「lctfDetermination(API)」の版間の差分

2014年10月1日 (水) 07:16時点における最新版

DataManip/ctfInfo/src/lctfDeterminationはCTF推定のためのAPIで、ctfDetermineにて使用しています。

定数

構造体

typedef struct lctfDetermineInfo {
	ctfInfo initial;

	long    ThonRing; 	
	/* For Astigmatism */
	int     flagAstigmatism;
	int    section;

	int    degree;
	double step;
	double max;
	double min;
	float  firstRingDefocus;
	float  IntensityMin;
	float  IntensityMax;
	float* noise;
} lctfDetermineInfo;

API

CTFの推定

メイン

mode(0x000000F0でマスク)によった方法でCTFの推定を行います。
基本的に関数を呼び出すときのmodeは0x0000000Fでマスクをして使用しています。
現在のctfDetermineではこのAPIを使用せずに他のAPIを直接呼ぶようになっています。

extern void lctfDetermine(ctfInfo* result, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, lctfDetermineInfo* linfo, long mode);

mode(& 0x000000F0)	使用関数
0	lctfDeterminationbyMinMaxMethods
16	lctfDeterminationbyFittingMethods
32	lctfDeterminationbyDifferentialMethods
64	lctfDeterminationbyCovarianceMethods
96	lctfDeterminationbyMixMethods
128	lctfDeterminationbyMinSquareMethods
160, 161, 163(0x0000000Fのマスクでも判定)	lctfDeterminationbyMinSquareMethods EnvelopeDetermine
167(0x0000000Fのマスクでも判定)	lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp
176	lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection lctfDeterminationbyMinSquareMethods lctfDeterminationByTangent lastigmatismDetection

ミニマックス法

extern void lctfDeterminationbyMinMaxMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long mode);

フィッティング法

extern void lctfDeterminationbyFittingMethods(ctfInfo* res, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long mode);

角度分布

extern void angularDistributionFunctionOfSignalAndNoise(float x, float p[], float* y, float dyda[], int na);

入力: x, p
出力: y, dyda

p, dydaの要素は例えば下記のようなctfinfoのメンバに対応している。

No.	対応しているctfInfoメンバ
1	I0
2	defocus
3	Cs
4	ratioOfAmpToPhase
5	Ain
6	Cc
7	dE
8	BofVibration
9	WhiteNoise
10	WhiteNoise2
11	BofMTF
12	MolecEnv
13	kV
14	(定数)511*1e3
15	(関数)wavelengthOfElectron(ini->kV*1e3)
16	Magnification

差分法

extern void lctfDeterminationbyDifferentialMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing, long mode);

共分散法

extern void lctfDeterminationbyCovarianceMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing, long mode);

差分法+共分散法

extern void lctfDeterminationbyMixMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long* ThonRing,long mode);

最小二乗法

extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);

条件に振幅コントラスト(0.05 ~ 1.00 (+0.01))を加える

extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);

envelopeの推定

推定したenvelopeをresへ出力

extern void EnvelopeDetermine(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);

正接曲線を使用

extern double lctfDeterminationByTangent(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);

ヘルプ

modeの説明を出力します。

extern void lctfDtermmineUsage(FILE* fpt);

@@ 行1: / 行1: @@
-DataManip/ctfInfo/src/'''lctfDetermination'''は[[ctfDetermine]]のためのAPI です。
+DataManip/ctfInfo/src/'''lctfDetermination'''は[[CTF]]推定のための[[API]]で、[[ctfDetermine]]にて使用しています。
 == 定数 ==
@@ 行26: / 行26: @@
 ==== メイン ====
 mode(0x000000F0でマスク)によった方法で[[CTF]]の推定を行います。<br>
+基本的に関数を呼び出すときのmodeは0x0000000Fでマスクをして使用しています。<br>
 現在の[[ctfDetermine]]ではこの[[API]]を使用せずに他の[[API]]を直接呼ぶようになっています。
   extern void lctfDetermine(ctfInfo* result, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, lctfDetermineInfo* linfo, long mode);
@@ 行83: / 行84: @@
 ==== フィッティング法 ====
   extern void lctfDeterminationbyFittingMethods(ctfInfo* res, ctfInfo* var, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini, long mode);
+角度分布
   extern void angularDistributionFunctionOfSignalAndNoise(float x, float p[], float* y, float dyda[], int na);
+入力: x, p<br>
+出力: y, dyda<br>
+<br>
+p, dydaの要素は例えば下記のようなctfinfoのメンバに対応している。
+<table border="1">
+	<tr>
+		<th>No.</th>
+		<th>対応しているctfInfoメンバ</th>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>1</td>
+		<td>I0</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>2</td>
+		<td>defocus</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>3</td>
+		<td>Cs</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>4</td>
+		<td>ratioOfAmpToPhase</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>5</td>
+		<td>Ain</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>6</td>
+		<td>Cc</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>7</td>
+		<td>dE</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>8</td>
+		<td>BofVibration</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>9</td>
+		<td>WhiteNoise</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>10</td>
+		<td>WhiteNoise2</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>11</td>
+		<td>BofMTF</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>12</td>
+		<td>MolecEnv</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>13</td>
+		<td>kV</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>14</td>
+		<td>(定数)511*1e3</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>15</td>
+		<td>(関数)wavelengthOfElectron(ini->kV*1e3)</td>
+	</tr>
+	<tr>
+		<td>16</td>
+		<td>Magnification</td>
+	</tr>
+</table>
+<br>
 ==== 差分法 ====
@@ 行97: / 行175: @@
   extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethods(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);
+条件に振幅コントラスト(0.05 ~ 1.00 (+0.01))を加える
+ extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);
+==== envelopeの推定 ====
+推定したenvelopeをresへ出力
   extern void EnvelopeDetermine(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);
- extern void lctfDeterminationbyMinSquareMethodsWithAcomp(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,long* ThonRing,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres ,long mode);
+==== 正接曲線を使用 ====
   extern double lctfDeterminationByTangent(ctfInfo* res, mrcImage* mrc, ctfInfo* ini,lctfDetermineInfo* linfo,floatVector* defocus,floatVector* Eres, long mode);