「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 08:10時点における最新版

mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。各画像のCTF補正後を平均した画像を出力する。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイルリスト: ASCII	stdin
-info2	選択	入力ファイルリスト: ASCII	stdin
-o	必須	出力ファイル(平均): mrcImage	stdout
-f	選択	出力ファイル(平均): mrcImage(FFT)	stdout
-W	選択	白色ノイズ比(Noise/Signal)	1.0
-WR	選択	WhiteNoiseRaising	1.0
-SinWin	選択	サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax)	(0.1, 1.0)
-MaxIter	選択	Max Iteration	10
-ctfMode	選択	CTFMode	1
-solventMode	選択	溶媒の平滑化する場合に使用	0
-solventSTD	選択	solventMode=1の場合に使用	-1.0
-Log	選択	ログファイル名	stderr
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-ctfMode の詳細

モード	説明
0	位相のみ
1	位相+強度コントラスト
+32	照射角を考慮する
+256	絶対値を割り当てる（位相を補正しない）

-m の詳細

モード	説明
0	CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1	溶媒の平滑化処理を加える
+16	逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .

実行例

-i のデータ

元データの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886

上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。

/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3

Input-B120-CTF2.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
-5.60279e-08
13.2796

0.165995

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.3218 (28, 26, 0)

133.566 (37, 38, 0)
8.98254e-07
26.7724

0.334655

Input-B120-CTF3.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.5666 (25, 38, 0)

53.971 (44, 29, 0)
-5.02996e-08
9.30611

0.116326

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.4192 (47, 51, 0)

137.108 (49, 32, 0)
5.49823e-07
19.7161

0.246452

Input-B120-CTF4.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-68.355 (24, 39, 0)

42.4746 (44, 26, 0)
-3.45941e-08
10.9018

0.136272

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-43.0975 (26, 31, 0)

117.683 (49, 32, 0)
4.44953e-07
22.9822

0.287278

Input-B120-CTF5.mrcの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-44.9091 (37, 36, 0)

26.5736 (28, 28, 0)
-2.71914e-08
8.97143

0.112143

単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-33.0969 (49, 51, 0)

73.3827 (35, 37, 0)
-1.68364e-08
15.1195

0.188993

オプション必須項目のみの場合

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40.2801 (48, 52, 0)

104.151 (36, 38, 0)
1.24049e-07
18.8015

0.235019

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

7.30857e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.45621
19.8824

0.24853

オプション　-W

W=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-17.0714 (27, 31, 0)

23.2441 (40, 52, 0)
5.81327e-09
4.65713

0.0582141

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

3.22907e-07 (0, 0, 0)

62.9461 (46, 78, 0)
1.28884
4.68843

0.0586053

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.5567 (27, 31, 0)

15.7516 (24, 39, 0)
1.23206e-08
3.24282

0.0405352

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.72506e-08 (75, 37, 0)

45.7637 (46, 78, 0)
0.700623
3.33709

0.0417136

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-39.9332 (48, 52, 0)

102.315 (36, 38, 0)
1.52273e-07
18.7407

0.234259

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (40, 1, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.1815
19.8843

0.248553

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.2681 (68, 48, 0)

207.103 (36, 38, 0)
-1.0943e-09
45.5848

0.56981

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
6.47008
51.7633

0.647041

ctfMode=256で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-191.228 (36, 38, 0)

26.7763 (67, 30, 0)
-3.91243e-08
45.3127

0.566409

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
5.38217
51.6411

0.645514

ctfMode=257で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-90.5402 (36, 37, 0)

39.3153 (49, 51, 0)
-1.30477e-07
18.1267

0.226584

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.17451e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
3.33762
19.4523

0.243154

オプション　-m

m=1, W=1で実行

その他のオプションなし

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9.82557 (48, 51, 0)

92.1757 (49, 32, 0)
6.14297
14.8838

0.186048

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00108315 (40, 41, 0)

491.438 (0, 0, 0)
4.1562
18.0735

0.225919

-log のデータ

iter          0 : rms    1.013455e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    1.355871e+00 : min    1.013455e+01
iter          2 : rms    8.647722e-01 : min    1.355871e+00
iter          3 : rms    6.229646e-01 : min    8.647722e-01
iter          4 : rms    4.844930e-01 : min    6.229646e-01
iter          5 : rms    3.971868e-01 : min    4.844930e-01
iter          6 : rms    3.377429e-01 : min    3.971868e-01
iter          7 : rms    2.951728e-01 : min    3.377429e-01
iter          8 : rms    2.629044e-01 : min    2.951728e-01
iter          9 : rms    2.370113e-01 : min    2.629044e-01

solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20.1029 (48, 51, 0)

