテンプレートを生成する場合には無効
--speed	2	高速化レベル[0, 1, 2, 3, 4], 大きい値になるほど，より高速化されるが，精度が下がる。
--boxsize	128	BOXの大きさ（pix）
--min_dist	300	粒子間の最小距離（A）

下記のHPを参照