mrcImageTiltAxisSearch

mrcImageTiltAxisSearchとは傾斜軸のずれを計算するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	選択	入力ファイル設定: mrcImage（ファイルが１つの時に設定）	NULL
-I	選択	入力ファイル設定: ASCII（軸を探すファイルのリストを設定）	NULL
-r	必須	参照ファイルを設定: mrcImage（傾斜角度０度のデータを設定）	NULL
-o	必須	出力ファイル設定: mrcImage	NULL
-O	選択	出力ファイル設定: ASCII（傾斜軸のずれを予測した値が入る）	stdout
-range	選択	開始角度、終了角度、刻み幅の設定	thetaMin=-90 thetaMax=+90 thetaDelta=1
-w	選択	相関を取る領域を設定	0.5
-M	選択	モード （インターポレーションの値の計算方法を選択。現段階では変更の必要なし）	2
-CM	選択		17
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-M の詳細

モード	説明
0	最短距離法
1	線形補間法
2	３次補間法
3	多項式法

-CM の詳細

モード	説明
0	正規相関：FxG*
1	位相相関：FxG*/|FxG*|
2	位相相関：FxG*/sqrt(|FxG*|)
3	標準化された正規相関：FxG*/(|F||G|)
16	(0,0) = 0

実行例

入力ファイルの画像

オプション　-Iで使用するリスト

以下のようなリスト内容をファイルデータとする

1vom-rot0.mrc（傾斜角度が2°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) 6580.18 9247.8 115.597

1vom-rot1.mrc（傾斜角度が10°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) 6579.96 9022.72 112.784

1vom-rot2.mrc（傾斜角度が45°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-11517.4 (68, 34, 0) 41456.7 (51, 51, 0) 6543.11 8278.54 103.482

1vom-rot3.mrc（傾斜角度が60°ずれている）

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-10181.1 (29, 12, 0) 47629.2 (45, 47, 0) 6507.05 8180.03 102.25

参照ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 49749.7 (27, 28, 0) 7212.9 8827.15 110.339

※入力ファイル、参照ファイルは傾斜軸が10°ずれている

オプション　-range

傾斜軸のずれをおよそで判断して設定した上で実行しなければならない。
今回の場合だと、傾斜軸のずれは10°なので、-range 0 20 0.1と設定し実行した。

オプション　-i

1vom-rot3.mrcを使用（傾斜角度があるほど、誤差が少なくなるため）

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.66094 (178, 0, 0) 2.98337 (17, 0, 0) 2.28464 0.291971 0.0205941

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 2.11606 
1 0 2.27825 
2 0 2.39837 
3 0 2.48984 
4 0 2.56434 

-中略-

15 0 2.84687 
16 0 2.89484 
17 0 2.98337 
18 0 2.92074 
19 0 2.83747 

-中略-

176 0 1.8126 
177 0 1.75571 
178 0 1.66094 
179 0 1.77095 
180 0 1.86408 

-中略-

196 0 1.96959 
197 0 1.92914 
198 0 1.90422 
199 0 1.89453 
200 0 1.89396 

-Oの出力結果

   9.668

オプション　-I

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.66094 (178, 3, 0) 5.97202 (199, 1, 0) 3.87448 1.57063 0.0553918

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 4.65631 
1 0 4.65526 
2 0 4.65832 
3 0 4.66586 
4 0 4.67802 

-中略-

197 1 5.96871 
198 1 5.97113 
199 1 5.97202 
200 1 5.97128 
0 2 1.86252 

-中略-

176 3 1.8126 
177 3 1.75571 
178 3 1.66094 
179 3 1.77095 
180 3 1.86408 

-中略-

196 3 1.96959 
197 3 1.92914 
198 3 1.90422 
199 3 1.89453 
200 3 1.89396 

-Oの出力結果

  10.146

オプション-iと-Iでは、-Iの方が精度がよいため、-Iを基本的に使用する
以降は-I で実行

オプション　-w

w=0.3で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.23539 (185, 3, 0) 4.24526 (176, 0, 0) 2.68811 0.965312 0.0340439

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 3.68699 
1 0 3.65896 
2 0 3.63381 
3 0 3.61121 
4 0 3.59092 

-中略-

174 0 4.22654 
175 0 4.23925 
176 0 4.24526 
177 0 4.24387 
178 0 4.2353 

-中略-

183 3 1.25732 
184 3 1.24203 
185 3 1.23539 
186 3 1.25265 
187 3 1.26904 

-中略-

196 3 1.38081 
197 3 1.3898 
198 3 1.39842 
199 3 1.40678 
200 3 1.41503 

-Oの出力結果

   9.959

オプション　-M

M=0で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.49726 (123, 2, 0) 5.98241 (194, 1, 0) 3.78781 1.62837 0.0574282

