「ctfMultiFunction」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の2版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイルリスト設定</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>IlluminationAperture[mrad]</td>  
+
<td>[[照射半角]][mrad]</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行66: 行66:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行75: 行76:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td></td>
 
−
</tr>
 
−
<tr>
 
−
<td>1</td>
 
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===CTFModeの詳細===
 
===CTFModeの詳細===
行102: 行100:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-Iのファイルのフォーマット===
 
===-Iのファイルのフォーマット===
 
<pre>
 
<pre>
−
defocus Cs kV AmplitudeContrast
+
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 +
 
 
</pre>
 
</pre>
 
<div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]] -oI で作成される。</div>
 
<div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]] -oI で作成される。</div>
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===オプション　-I===
 +
<div>-I のデータ</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
 +
20000.000000 2.000000 100.000000 0.200000
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
0.000000e+00 1.500000e-01
 +
1.000000e-04 1.500223e-01
 +
2.000000e-04 1.500890e-01
 +
3.000000e-04 1.502003e-01
 +
4.000000e-04 1.503560e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.499996e-02 1.003718e+00
 +
2.509996e-02 1.003929e+00
 +
2.519996e-02 1.004015e+00
 +
2.529996e-02 1.003974e+00
 +
2.539996e-02 1.003805e+00
 +
 +
-中略-
 +
 +
3.540003e-02 2.013617e-01
 +
3.550003e-02 1.859707e-01
 +
3.560003e-02 1.704947e-01
 +
3.570003e-02 1.714163e-01
 +
3.580003e-02 1.726478e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
4.500019e-02 9.735332e-01
 +
4.510019e-02 9.742426e-01
 +
4.520019e-02 9.745606e-01
 +
4.530019e-02 9.744846e-01
 +
4.540019e-02 9.740120e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
5.100029e-02 3.283049e-01
 +
5.110029e-02 3.076984e-01
 +
5.120029e-02 2.869061e-01
 +
5.130029e-02 2.877476e-01
 +
5.140030e-02 2.907183e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
5.860042e-02 9.264785e-01
 +
5.870042e-02 9.274181e-01
 +
5.880042e-02 9.277267e-01
 +
5.890042e-02 9.274014e-01
 +
5.900043e-02 9.264401e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
6.290049e-02 4.205727e-01
 +
6.300049e-02 3.977081e-01
 +
6.310049e-02 3.787018e-01
 +
6.320050e-02 3.847213e-01
 +
6.330050e-02 3.904706e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
6.960060e-02 8.637956e-01
 +
6.970061e-02 8.649303e-01
 +
6.980061e-02 8.652359e-01
 +
6.990061e-02 8.647101e-01
 +
7.000061e-02 8.633510e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
7.290066e-02 4.840132e-01
 +
7.300066e-02 4.610246e-01
 +
7.310066e-02 4.464689e-01
 +
7.320067e-02 4.565637e-01
 +
7.330067e-02 4.662275e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
9.950111e-02 8.115075e-01
 +
9.960111e-02 8.088512e-01
 +
9.970111e-02 8.046168e-01
 +
9.980112e-02 7.988045e-01
 +
9.990112e-02 7.914170e-01
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降、-I のデータを使用して実行</div>
 +
===オプション　-Rmax===
 +
====Rmax=0.0254で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
0.000000e+00 1.500000e-01
 +
1.000000e-04 1.500223e-01
 +
2.000000e-04 1.500890e-01
 +
3.000000e-04 1.502003e-01
 +
4.000000e-04 1.503560e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
2.499996e-02 1.003718e+00
 +
2.509996e-02 1.003929e+00
 +
2.519996e-02 1.004015e+00
 +
2.529996e-02 1.003974e+00
 +
2.539996e-02 1.003805e+00
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-dR===
 +
====dR=0.0002で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
0.000000e+00 1.500000e-01
 +
2.000000e-04 1.500890e-01
 +
4.000000e-04 1.503560e-01
 +
6.000000e-04 1.508010e-01
 +
8.000000e-04 1.514240e-01
 +
 +
-中略-
 +
 +
9.900053e-02 8.012962e-01
 +
9.920053e-02 8.100373e-01
 +
9.940054e-02 8.125905e-01
 +
9.960054e-02 8.088710e-01
 +
9.980054e-02 7.988421e-01
 +
</pre>
 +
<br>

