mrcImageCTFObservation

mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。出力ファイルはCTF補正のテスト用入力ファイルとして使用することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-o	選択	出力ファイル: mrcImage	NULL
-ctf	選択	入力ファイルctfInfo：ctfDisplayなどの出力ファイルを読み込むことが出来ます。	標準入力
-kV	選択	加速電圧[kV]	200
-Cs	選択	球面収差係数[mm]	2.1
-df	選択	デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)]	27000
-A	選択	強度コントラスト比(Amplitude/Phase)	0.0
-Ain	選択	IlluminationAperture[mrad] (ctfMode=+32で使用)	0.0
-white	選択	白色ノイズ比(Noise/Signal)	1.0
-SinWin	選択	RMin[A-1] RMax[A-1]	0.1 1.0
-ctfMode	選択	ctfMode	0
-Astig	選択	dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある)	0 0 0
-c	選択	configFile	NULL
-m	選択	mode	0

-ctfMode の詳細

モード	説明
0	位相のみ
1	位相+強度コントラスト
+32	照射角を考慮する
+256	絶対値を割り当てる（位相を補正した画像に対応します。位相分を適用しません。）

実行例

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 255 (49, 32, 0) 21.0538 47.6709 0.595886

オプション必須項目のみの場合

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) 3.09135e-08 14.5936 0.18242

オプション　-kV

kV=100で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-77.1076 (55, 33, 0) 65.1303 (29, 27, 0) -9.05973e-09 16.5308 0.206634

オプション　-Cs

Cs=2で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-73.5104 (35, 36, 0) 57.3753 (50, 50, 0) -1.75032e-08 14.5937 0.182421

オプション　-df

df=54000で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-73.2264 (52, 35, 0) 61.0619 (26, 25, 0) 5.85006e-08 17.7402 0.221752

オプション　-Astig

Astig=(-54000, 54000, 45)で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-56.8104 (43, 35, 0) 57.875 (19, 31, 0) -2.03236e-09 15.2833 0.191041

オプション　-ctfMode

ctfMode=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) -2.4918e-08 14.5936 0.18242

ctfMode=1, A=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-261.062 (39, 38, 0) 47.4055 (28, 25, 0) -21.0538 53.1561 0.664451

ctfMode=32で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) 1.68348e-08 14.5936 0.18242

ctfMode=32, Ain=0.1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0) 48.4524 (50, 51, 0) 8.87936e-09 13.2796 0.165995

ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-252.869 (39, 38, 0) 41.5229 (27, 26, 0) -21.0538 52.1879 0.652349

ctfMode=256で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-50.3091 (27, 31, 0) 82.1957 (55, 35, 0) 4.93391e-08 14.5936 0.18242

ctfMode=257, A=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-30.7261 (26, 25, 0) 270.018 (36, 38, 0) 21.0538 53.1561 0.664451

ctfMode=288, Ain=0.1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-45.6686 (27, 31, 0) 65.0675 (55, 35, 0) 2.81725e-08 13.2796 0.165995

ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-27.2028 (26, 26, 0) 254.183 (36, 38, 0) 21.0538 52.1879 0.652349