「pdb2mrc」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行2: | 行2: | ||
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
| + | ===メインオプション=== | ||
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
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</table> | </table> | ||
| − | == モード説明 == | + | ===モード説明=== |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ==実行例== | |
| − | + | === 入力ファイルの画像 === | |
| − | === | + | |
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[[ファイル:121p.png]]<br> | [[ファイル:121p.png]]<br> | ||
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細<br> | pdbInfoでみた入力ファイルの詳細<br> | ||
[[ファイル:121p-Info.png]] | [[ファイル:121p-Info.png]] | ||
| − | === | + | ===入力データ=== |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
<div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> | <div>オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する<br> | ||
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定<br></div> | 今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定<br></div> | ||
| 行163: | 行153: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | ||
| − | + | ===オプション -m=== | |
| − | + | ====m=0で実行==== | |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行185: | 行175: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| − | + | ||
| − | + | ====m=1で実行==== | |
| − | + | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行209: | 行198: | ||
=== オプション: -w === | === オプション: -w === | ||
| − | + | ====w=10で実行==== | |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
<br> | <br> | ||
オプション指定前の画像データ<br> | オプション指定前の画像データ<br> | ||
| 行219: | 行204: | ||
<br> | <br> | ||
オプション指定後の画像データ<br> | オプション指定後の画像データ<br> | ||
| − | [[ファイル:121p.m5.info2.png]] | + | [[ファイル:121p.m5.info2.png]] |
| − | == オプション: -sig == | + | === オプション: -sig === |
| − | + | ====sig=1で実行==== | |
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
| − | + | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
2013年11月8日 (金) 07:24時点における版
pdb2mrcとはpdbファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
| -nx | 選択 | 出力画像ｘ軸の幅を設定 | 1 |
| -ny | 選択 | 出力画像ｙ軸の幅を設定 | 1 |
| -nz | 選択 | 出力画像ｚ軸の幅を設定 | 1 |
| -Sx | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｘ軸） | 0.0 |
| -Sy | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｙ軸） | 0.0 |
| -Sz | 選択 | 入力ファイルの読み込み開始地点設定（ｚ軸） | 0.0 |
| -dx | 選択 | １ピクセルのｘ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dy | 選択 | １ピクセルのｙ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -dz | 選択 | １ピクセルのｚ軸の幅を設定 | 2.5 |
| -w | 選択 | 重量を設定 | 1.0 |
| -sig | 選択 | 原子の半径 | 0.0 |
| -m | 選択 | モード設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モード説明
実行例
入力ファイルの画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
入力データ
オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
| -nx | 100 |
| -ny | 100 |
| -nz | 1 |
| -Sx | -18 |
| -Sy | -1 |
| -Sz | 0.5 |
| -dx | 0.5 |
| -dy | 0.5 |
| -dz | 60 |
オプション -m
m=0で実行
 |
最小 最大 |
0 4 |
m=1で実行
 |
最小 最大 |
0 9516.95 |
オプション: -w
w=10で実行
オプション指定前の画像データ
オプション指定後の画像データ
オプション: -sig
sig=1で実行
 |
最小 最大 |
0 0.251258 |
