mrcImage2pdb

提供: Eospedia
MrcImage2pdbから転送)
移動: 案内検索

mrcImage2pdbとはmrcImageファイルからPDBファイルに変換するEosコマンドである。出力するPDBファイルは全てアルファ炭素で構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-hi 選択 Value of high threshold. Default is the MAX. 0
-lo 選択 Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用) 0
-L 選択 原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)
-Skip 選択 Skip atoms. 1
-R 選択 Random 0
-d 選択 Delta to select atoms to avoid too much concentration.
(範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)
0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 5
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0 1ボクセルに1原子
1 1ボクセルに8原子
2 On the surface of high threshold. Atoms few.
3 On the surface of high threshold. Atoms medium.
4 On the surface of high threshold. Atoms many
5 (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Input1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション -hi

hi=1e-3で実行

Outdata-hi-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02

3.279044e+02

205.11 206.48 252.16


オプション -Skip

Skip=10, hi=1e-3で実行

Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02

3.360901e+02

214.27 208.64 253.12


オプション -R

R=10, hi=1e-3で実行

Outdata-R-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02

3.468584e+02

225.08 226.31 271.93


オプション -m

m=0で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-m0-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.218664e+02

201.60 203.58 248.94


lo=2で実行

Outdata-m0lo-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.782154e+02 2.705846e+02 3.485538e+02

3.201251e+02

206.22 201.42 251.45


m=1で実行

Outdata-m1-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.251428e+02

203.60 205.58 250.94


m=2, hi=1e-3で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-m2-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02

3.277470e+02

209.41 210.36 256.15


-Lで実行

Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png
水色: -Lあり 茶色: -Lなし

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02

3.247068e+02

205.39 206.41 252.28


d=1e-3で実行
Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02

3.278861e+02

209.59 210.55 256.28


m=3, hi=1e-3で実行

Outdata-m3-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02

3.322329e+02

209.37 210.18 256.22


m=4, hi=1e-3で実行

Outdata-m4-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02

3.347665e+02

209.26 210.07 256.25