「mrcImageCTFDetermination」の版間の差分
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2013年10月24日 (木) 06:29時点における版
mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定(Original Image ) | NULL |
| -r | 必須 | 参照ファイル設定(CTF Compensated Image) | NULL |
| -o | 選択 | Output Optimum [text] defocus and amlitude-contrast at minimum point |
stdout |
| -oP | 選択 | Output Distribution [mrc image] | NULL |
| -oC | 選択 | Output CTF Information file Type (-mC) |
NULL |
| -oF | 選択 | Output Result FFT[mrc image] | NULL |
| -kV | 選択 | AccVol[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | Cs[mm] | 2.1 |
| -Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] | 0.02 |
| -W | 選択 | WhiteNoise | 1.0 |
| -df | 選択 | df[A] for in(mindf, maxdf, deldf)) | (0.0, 200000, 1000) |
| -AoveP | 選択 | AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) | (0.0, 1.0, 0.01) |
| -Rmin | 選択 | Rmin[/A] | 0.0 |
| -Rmax | 選択 | Rmax[/A] | 0.1 |
| -mF | 選択 | Filter Type | 1 |
| -mW | 選択 | Wight Type | 0 |
| -mS | 選択 | Sum Type | 0 |
| -mC | 選択 | CTF Information Type | 0 |
| -M | 選択 | ref Type | 0 |
| -PiselSize | 選択 | Pixel Size [A] | 5 |
| -Width | 選択 | Pad Width [pixel] | 120 |
| -truePitch | 選択 | True Pitch [A] | 700 |
| -dfRef | 選択 | dfRef for ref(firstDf, withinDf) | (70000, 1000) |
| -AoverPRef | 選択 | A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) | (0.05, 0.01) |
| -MaxIter | 選択 | MaxIteration for ref | 10 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mF の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No CTF compensation |
| 1 | Phase only: W = CTF/|CTF| |
| 2 | Multiply : W = CTF |
| 3 | Multiply : W = 1/CTF |
| 4 | Wiener filter (constant noise): W = CTF/(|CTF|^2+N^2) |
| 5 | Multiply : W = CTF^2 |
-mW の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Weight = 1 |
| 1 | Weight = (|in| + |ref|)/2 |
-mS の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Sigma[Phase(i)] |
| 1 | Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)] |
-M の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | CTF compensated single image |
| 1 | Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation. CTF compensatation were done between min defocus to max defocus. |
| 2 | Result FFT (Options) -oF, -dfRef, -AoverPRef |
