「llExtractWithLayerSeparation」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]( | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]([[FFT]])</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
2014年8月25日 (月) 01:42時点における最新版
llExtractWithLayerSeparationとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
| -I | 選択 | 入力ファイル: llData(Already separated): (InLLNea, InLLFar) | (NULL, NULL) |
| -r | 選択 | 参照ファイル: llData(Gnl(R) Space) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: llData(Average File) | NULL |
| -o2 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientation as average) | NULL |
| -o3 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Difference of each filament) | NULL |
| -o4 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientaion as original filament) | NULL |
| -o5 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(P-Value) | NULL |
| -o6 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Q-Value) | NULL |
| -o7 | 選択 | 出力ファイル: ASCII(Two subsets for resolution estimation) | NULL |
| -o8 | 選択 | 出力ファイル: ASCII(For Back Projection) | NULL |
| -o9 | 選択 | 出力ファイルリスト: ASCII(x shift, z shift and dY information) | NULL |
| -comment | 選択 | Comment | NULL |
| -symmetry | 選択 | Symmetry for back projection text file | 1.0 |
| -l | 必須 | LayerLineInformation | NULL |
| -lfinal | 選択 | LayerLineInformation(Final) | NULL |
| -li | 選択 | LayerLineInformationImportant | NULL |
| -liw | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
| -liwStart | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
| -liwStep/td> | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
| -la | 選択 | LayerLineInformationForAxisSearch | NULL |
| -law | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
| -lawStart | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
| -lawStep | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
| -truePitch | 必須 | true pitch [A] | 430.0 |
| -rMax | 必須 | rMax [A] | 100.0 |
| -rMaxMin | 選択 | rMaxMin [A] | 100.0 |
| -RMax | 選択 | RMax [/A] | 0.1 |
| -RMaxFirst | 選択 | RMaxFirst [/A] (Def: RMax) | 0.04 |
| -RMaxStep | 選択 | RMaxStep [/A] | 0.02 |
| -RRMax | 選択 | Radial RMax [/A] | 0.1 |
| -RRMaxFirst | 選択 | Radial RMaxFirst [/A] (Def: RMax) | 0.04 |
| -RRMaxStep | 選択 | Radial RMaxStep [/A] | 0.02 |
| -delBR | 選択 | delBR [/A] | 0.0002 |
| -rms | 選択 | rms | 1e-6 |
| -narrowSearch | 選択 | narrowSearch [Degree]: P-value and Q-value | 1.0 |
| -nextTimes | 選択 | nextTimes: rms | 1e-4 |
| -maxIter | 選択 | max Iteration | 10 |
| -maxIter2 | 選択 | max Iteration on the same RMax and RRMax | 1 |
| -maxIter3 | 選択 | max Iteration on the same RMax, RRMax, and Weight | 1 |
| -lambda | 選択 | lambda | 1.0 |
| -ctf | 選択 | CTF Compensation | 0 |
| -WhiteNoise | 選択 | 白色ノイズ比 | 0.0 |
| -below | 選択 | below | 90.0 |
| -noantipole | 選択 | No Antipole | |
| -magLimit | 選択 | magLimit | |
| -eachTime | 選択 | each time | |
| -continue | 選択 | continue | NULL |
| -forContinue | 選択 | For continue | NULL |
| -phi | 選択 | phi [degree]: (phimin, phimax, delphi)) | (0.0, 360.0, 10.0) |
| -z | 選択 | z [A]: (zmin, zmax, delz) | (0.0, 30.0, 5.0) |
| -shift | 選択 | shift [A]: (shiftmin, shiftmax, delshift) | (-10.0, 10.0, 1.0) |
| -log | 選択 | ログファイル | stdout |
| -Normalization | 選択 | 正規化 | |
| -pvm | 選択 | pvmNumber | 0 |
| -pvmList | 選択 | pvmList | NULL |
| -pvmServer | 選択 | Work as a server | |
| -pvmClient | 選択 | Work as a client | |
| -wd | 選択 | Working Directory | ./ |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
If -ctf, the file list indicated by -i must include the below information filename weight defocus[A] Cs[mm] AccV[kV] ratioOfAmpToPhase mode
>> llDataSepartionControlFile << llMax(different) nl Z numberOfN n0 n1 n2...
-m の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | The 1st version algorism(Sharing) |
| 1 | The 2nd version algorism(Least Square) |
-ctf の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | |CTFi|/Sigma(SQR(CTFi)) |
| 1 | CTFi /Sigma(SQR(CTFi)) |