87.1488 (49, 32, 0)
2.38926
14.7396

0.184245

-f の画像

Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00627302 (76, 14, 0

222.088 (42, 0, 0)
4.12707
15.7098

0.196372

-log のデータ

iter          0 : rms    3.709238e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.539059e+00 : min    3.709238e+01
iter          2 : rms    1.971014e+00 : min    3.539059e+00
iter          3 : rms    1.314187e+00 : min    1.971014e+00
iter          4 : rms    9.704149e-01 : min    1.314187e+00
iter          5 : rms    7.649823e-01 : min    9.704149e-01
iter          6 : rms    6.304888e-01 : min    7.649823e-01
iter          7 : rms    5.362647e-01 : min    6.304888e-01
iter          8 : rms    4.668152e-01 : min    5.362647e-01
iter          9 : rms    4.135905e-01 : min    4.668152e-01

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

85.3666 (27, 31, 0)

146.065 (58, 33, 0)
101.654
5.9911

0.0748887

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00707058 (78, 44, 0)

8132.32 (0, 0, 0)
4.62714
143.824

1.7978

-log のデータ

iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
iter          5 : rms    7.243526e-02 : min    8.473523e-02
iter          6 : rms    6.412249e-02 : min    7.243526e-02
iter          7 : rms    5.819677e-02 : min    6.412249e-02
iter          8 : rms    5.380184e-02 : min    5.819677e-02
iter          9 : rms    5.044070e-02 : min    5.380184e-02

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

35.7164 (27, 31, 0)

94.8793 (58, 33, 0)
52.0534
5.94982

0.0743728

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00307367 (71, 39, 0)

4164.28 (0, 0, 0)
3.33262
73.8045

0.922556

-log のデータ

iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01

m=16で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-90.5402 (36, 37, 0)

39.3153 (49, 51, 0)
-1.13944e-07
18.1267

0.226584

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.17451e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
3.33762
19.4523

0.243154

m=17で実行

-o の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-363.432 (24, 39, 0)

64206.9 (50, 53, 0)
12232.5
12224.9

152.812

-f の画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000769818 (62, 30, 0)

978599 (0, 0, 0)
2152.97
21751

271.888

-log のデータ

iter          0 : rms    2.228456e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    1.072463e+00 : min    2.228456e+00
iter          2 : rms    8.595473e-01 : min    1.072463e+00
iter          3 : rms    7.822678e-01 : min    8.595473e-01
iter          4 : rms    7.485957e-01 : min    7.822678e-01
iter          5 : rms    7.339871e-01 : min    7.485957e-01
iter          6 : rms    7.188863e-01 : min    7.339871e-01
iter          7 : rms    7.127621e-01 : min    7.188863e-01
iter          8 : rms    7.096454e-01 : min    7.127621e-01
iter          9 : rms    7.069848e-01 : min    7.096454e-01

