pdbAtomSection

pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション（断面）をとりだしてpsファイルで出力するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-if	選択	入力ファイル: ASCII(FlagsFile)	NULL
-o	必須	出力ファイル: psファイル	NULL
-dist	選択	Distance of Sections	2.5
-zmin	選択	zの最小値	0.0
-zmax	選択	zの最大値	90.0
-fm	選択	flag mode	13
-r	選択	半径	1.0
-clw	選択	円周の幅	0.1
-plw	選択	ペプチド結合の幅	0.1
-fontsize	選択	font size	2.0
-AS	選択	absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A)	1.0
-shiftx	選択	pdb Shift x [A]	0.0
-shifty	選択	pdb Shift y [A]	0.0
-shiftz	選択	pdb Shift z [A]	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

-fm の詳細

モード	説明
0	display nothing
1	one char amino acid name
2	three char amino acid name
4	chain identifier
8	sequence number
16	display any atom

-if のフォーマット

chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

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オプション　-AS

AS=5で実行

6/90ページ

以降はAS=5で実行

オプション　-shiftx

shiftx=10で実行

6/90ページ

以降はshiftx=10で実行

オプション　-shifty

shifty=10で実行

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オプション　-shiftz

shiftz=1で実行

6/90ページ

オプション　-dist

dist=3で実行

5/90ページ

オプション　-zmin

zmin=1で実行

5/89ページ

オプション　-zmax

zmax=15で実行

6/15ページ

オプション　-r

r=0.5で実行

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オプション　-plw

plw=0.3で実行

6/90ページ

オプション　-fontsize

fontsize=1で実行

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オプション　-fm

fm=0で実行

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fm=1で実行

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fm=2で実行

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fm=4で実行

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fm=8で実行

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fm=16で実行

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オプション　-if

-if のデータ

A28 0 2.0 0.3 2
A147 1 0.5 0.3 4
A114 2 1.0 0.3 1
A128 4 1.0 0.3 4
A8 8 1.0 0.3 4
A56 16 0.5 0.3 4
A39 31 0.7 0.3 3

実行結果

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