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 5.09922 
1 0 5.09922 
2 0 5.09922 
3 0 5.09922 
4 0 5.09922 

-中略-

192 1 5.96451 
193 1 5.9541 
194 1 5.98241 
195 1 5.94377 
196 1 5.84344 

-中略-

121 2 2.04668 
122 2 1.64817 
123 2 1.49726 
124 2 2.02508 
125 2 1.96064 

-中略-

196 3 2.36013 
197 3 2.18772 
198 3 2.17512 
199 3 2.05867 
200 3 1.86606 

-Oの出力結果

  10.003

M=1で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.4577 (171, 3, 0) 6.07152 (198, 1, 0) 4.24402 1.70736 0.060214

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 5.62558 
1 0 5.64422 
2 0 5.66207 
3 0 5.67922 
4 0 5.6957 

-中略-

196 1 6.06964 
197 1 6.07106 
198 1 6.07152 
199 1 6.07098 
200 1 6.06985 

-中略-

169 3 1.55818 
170 3 1.48867 
171 3 1.4577 
172 3 1.49909 
173 3 1.62042 

-中略-

196 3 1.7818 
197 3 1.79882 
198 3 1.79487 
199 3 1.77391 
200 3 1.86874 

-Oの出力結果

  10.066

M=3で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1.06309 (200, 2, 0) 5.74525 (196, 0, 0) 3.29668 1.45732 0.0513957

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 3.49023 
1 0 3.59306 
2 0 3.59611 
3 0 3.59923 
4 0 3.60242 

-中略-

194 0 5.68631 
195 0 5.72896 
196 0 5.74525 
197 0 5.68198 
198 0 5.68832 

-中略-

198 2 1.06931 
199 2 1.10243 
200 2 1.06309 
0 3 2.099 
1 3 2.39454 

-中略-

196 3 1.40634 
197 3 1.27379 
198 3 1.43405 
199 3 1.32319 
200 3 1.31033 

-Oの出力結果

  10.528

オプション　-CM

CM=0で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

2.22243e+12 (200, 3, 0) 2.76642e+12 (0, 0, 0) 2.44638e+12 2.12262e+11 7.48589e+09

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 2.76642e+12 
1 0 2.76593e+12 
2 0 2.7655e+12 
3 0 2.7651e+12 
4 0 2.76475e+12

-中略-

196 3 2.22279e+12 
197 3 2.22268e+12 
198 3 2.2226e+12 
199 3 2.22252e+12 
200 3 2.22243e+12 

-Oの出力結果

   9.973

CM=16で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

4.25548e+10 (34, 2, 0) 4.59601e+11 (40, 0, 0) 2.42289e+11 1.61268e+11 5.6875e+09

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 4.5856e+11 
1 0 4.58461e+11 
2 0 4.58368e+11 
3 0 4.58283e+11 
4 0 4.58207e+11 

-中略-

38 0 4.5955e+11 
39 0 4.59586e+11 
40 0 4.59601e+11 
41 0 4.59589e+11 
42 0 4.59553e+11 

-中略-

32 2 4.33837e+10 
33 2 4.2829e+10 
34 2 4.25548e+10 
35 2 4.29276e+10 
36 2 4.33223e+10 

-中略-

196 3 1.00736e+11 
197 3 1.00591e+11 
198 3 1.00438e+11 
199 3 1.0027e+11 
200 3 1.00082e+11 

-Oの出力結果

   9.979

CM=18で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

182002 (115, 2, 0) 921359 (119, 0, 0) 574178 296936 10472.1

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 854840 
1 0 855240 
2 0 855704 
3 0 856251 
4 0 856892 

-中略-

117 0 921121 
118 0 921303 
119 0 921359 
120 0 921286 
121 0 921070 

-中略-

113 2 184920 
114 2 182180 
115 2 182002 
116 2 182423 
117 2 183137 

-中略-

196 3 266598 
197 3 267662 
198 3 268966 
199 3 270519 
200 3 272332 

-Oの出力結果

  10.020

CM=19で実行

-oの出力結果

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0.00308662 (34, 2, 0) 0.0317806 (42, 0, 0) 0.0171323 0.0111276 0.000392441

mrcImageMakeDumpで見た場合

0 0 0.0314164 
1 0 0.0314149 
2 0 0.0314133 
3 0 0.0314116 
4 0 0.0314101

-中略-

40 0 0.0317746 
41 0 0.0317788 
42 0 0.0317806 
43 0 0.0317806 
44 0 0.0317788 

-中略-

32 2 0.00314582 
33 2 0.0031061 
34 2 0.00308662 
35 2 0.00311397 
36 2 0.0031428 

-中略-

196 3 0.00750586 
197 3 0.00749485 
198 3 0.00748321 
199 3 0.00747043 
200 3 0.00745608 

-Oの出力結果

  10.015