2014年8月21日 (木) 00:14時点における最新版

ctfMultiFunctionとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-I 選択 入力ファイル: ASCII NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII NULL
-Rmax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-dR 選択 空間周波数間隔[/A] 0.0001
-Ain 選択 照射半角[mrad] 0.02
-ctfMode 選択 CTFMode 33
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


CTFModeの詳細

モード 説明
0 位相コントラストだけ
1 強度コントラストを加える
32 包絡関数を積算する


-Iのファイルのフォーマット

defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast


実行例

オプション　-I

-I のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
20000.000000 2.000000 100.000000 0.200000


-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01
1.000000e-04 1.500223e-01
2.000000e-04 1.500890e-01
3.000000e-04 1.502003e-01
4.000000e-04 1.503560e-01

-中略-

2.499996e-02 1.003718e+00
2.509996e-02 1.003929e+00
2.519996e-02 1.004015e+00
2.529996e-02 1.003974e+00
2.539996e-02 1.003805e+00

-中略-

3.540003e-02 2.013617e-01
3.550003e-02 1.859707e-01
3.560003e-02 1.704947e-01
3.570003e-02 1.714163e-01
3.580003e-02 1.726478e-01

-中略-

4.500019e-02 9.735332e-01
4.510019e-02 9.742426e-01
4.520019e-02 9.745606e-01
4.530019e-02 9.744846e-01
4.540019e-02 9.740120e-01

-中略-

5.100029e-02 3.283049e-01
5.110029e-02 3.076984e-01
5.120029e-02 2.869061e-01
5.130029e-02 2.877476e-01
5.140030e-02 2.907183e-01

-中略-

5.860042e-02 9.264785e-01
5.870042e-02 9.274181e-01
5.880042e-02 9.277267e-01
5.890042e-02 9.274014e-01
5.900043e-02 9.264401e-01

-中略-

6.290049e-02 4.205727e-01
6.300049e-02 3.977081e-01
6.310049e-02 3.787018e-01
6.320050e-02 3.847213e-01
6.330050e-02 3.904706e-01

-中略-

6.960060e-02 8.637956e-01
6.970061e-02 8.649303e-01
6.980061e-02 8.652359e-01
6.990061e-02 8.647101e-01
7.000061e-02 8.633510e-01

-中略-

7.290066e-02 4.840132e-01
7.300066e-02 4.610246e-01
7.310066e-02 4.464689e-01
7.320067e-02 4.565637e-01
7.330067e-02 4.662275e-01

-中略-

9.950111e-02 8.115075e-01
9.960111e-02 8.088512e-01
9.970111e-02 8.046168e-01
9.980112e-02 7.988045e-01
9.990112e-02 7.914170e-01


以降、-I のデータを使用して実行

オプション　-Rmax

Rmax=0.0254で実行

-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01
1.000000e-04 1.500223e-01
2.000000e-04 1.500890e-01
3.000000e-04 1.502003e-01
4.000000e-04 1.503560e-01

-中略-

2.499996e-02 1.003718e+00
2.509996e-02 1.003929e+00
2.519996e-02 1.004015e+00
2.529996e-02 1.003974e+00
2.539996e-02 1.003805e+00


オプション　-dR

dR=0.0002で実行

-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01
2.000000e-04 1.500890e-01
4.000000e-04 1.503560e-01
6.000000e-04 1.508010e-01
8.000000e-04 1.514240e-01

-中略-

9.900053e-02 8.012962e-01
9.920053e-02 8.100373e-01
9.940054e-02 8.125905e-01
9.960054e-02 8.088710e-01
9.980054e-02 7.988421e-01



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