「pdbHelix」の版間の差分
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| + | 平均値<br> | ||
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| + | ===オプション -nx, -ny, -nz=== | ||
| + | ====nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行==== | ||
| + | =====pdbの画像===== | ||
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| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-nxnynz-pdbHelix.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01<br> | ||
| + | 4.873676e+01 <br> | ||
| + | 37.32 37.25 43.34<br></p> | ||
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| + | =====[[mrcImage]](3D)の画像===== | ||
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| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 115 (22, 19, 7)<br> | ||
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| + | <td>[[画像:Outdata--pdbHelix.png]]</td> | ||
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| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
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| + | =====[[mrcImage]](3D)の画像===== | ||
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| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
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2013年11月12日 (火) 06:04時点における版
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: [pdb] | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: [pdb] | NULL |
| -3 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
| -2 | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(2D y-z投影) | NULL |
| -d | 選択 | delta[A] (mrcImage) | 5 |
| -p | 必須 | deltaPhi | 165 |
| -dp | 選択 | deltaDeltaPhi | 5 |
| -z | 必須 | deltaz | 5 |
| -n | 必須 | 分子数 | 1 |
| -nx | 選択 | Pixel x | 1 |
| -ny | 選択 | Pixel y | 1 |
| -nz | 選択 | Pixel z | 1 |
| -Sx | 選択 | Start x: [A] | 0.0 |
| -Sy | 選択 | Start y: [A] | 0.0 |
| -Sz | 選択 | Start z: [A] | 0.0 |
| -w | 選択 | 重量 | 1.0 |
| -dx | 選択 | dx | 2.5 |
| -dy | 選択 | dy | 2.5 |
| -dz | 選択 | dz | 2.5 |
| -startn | 選択 | start molecule's index | 0 |
| -startC | 選択 | Start chain ID | A |
| -deltaSeq | 選択 | 1000 | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
-4.617250e-01 -2.186292e-01 -5.402542e+00 3.823869e+01 |
オプション必須項目のみの場合
p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
 |
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) |
mrcImage(2D y-z投影)の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 0 (0, 0, 0) |
オプション -dp
dp=1, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
 |
重心 最大半径 |
-3.243688e-02 -3.582667e-02 1.709746e+01 4.873562e+01 |
mrcImage(3D)の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) |
オプション -nx, -ny, -nz
nx=50, ny=50, nz=50, p=165, z=5, n=10で実行
pdbの画像
 |
重心 最大半径 |
-3.341094e-02 -3.689271e-02 1.709746e+01 4.873676e+01 |
mrcImage(3D)の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 115 (22, 19, 7) |
で実行
pdbの画像
| ファイル:Outdata--pdbHelix.png | 重心 最大半径 |
|
mrcImage(3D)の画像
| ファイル:Outdata3--pdbHelix.png | 最小 最大 |
|
