「mrcImageUnbentROI」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
細 (Kinoshita がページ「MrcImageUnbentROI」を「mrcImageUnbentROI」に移動しました)
 
(同じ利用者による、間の1版が非表示)
行1: 行1:
−
'''mrcImageUnbentROI'''とは２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出しを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageUnbentROI'''とは２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出しを行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。例えば、曲がったフィラメント画像を真っ直ぐにして解析したい場合等に使用する。
  
  
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>可変入力: roiLine</td>  
+
<td>roiLine: 可変入力: (x0, y0, x1, y1, ...)</td>  
−
<td>NULL ...</td>  
+
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行84: 行84:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-rはスプライン曲線を決めるために入力が必要である。 </div>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行99: 行100:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-1B7T-2D.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1B7T-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        50,        80,          1)<br>
 +
mrcFloatImage<br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (35, 57, 0)<br>
 +
14921.9<br>
 +
30087.2<br>
 +
475.72<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-x, -r===
 +
====x=50, r=(30, 15, 25, 40, 45, 75)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-r-mrcImageUnbentROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        50,        65,          1)<br>
 +
mrcFloatImage<br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (28, 46, 0)<br>
 +
17170<br>
 +
31431.7<br>
 +
551.348<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降はx=50, r=(30, 15, 25, 40, 45, 75)で実行</div>
 +
===オプション　-y===
 +
====y=50で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-y-mrcImageUnbentROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        50,        50,          1)<br>
 +
mrcFloatImage <br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (28, 46, 0)<br>
 +
20439.3<br>
 +
33908.1<br>
 +
678.161<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-W===
 +
====W=65で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-W-mrcImageUnbentROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left"><br>
 +
mrcFloatImage <br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (37, 47, 0)<br>
 +
17321.9<br>
 +
31658.9<br>
 +
487.06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-H===
 +
====H=65, y=50で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-H-mrcImageUnbentROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        50,        65,          1)<br>
 +
mrcFloatImage <br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (28, 60, 0)<br>
 +
20492.4<br>
 +
34038.3<br>
 +
597.072<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-cor===
 +
====cor=20で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-cor-mrcImageUnbentROI.png]]</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(        50,        65,          1)<br>
 +
mrcFloatImage <br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
178250 (24, 48, 0)<br>
 +
18472.8<br>
 +
31551.4<br>
 +
553.448<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年8月4日 (月) 05:27時点における最新版

mrcImageUnbentROIとは２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出しを行うEosのコマンドである。例えば、曲がったフィラメント画像を真っ直ぐにして解析したい場合等に使用する。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 roiLine: 可変入力: (x0, y0, x1, y1, ...) NULL
-x 必須 幅: Source 1.0
-y 選択 高さ: Source 1.0
-W 選択 幅: Dst 1.0
-H 選択 高さ: Dst 1.0
-cor 選択 Correlation Window along Y-axis: [A] 360.0
-S 選択 When inputfile is shrinked 1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-rはスプライン曲線を決めるために入力が必要である。

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-1B7T-2D.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 50, 80, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (35, 57, 0)
14921.9
30087.2

475.72


オプション　-x, -r

x=50, r=(30, 15, 25, 40, 45, 75)で実行

Outdata-r-mrcImageUnbentROI.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 50, 65, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (28, 46, 0)
17170
31431.7

551.348


以降はx=50, r=(30, 15, 25, 40, 45, 75)で実行

オプション　-y

y=50で実行

Outdata-y-mrcImageUnbentROI.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 50, 50, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (28, 46, 0)
20439.3
33908.1

678.161


オプション　-W

W=65で実行

Outdata-W-mrcImageUnbentROI.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差


mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (37, 47, 0)
17321.9
31658.9

487.06


オプション　-H

H=65, y=50で実行

Outdata-H-mrcImageUnbentROI.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 50, 65, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (28, 60, 0)
20492.4
34038.3

597.072


オプション　-cor

cor=20で実行

Outdata-cor-mrcImageUnbentROI.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 50, 65, 1)

mrcFloatImage
0 (0, 0, 0)
178250 (24, 48, 0)
18472.8
31551.4

553.448



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageUnbentROI&oldid=10454」から取得