@@ 行666: / 行666: @@
 </pre>
-====solventMode=1で実行====
+=====solventMode=1で実行=====
 <div>-o の画像</div>
 	<table>
@@ 行677: / 行677: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">-220.728 (30, 32, 0)<br>
+			<td><p align="left">-20.1029 (48, 51, 0)<br>
-.9295 (15, 31, 0)<br>
+.1488 (49, 32, 0)<br>
-				-9.08899<br>
+.38926<br>
-.6864<br>
+.7396<br>
-.7451<br></p>
+.184245<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行696: / 行696: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0.00745064 (63, 30, 0)<br>
+			<td><p align="left">0.00627302 (76, 14, 0<br>
-.491 (1, 0, 0)<br>
+.088 (42, 0, 0)<br>
-.81324<br>
+.12707<br>
-.2299<br>
+.7098<br>
-.831717<br></p>
+.196372<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行707: / 行707: @@
 <div>-log のデータ</div>
 <pre>
-iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06
+iter          0 : rms    3.709238e+01 : min    1.000000e+06
+iter          1 : rms    3.539059e+00 : min    3.709238e+01
+iter          2 : rms    1.971014e+00 : min    3.539059e+00
+iter          3 : rms    1.314187e+00 : min    1.971014e+00
+iter          4 : rms    9.704149e-01 : min    1.314187e+00
+iter          5 : rms    7.649823e-01 : min    9.704149e-01
+iter          6 : rms    6.304888e-01 : min    7.649823e-01
+iter          7 : rms    5.362647e-01 : min    6.304888e-01
+iter          8 : rms    4.668152e-01 : min    5.362647e-01
+iter          9 : rms    4.135905e-01 : min    4.668152e-01
 </pre>
+=====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行=====
-====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====
 <div>-o の画像</div>
 	<table>
@@ 行722: / 行730: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">342.42 (29, 32, 0)<br>
+			<td><p align="left">85.3666 (27, 31, 0)<br>
-.916 (15, 31, 0)<br>
+.065 (58, 33, 0)<br>
-.538<br>
+.654<br>
-.9686<br>
+.9911<br>
-.562009<br></p>
+.0748887<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行741: / 行749: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0.000751982 (61, 50, 0)<br>
+			<td><p align="left">0.00707058 (78, 44, 0)<br>
-.4 (0, 0, 0)<br>
+.32 (0, 0, 0)<br>
-.7463<br>
+.62714<br>
-.986<br>
+.824<br>
-.3592<br></p>
+.7978<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行752: / 行760: @@
 <div>-log のデータ</div>
 <pre>
-iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
+iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
-iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
+iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
-iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
+iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
-iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
+iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
-iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
+iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
-iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
+iter          5 : rms    7.243526e-02 : min    8.473523e-02
-iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
+iter          6 : rms    6.412249e-02 : min    7.243526e-02
-iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
+iter          7 : rms    5.819677e-02 : min    6.412249e-02
-iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
+iter          8 : rms    5.380184e-02 : min    5.819677e-02
-iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02
+iter          9 : rms    5.044070e-02 : min    5.380184e-02
 </pre>
+=====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行=====
-====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====
 <div>-o の画像</div>
 	<table>
@@ 行776: / 行783: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">107.285 (29, 32, 0)<br>
+			<td><p align="left">35.7164 (27, 31, 0)<br>
-.781 (15, 31, 0)<br>
+.8793 (58, 33, 0)<br>
-.402<br>
+.0534<br>
-.9686<br>
+.94982<br>
-.562009<br></p>
+.0743728<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行795: / 行802: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0.000789315 (61, 50, 0)<br>
+			<td><p align="left">0.00307367 (71, 39, 0)<br>
-.7 (0, 0, 0)<br>
+.28 (0, 0, 0)<br>
-.3983<br>
+.33262<br>
-.41<br>
+.8045<br>
-.17827<br></p>
+.922556<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行806: / 行813: @@
 <div>-log のデータ</div>
 <pre>
-iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
+iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
-iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
+iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
-iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
+iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
-iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
+iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
-iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
+iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
 </pre>
 ====m=16で実行====
@@ 行825: / 行831: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">-50.4152 (5, 2, 0)<br>
+			<td><p align="left">-90.5402 (36, 37, 0)<br>
-.22 (33, 32, 0)<br>
+.3153 (49, 51, 0)<br>
-.582<br>
+				-1.13944e-07<br>
-.06<br>
+.1267<br>
-.15719<br></p>
+.226584<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行844: / 行850: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br>
+			<td><p align="left">1.17451e-06 (75, 37, 0)<br>
-.2 (0, 0, 0)<br>
+.143 (42, 0, 0)<br>
-.7184<br>
+.33762<br>
-.42<br>
+.4523<br>
-.70969<br></p>
+.243154<br></p>
 			</td>
 		</tr>
 	</table>
 ====m=17で実行====
@@ 行865: / 行870: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">161250 (60, 60, 0)<br>
+			<td><p align="left">-363.432 (24, 39, 0)<br>
-.85064e+06 (29, 32, 0)<br>
+.9 (50, 53, 0)<br>
-<br>
+.5<br>
-<br>
+.9<br>
-.49<br></p>
+.812<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行884: / 行889: @@
 				標準誤差<br></p>
 			</td>
-			<td><p align="left">0.00899138 (31, 33, 0)<br>
+			<td><p align="left">0.000769818 (62, 30, 0)<br>
-.77048e+07 (0, 0, 0)<br>
+(0, 0, 0)<br>
-<br>
+.97<br>
 <br>
-.7<br></p>
+.888<br></p>
 			</td>
 		</tr>
@@ 行895: / 行900: @@
 <div>-log のデータ</div>
 <pre>
-iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
+iter          0 : rms    2.228456e+00 : min    1.000000e+06
-iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
+iter          1 : rms    1.072463e+00 : min    2.228456e+00
-iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
+iter          2 : rms    8.595473e-01 : min    1.072463e+00
-iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
+iter          3 : rms    7.822678e-01 : min    8.595473e-01
-iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
+iter          4 : rms    7.485957e-01 : min    7.822678e-01
-iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
+iter          5 : rms    7.339871e-01 : min    7.485957e-01
-iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
+iter          6 : rms    7.188863e-01 : min    7.339871e-01
-iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
+iter          7 : rms    7.127621e-01 : min    7.188863e-01
-iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
+iter          8 : rms    7.096454e-01 : min    7.127621e-01
-iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01
+iter          9 : rms    7.069848e-01 : min    7.096454e-01
 </pre>

「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 08:10時点における最新版

目次

オプション一覧

メインオプション

-ctfMode の詳細

-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション　-W

W=1で実行

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション　-m

m=1, W=1で実行

その他のオプションなし

solventMode=1で実行

solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

m=16で実行

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「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

2014年9月22日 (月) 08:10時点における最新版

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-m の詳細

-i のフォーマット

-Info2 のフォーマット

実行例

-i のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション -W

W=1で実行

オプション -WR

WR=10.0, W=0.5で実行

オプション -SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

オプション -ctfMode

ctfMode=32で実行

ctfMode=256で実行

ctfMode=257で実行

オプション -m

m=1, W=1で実行

その他のオプションなし

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MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行

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オプション　-WR

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