「pdb2mrc」の版間の差分

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'''pdb2mrc'''とは[[pdb]]ファイルを[[mrc]]ファイルとして、密度を計算して変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdb2mrc'''とは[[PDB]]ファイルを[[mrc]]ファイルとして、密度を計算して変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
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===メインオプション===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<div align="left">
 
<div align="left">
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<td>-i</td>
 
<td>-i</td>
 
<td>必須</td>
 
<td>必須</td>
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<td>入力ファイル設定</td>
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>-o</td>
 
<td>-o</td>
 
<td>選択</td>
 
<td>選択</td>
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<td>出力ファイル設定</td>
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>
 
<td>NULL</td>
 
<td>NULL</td>
 
</tr>
 
</tr>
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<td>　</td>
 
<td>　</td>
 
</tr>
 
</tr>
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</div>
 
</table>
 
</table>
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※ 出力する[[mrcImage]]のサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときは[[PDB]]ファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。
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== モード説明 ==
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===モード説明===
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+
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<caption><b>モードの詳細</b></caption>
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<table border="1">
 
<table border="1">
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<div align="left">
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<tr>  
−
<tr>
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<th>モード</th>  
−
<th>モード</th>
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<th>説明</th>  
−
<th>説明</th>
+
</tr>  
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</tr>
+
<tr>  
−
<tr>
+
<td>0</td>  
−
<td>0</td>
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<td>Gaussian</td>  
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<td>ガウス球</td>
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</tr>  
−
</tr>
+
<tr>  
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<tr>
+
<td>1</td>  
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<td>1</td>
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<td>WentzelAtomModel</td>  
−
<td>Wentzel原子模型</td>
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</tr>  
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</tr>
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</table>
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</table>
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<h4>******実行例******</h4>
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==実行例==
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=== [[:Media:Input-121P.pdb.zip |入力ファイル]]の画像 ===
−
=== 入力ファイル詳細 ===
+
[[ファイル:121p.png]]<br>
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[[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細<br>
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[[ファイル:121p-Info.png]]
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<caption><font color="blue">------入力ファイルの画像------</font></caption><br>
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===入力データ===
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<div><img src="121p.png" border="0" alt="121p.png(17496 byte)" width="183" height="168"><br>
+
−
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細<br>
+
−
<img src="121p-Info.png" border="0" alt="121p-Info.png(2313 byte)" width="455" height="42"></div>
+
−
 
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=== 出力ファイル ===
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−
 
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<caption><font color="blue">------出力ファイルの画像------</font></caption><br>
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<div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br>
 
<div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br>
 
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定<br></div>
 
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定<br></div>
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</tr>
 
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</table>
 
</table>
−
+
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+
 
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<div>モード：０<br>
+
===オプション　-m===
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====m=0で実行====
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td><img src="121p.m3.png" border="0" alt="121p.m3.png(2191 byte)" width="100" height="100"></td>
+
<td>[[ファイル:121p.m3.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
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</tr>
 
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−
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+
 
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<div>モード：１<br>
+
====m=1で実行====
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td><img src="121p.m2.png" border="0" alt="121p.m2.png(6425 byte)" width="100" height="100"></td>
+
<td>[[ファイル:121p.m2.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
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</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
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+
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<!-- オプション-w -->
+
 
−
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=== オプション　-w ===
−
<br>
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====w=10で実行====
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+
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<caption><font color="blue">------オプション　-w------</font></caption><br>
+
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<div>-wを１０に設定<br>
+
 
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オプション指定前の画像データ<br>
 
オプション指定前の画像データ<br>
−
<img src="121p.m5.info.png" border="0" alt="121p.m5.info.png(1531 byte)" width="209" height="81"><br>
+
[[ファイル:121p.m5.info.png]]<br>
 
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オプション指定後の画像データ<br>
 
オプション指定後の画像データ<br>
−
<img src="121p.m5.info2.png" border="0" alt="121p.m5.info2.png(1546 byte)" width="208" height="81"></div>
+
[[ファイル:121p.m5.info2.png]]
−
+
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−
== オプション: -sig ==
+
<br>
−
+
 
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+
=== オプション　-sig ===
−
<br>
+
====sig=1で実行====
−
<caption><font color="blue">------オプション　-sig------</font></caption><br>
+
−
<div>-sigを１に設定</div>
+
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td><img src="121p.m4.png" border="0" alt="121p.m4.png(7082 byte)" width="100" height="100"></td>
+
<td>[[ファイル:121p.m4.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
最大<br>
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</tr>
 
</tr>
 
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</table>
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2014年8月29日 (金) 02:53時点における最新版

pdb2mrcとはPDBファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-nx 選択 出力画像ｘ軸の幅を設定 1
-ny 選択 出力画像ｙ軸の幅を設定 1
-nz 選択 出力画像ｚ軸の幅を設定 1
-Sx 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸） 0.0
-Sy 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸） 0.0
-Sz 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸） 0.0
-dx 選択 １ピクセルのｘ軸の幅を設定 2.5
-dy 選択 １ピクセルのｙ軸の幅を設定 2.5
-dz 選択 １ピクセルのｚ軸の幅を設定 2.5
-w 選択 重量を設定 1.0
-sig 選択 原子の半径 0.0
-m 選択 モード設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

※ 出力するmrcImageのサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときはPDBファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。

モード説明

モード 説明
0 Gaussian
1 WentzelAtomModel


実行例

入力ファイルの画像

121p.png
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
121p-Info.png

入力データ

オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
-nx 100
-ny 100
-nz 1
-Sx -18
-Sy -1
-Sz 0.5
-dx 0.5
-dy 0.5
-dz 60


オプション　-m

m=0で実行

121p.m3.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

4
0.1364
0.39089
0.0039089

1364


m=1で実行

121p.m2.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

9516.95
1100.45
1467.25
14.6725

1.10045e+07


オプション　-w

w=10で実行


オプション指定前の画像データ
121p.m5.info.png

オプション指定後の画像データ
121p.m5.info2.png

オプション　-sig

sig=1で実行

121p.m4.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

0.251258
0.0430626
0.0499095
0.000499095

430.626



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