pdbListRMSDCalc

pdbListRMSDCalcとはPDBファイルリストのRMSD(平均二乗偏差)を出力するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト: ASCII	NULL
-r	選択	参照ファイル: PDB(m=1でのみ使用)	NULL
-o	必須	出力ファイル: PDB	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	平均座標に対するRMSDを出力
1	-r の座標に対するRMSDを出力

入力ファイルリストのフォーマット

PDBファイル1
PDBファイル2
        .
        .
        .

実行例

入力ファイルのデータ

Input-121P-T1.pdb
Input-121P-T2.pdb
Input-121P-T3.pdb

Input-121P-T1.pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 24.77 22.88 23.78

Input-121P-T2.pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

Input-121P-T3.pdbの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 23.93 24.14 28.04

オプション必須項目のみの場合

ファイル:Outdata-pdbListRMSDCalc.png

重心 最大半径 最大半径(座標)

オプション　-m

m=1で実行

参照ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

ファイル:Outdata-m1-pdbListRMSDCalc.png

重心 最大半径 最大半径(座標)