ctfDetermine
提供: Eospedia
ctfDetermineとは、デフォーカスを決定するためのEosのコマンドである。
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル設定: ASCII(パラメータ) | NULL |
| -D | 選択 | デフォーカス初期値: [A] | 0.0 |
| -Cs | 選択 | 球面収差係数初期値: [mm] | 1.7 |
| -Cc | 選択 | 色収差係数初期値: [mm] | 1.2 |
| -dE | 選択 | dE初期値: [mm] | 0.2 |
| -Ac | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
| -CutLow | 選択 | CutOffLowFrequncy[/A] | 0.05 |
| -CutHigh | 選択 | CutOffHighFrequncy[/A] | 0.5 |
| -I0 | 選択 | I0 | 1.0 |
| -ratio | 選択 | ratioOfAmpToPhase | 0.1 |
| -Ai | 選択 | 照射半角: [mrad] | 0.03 |
| -BofMTF | 選択 | B of MTF [A] | 15.0 |
| -BofV | 選択 | B of Vibration [A] | 3.0 |
| -Mag | 選択 | 倍率 | 1.0 |
| -Noise | 選択 | S/N比 | 0.0 |
| -Noise2 | 選択 | S/N比2 | 0.0 |
| -MolcEnv | 選択 | Gaussian: Molcular Envelop [A] | 0.0 |
| -MolcEnv2 | 選択 | Table: Molcular Envelop | NULL |
| -min | 選択 | min of coefficient area | -10 |
| -max | 選択 | max of coefficient area | 10 |
| -s | 選択 | step of coefficient | 0.01 |
| -d | 選択 | degree of function | 6 |
| -S | 選択 | section number of fft | 4 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) |
| 16 | フィッティング法 |
| 32 | 差分法 |
| 64 | 共分散法 |
| 96 | 差分法+共分散法 |
| 128 | 最小二乗法 |
| 160 | 差分法+最小二乗法 (by Imamura) |
| 161 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) |
| 163 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) |
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション必須項目のみの場合
I: 1 Isignal: 1 Magnification: 1 defocus: 0 AoverP: 0.1 Cs: 1.7 Cc: 1.2 dE: 0.2 Ai: 0.03 MTFMode: 32767 MTF: 15 MTF2: 4.59163e-41 flagVibration: 0 BofVibration: 3 flagSN: 0 SN: 0 Inoise: 0 flagSN2: 0 SN2: 0 Inoise2: 0 flagMolecEnvTable: -1922289664 defocus2D0: 0 defocus2D1: 0 defocus0axis: 0 kV: 200 flagWin: -1906535056 CutLow: 0.05 CutHigh: 0.5
オプション -D
D=1で実行
defocus: 1 defocus2D0: 1 defocus2D1: 1
その他の内容は変化なし
オプション -Cs
Cs=2で実行
Cs: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Cc
Cc=1で実行
Cc: 1
その他の内容は変化なし
オプション -dE
dE=0.5で実行
dE: 0.5
その他の内容は変化なし
オプション -Ac
Ac=100で実行
kV: 100
その他の内容は変化なし
オプション -CutLow
CutLow=0.1で実行
CutLow: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -CutHigh
CutHigh=0.3で実行
CutHigh: 0.3
その他の内容は変化なし
オプション -I0
I0=2で実行
I: 2 Isignal: 2
その他の内容は変化なし
オプション -ratio
ratio=0.2で実行
AoverP: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -Ai
Ai=0.01で実行
Ai: 0.01
その他の内容は変化なし
オプション -BofMTF
BofMTF=20で実行
MTF: 20
その他の内容は変化なし
オプション -BofV
BofV=5で実行
flagVibration: 1 BofVibration: 5
その他の内容は変化なし
オプション -Mag
Mag=2で実行
Magnification: 2
その他の内容は変化なし
オプション -Noise
Noise=0.1で実行
flagSN: 1 SN: 0.1 Inoise: 0.1
その他の内容は変化なし
オプション -Noise2
Noise2=0.2で実行
flagSN2: 1 SN2: 0.2 Inoise2: 0.2
その他の内容は変化なし
オプション -MolcEnv2
MolcEnv=(ファイル名)で実行
flagMolecEnvTable: 1 MET-File: (ファイル名)
その他の内容は変化なし
