「mrcImageVarianceAnalysis」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の4版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力リスト</td>  
+
<td>入力リスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Variance Probability</td>  
+
<td>出力: 分散率</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行71: 行71:
 
入力1
 
入力1
 
入力2
 
入力2
 +
入力3
 
   .
 
   .
 
   .
 
   .
行78: 行79:
 
====入力1, 2, ... のフォーマット====
 
====入力1, 2, ... のフォーマット====
 
<pre>
 
<pre>
−
ファイル名 A B
+
mrcファイル1 A B
 +
mrcファイル2 A B
 
. . .
 
. . .
 
. . .
 
. . .
行107: 行109:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
/Eos/data/Input1.txt
 +
/Eos/data/Input2.txt
 +
/Eos/data/Input3.txt
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>Input1のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/1VOM-40.mrc 0 1
 +
/Eos/img/1VOM-45.mrc 1 1
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-40.mrc|1VOM-40.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-40.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3077.54 (41, 49, 0)<br>
 +
126.786<br>
 +
387.323<br>
 +
4.84154<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-45.mrc|1VOM-45.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-45.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3099.59 (17, 62, 0)<br>
 +
123.791<br>
 +
381.654<br>
 +
4.77068<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input2のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/1VOM-50.mrc 0 1
 +
/Eos/img/1VOM-55.mrc 0 1
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-50.mrc|1VOM-50.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-50.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3095.88 (33, 57, 0)<br>
 +
143.393<br>
 +
399.986<br>
 +
4.99982<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-55.mrc|1VOM-55.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-55.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3044.97 (51, 58, 0)<br>
 +
148.952<br>
 +
413.856<br>
 +
5.1732<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>Input3のデータ</div>
 +
<pre>
 +
/Eos/img/1VOM-60.mrc 0 1
 +
/Eos/img/1VOM-65.mrc 0 1
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-60.mrc|1VOM-60.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-60.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3026.91 (50, 47, 0)<br>
 +
129.875<br>
 +
386.428<br>
 +
4.83035<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:1VOM-65.mrc|1VOM-65.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:1VOM-65.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3308.47 (26, 42, 0)<br>
 +
105.169<br>
 +
351.901<br>
 +
4.39877<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===入力ファイルのみの場合===
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageVarianceAnalysis.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">50.0673 (30, 27, 0)<br>
 +
100 (14, 67, 0)<br>
 +
887.0022<br>
 +
7.68589<br>
 +
0.0960736<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>-v の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0.00134705 (30, 27, 0)<br>
 +
165008 (14, 67, 0)<br>
 +
44.5458<br>
 +
2086.16<br>
 +
26.077<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 3
 +
1 0 3
 +
2 0 3
 +
3 0 3
 +
4 0 3
 +
 +
-中略-
 +
 +
28 27 1.06282
 +
29 27 1.17063
 +
30 27 0.00134705
 +
31 27 0.0869645
 +
32 27 0.158319
 +
 +
-中略-
 +
 +
12 67 4.90624
 +
13 67 4.19018
 +
14 67 165008
 +
15 67 3.26777
 +
16 67 2.0586
 +
 +
-中略-
 +
 +
75 79 3
 +
76 79 3
 +
77 79 3
 +
78 79 3
 +
79 79 3
 +
</pre>

2014年8月4日 (月) 06:13時点における最新版

mrcImageVarianceAnalysisとは分散解析を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力リスト: ASCII NULL
-r 選択 参照: 入力リスト NULL
-o 選択 出力: 分散率 NULL
-v 選択 出力: 分散解析 NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力リストのフォーマット

入力1
入力2
入力3
   .
   .
   .

入力1, 2, ... のフォーマット

mrcファイル1		A	B
mrcファイル2		A	B
	. 			.	.
	.			.	.
A + B*density


分散分析のアルゴリズム

   VarianceRatio := VarinceBetweenClasses/(SumOfVarianceWithinEachClass)
                  VarinceBetweenClasses: variance between classes
                  VarinceWithClasses:    variance within each class

General Information

   Kai-distribution: Kai^2 = SumOf (Xi - AvgOfXi)^2/sigma^2  
                           = s^2*(n-1)/sigma^2  : degree of freedom n-1 
                             when variables Xi are due to N(u, sigma^2)
   Kai-distribution: Kai^2 = Kai1^2 + Kai2^2 : degree of freedom m1 + m2
   F-distribution: F = (Kai1^2/k1)/(Kai2^2/k2)           : degree of freedom : (k1, k2)
                       (s1^2/sigma1^2)/(s2^2/sigma2^2)   : degree of freedom : (k1-1, k2-1)
   If sigma1 == sigma2, then                    
                       s1^2/s2^2  (Variance Ratio)       : degree of freedom : (k1-1, k2-1)


実行例

入力ファイルのデータ

/Eos/data/Input1.txt
/Eos/data/Input2.txt
/Eos/data/Input3.txt
Input1のデータ
/Eos/img/1VOM-40.mrc 0 1
/Eos/img/1VOM-45.mrc 1 1
1VOM-40.mrcの画像
1VOM-40.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3077.54 (41, 49, 0)
126.786
387.323

4.84154
1VOM-45.mrcの画像
1VOM-45.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3099.59 (17, 62, 0)
123.791
381.654

4.77068
Input2のデータ
/Eos/img/1VOM-50.mrc 0 1
/Eos/img/1VOM-55.mrc 0 1
1VOM-50.mrcの画像
1VOM-50.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3095.88 (33, 57, 0)
143.393
399.986

4.99982
1VOM-55.mrcの画像
1VOM-55.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3044.97 (51, 58, 0)
148.952
413.856

5.1732
Input3のデータ
/Eos/img/1VOM-60.mrc 0 1
/Eos/img/1VOM-65.mrc 0 1
1VOM-60.mrcの画像
1VOM-60.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3026.91 (50, 47, 0)
129.875
386.428

4.83035
1VOM-65.mrcの画像
1VOM-65.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3308.47 (26, 42, 0)
105.169
351.901

4.39877


入力ファイルのみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageVarianceAnalysis.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

50.0673 (30, 27, 0)

100 (14, 67, 0)
887.0022
7.68589

0.0960736
-v の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00134705 (30, 27, 0)

165008 (14, 67, 0)
44.5458
2086.16

26.077
mrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 3 
1 0 3 
2 0 3 
3 0 3 
4 0 3 

-中略-

28 27 1.06282 
29 27 1.17063 
30 27 0.00134705 
31 27 0.0869645 
32 27 0.158319 

-中略-

12 67 4.90624 
13 67 4.19018 
14 67 165008 
15 67 3.26777 
16 67 2.0586 

-中略-

75 79 3 
76 79 3 
77 79 3 
78 79 3 
79 79 3

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