pdbTwoProteinFit
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(PdbTwoProteinFitから転送)
pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
-ires | 選択 | 入力ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
-isel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: PDB | NULL |
-rres | 選択 | 参照ファイル: ASCII(ResidueInformation) | NULL |
-rsel | 選択 | 出力: Selected residue of in after fitting | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-oMatrix | 選択 | 出力: Matrix: ASCII | stdout |
-oParam | 選択 | 出力: Param: ASCII | stdout |
-oDis | 選択 | 出力: PDB Distance as Temp: PDB | stdout |
-oDis2 | 選択 | 出力: Distance List for Ca: ASCII | stdout |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
入力ファイルと参照ファイルのフォーマット
ResidueNumberToBeFitted ... If |, all residules are sellected till the residue in the next line
実行例
入力ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
参照ファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -ires, -rres
-ires, -rrseを以下のデータで実行
-ires のデータ
1 2 3 4 5 6
-rres のデータ
1 2 3 4 5 6
-o のデータ(白は入力ファイル)
重心 最大半径 |
5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01 3.286711e+01 |
-oMatrix のデータ
0.058145 -0.998308 0.000001 -0.998308 -0.058145 -0.000001 0.000001 -0.000001 -1.000000 25.311117 26.828215 -0.000868
-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964 RMSSelectedBefore: 9.794701 RMSSelectedAfter: 1.277625 RMSAfter: 17.793636
-oDis のデータ
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
-oDis2 のデータ
00001 1.447996 00002 1.329491 00003 0.065775 00004 0.242391 00005 1.683475 00006 1.741168 00007 1.578526 00008 6.625490 00009 3.641384 -中略- 00157 12.396196 00158 8.092867 00159 3.598508 00160 3.239969 00161 1.259487 00162 4.196125 00163 7.037861 00164 6.740162 00165 11.073485 00166 16.325453