「array2mrc」の版間の差分

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(ページの作成:「'''array2mrc'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプシ...」)
 
 
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'''array2mrc'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''array2mrc'''とは[[ASCII]]ファイルから[[mrcImage]]を作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル設定</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル(右手系): [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-c</td>  
 
<td>-c</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>コンフィグファイル設定</td>  
+
<td>コンフィグファイル</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>モードを設定</td>  
+
<td>モード</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-mm</td>  
 
<td>-mm</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Mode of mrcImage</td>  
+
<td>出力ファイルのモード</td>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-lm</td>  
 
<td>-lm</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Length of mrcImage</td>  
+
<td>出力ファイルのLength</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行54: 行54:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
===ファイルフォーマット===
+
===モードの詳細===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>ファイル</th>  
+
<th>モード</th>  
−
<th>フォーマット</th>  
+
<th>説明</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>Array</td>  
+
<td>0</td>  
−
<td>左手系</td>
+
<td></td>  
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td>mrc</td>
+
−
<td>右手系</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
 
+
===入力ファイルのフォーマット===
−
<div>[[Eos]]でのArrayファイルフォーマット</div>
+
<div>左手系 </div>
 
<pre>
 
<pre>
 
ndim N0 N1 N2 ...
 
ndim N0 N1 N2 ...
行83: 行81:
 
data(0,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(2,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) ... data(N0-1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1)
 
data(0,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(2,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) ... data(N0-1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1)
 
</pre>
 
</pre>
 +
<div>ndim: 次元数, Nn: n次元目のサイズ</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
2 30 30
 +
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
 +
8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38
 +
16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46
 +
24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
 +
32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62
 +
40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70
 +
48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78
 +
56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86
 +
64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94
 +
72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102
 +
80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
 +
88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118
 +
96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126
 +
104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134
 +
112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142
 +
120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150
 +
128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158
 +
136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166
 +
144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174
 +
152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182
 +
160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190
 +
168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198
 +
176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206
 +
184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214
 +
192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222
 +
200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230
 +
208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238
 +
216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246
 +
224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254
 +
232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-array2mrc.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
261 (29, 29, 0)<br>
 +
130.5<br>
 +
69.7824<br>
 +
2.32608<br>
 +
2  mrcFloatImage<br>
 +
(    0.000,      0.000,      0.000)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-mm===
 +
====mm=0で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mm-array2mrc.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (23, 29, 0)<br>
 +
128.793<br>
 +
69.7615<br>
 +
2.32538<br>
 +
0  mrcCharImage <br>
 +
(    0.000,      0.000,      0.000)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-lm===
 +
====lm=5で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-lm-array2mrc.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
261 (29, 29, 0)<br>
 +
130.5<br>
 +
69.7824<br>
 +
2.32608<br>
 +
2  mrcFloatImage  <br>
 +
(    5.000,      5.000,      5.000)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年8月18日 (月) 23:56時点における最新版

array2mrcとはASCIIファイルからmrcImageを作成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: ASCII NULL
-o 必須 出力ファイル(右手系): mrcImage NULL
-c 選択 コンフィグファイル NULL
-m 選択 モード 0
-mm 選択 出力ファイルのモード 2
-lm 選択 出力ファイルのLength 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


入力ファイルのフォーマット

左手系 
ndim N0 N1 N2 ...
data(0,   0,   0,...,        0) data(1,   0,   0,...,        0) data(2,   0,   0,...,        0) ... data(N0-1,   0,   0,...,        0)
data(0,   1,   0,...,        0) data(1,   1,   0,...,        0) data(2,   1,   0,...,        0) ... data(N0-1,   1,   0,...,        0)
..............................................................
data(0,N1-1,   0,...,        0) data(1,N1-1,   0,...,        0) data(2,N1-1,   0,...,        0) ... data(N0-1,N1-1,   0,...,        0)
data(0,   0,   1,...,        0) data(1,   0,   1,...,        0) data(2,   0,   1,...,        0) ... data(N0-1,   0,   1,...,        0)
..............................................................
data(0,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) data(2,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1) ... data(N0-1,N1-1,N2-1,...,Nndim-1-1)
ndim: 次元数, Nn: n次元目のサイズ


実行例

入力ファイルのデータ

2 30 30
0	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30
8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38
16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46
24	25	26	27	28	29	30	31	32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54
32	33	34	35	36	37	38	39	40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62
40	41	42	43	44	45	46	47	48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70
48	49	50	51	52	53	54	55	56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78
56	57	58	59	60	61	62	63	64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86
64	65	66	67	68	69	70	71	72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94
72	73	74	75	76	77	78	79	80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102
80	81	82	83	84	85	86	87	88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110
88	89	90	91	92	93	94	95	96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118
96	97	98	99	100	101	102	103	104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126
104	105	106	107	108	109	110	111	112	113	114	115	116	117	118	119	120	121	122	123	124	125	126	127	128	129	130	131	132	133	134
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136	137	138	139	140	141	142	143	144	145	146	147	148	149	150	151	152	153	154	155	156	157	158	159	160	161	162	163	164	165	166
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216	217	218	219	220	221	222	223	224	225	226	227	228	229	230	231	232	233	234	235	236	237	238	239	240	241	242	243	244	245	246
224	225	226	227	228	229	230	231	232	233	234	235	236	237	238	239	240	241	242	243	244	245	246	247	248	249	250	251	252	253	254
232	233	234	235	236	237	238	239	240	241	242	243	244	245	246	247	248	249	250	251	252	253	254	255	256	257	258	259	260	261	262


オプション必須項目のみの場合

Outdata-array2mrc.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差
モード

Length

0 (0, 0, 0)

261 (29, 29, 0)
130.5
69.7824
2.32608
2 mrcFloatImage

( 0.000, 0.000, 0.000)


オプション　-mm

mm=0で実行

Outdata-mm-array2mrc.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差
モード

Length

0 (0, 0, 0)

255 (23, 29, 0)
128.793
69.7615
2.32538
0 mrcCharImage

( 0.000, 0.000, 0.000)


オプション　-lm

lm=5で実行

Outdata-lm-array2mrc.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差
モード

Length

0 (0, 0, 0)

261 (29, 29, 0)
130.5
69.7824
2.32608
2 mrcFloatImage

( 5.000, 5.000, 5.000)



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