pdbMove

pdbMoveとはPDBファイルの原子モデルを平行移動するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル:PDB	NULL
-o	必須	出力ファイル:PDB	NULL
-x	選択	x軸方向の移動量: [A]	0
-y	選択	y軸方向の移動量: [A]	0
-z	選択	z軸方向の移動量: [A]	0
-originTo	選択	move (0,0,0) to (X,Y,Z)	(0.0, 0.0, 0.0)
-toOrigin	選択	move (X,Y,Z) to (0,0,0)	(0.0, 0.0, 0.0)
-GCtoOrigin	選択	GC(Gravity Centre) to origin
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

ヘルプ実行

 $ pdbMove  -h
 Usage: /Applications/Eos.app/Eos/bin/X86MAC64/pdbMove
 Options:
     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :InputDataFile
     [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :OutputDataFile
     [-x                  X                   (0.0       )] :Optional  :Move X[A]
     [-y                  Y                   (0.0       )] :Optional  :Move Y[A]
     [-z                  Z                   (0.0       )] :Optional  :Move Z[A]
     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
----- Additional Usage -----

入力ファイルの詳細

オプション必須項目のみの場合の出力結果

オプション-x,-y,-zのデフォルトは0.0なので、何も変わらない

移動させる幅を設定（オプション　-x,-y,-z）

移動の幅をすべて1に設定

白色は入力ファイル

移動の幅をx=-6.053012e+00,y=-2.519590e+01,z=-1.189075e+01に設定

白色は入力ファイル