「mrcImageInfo」の版間の差分

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−
'''mrcImageInfo'''とは[[mrc]]ファイルの画像の情報を表示するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageInfo'''とは[[mrcImage]]ファイルの画像の情報を表示するための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行24: 行24:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-I[nfo]</td>  
+
<td>-I</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>このオプションが設定された場合には、画像の一般的な統計情報が出力される</td>  
 
<td>このオプションが設定された場合には、画像の一般的な統計情報が出力される</td>  
行32: 行32:
 
<td>-X</td>  
 
<td>-X</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>X Section at y=X(value)</td>  
+
<td>出力: x=Xの値: テキスト</td>  
 
<td>0.0</td>
 
<td>0.0</td>
 
</tr>
 
</tr>
行38: 行38:
 
<td>-Y</td>  
 
<td>-Y</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Y Section at y=Y(value)</td>  
+
<td>出力: y=Yの値: テキスト</td>  
 
<td>0.0</td>
 
<td>0.0</td>
 
</tr>
 
</tr>
行44: 行44:
 
<td>-x</td>  
 
<td>-x</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>x Projection[OutPut ASCII FILE]</td>  
+
<td>出力: x軸への投影: テキスト</td>  
 
<td></td>
 
<td></td>
 
</tr>
 
</tr>
行50: 行50:
 
<td>-y</td>  
 
<td>-y</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>y Projection[OutPut ASCII FILE]</td>  
+
<td>出力: y軸への投影: テキスト</td>  
 
<td></td>
 
<td></td>
 
</tr>
 
</tr>
行56: 行56:
 
<td>-H</td>  
 
<td>-H</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram: Class Number: Normalize</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Normalize): 分割数設定</td>  
 
<td>256</td>
 
<td>256</td>
 
</tr>
 
</tr>
行62: 行62:
 
<td>-H2</td>  
 
<td>-H2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram2: Class Width: Integer: Normalize</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Normalize): 幅設定</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行68: 行68:
 
<td>-H3</td>  
 
<td>-H3</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram: Class Number: Count</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Count): 分割数設定</td>  
 
<td>256</td>
 
<td>256</td>
 
</tr>
 
</tr>
行74: 行74:
 
<td>-H4</td>  
 
<td>-H4</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram2: Class Width: Integer: Count</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Count): 幅設定</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行80: 行80:
 
<td>-H5</td>  
 
<td>-H5</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram5: Class Number: Count</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 分割数設定</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行86: 行86:
 
<td>-H6</td>  
 
<td>-H6</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Histgram6: Class Width: Integer: Count</td>  
+
<td>ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 幅設定</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行92: 行92:
 
<td>-Low</td>  
 
<td>-Low</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Low : thres</td>  
+
<td>閾値(出力の開始点)</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行98: 行98:
 
<td>-High</td>  
 
<td>-High</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>High: thres</td>  
+
<td>閾値(出力の終了点)</td>  
 
<td>1</td>
 
<td>1</td>
 
</tr>
 
</tr>
行110: 行110:
 
<td>-c</td>  
 
<td>-c</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td></td>  
+
<td>コンフィグファイル設定</td>  
−
<td>NULL</td>
+
<td>NULL</td>  
−
</tr>
+
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td></td>  
+
<td>モードを設定</td>  
−
<td>0</td>
+
<td>0</td>  
−
</tr>
+
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-h</td>  
 
<td>-h</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td></td>  
+
<td>ヘルプを表示</td>  
−
<td></td>
+
<td>　</td>  
−
</tr>
+
</tr>  
 
  </div>  
 
  </div>  
 
</table>  
 
</table>  
行136: 行136:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>0</th>  
+
<td>0</td>  
−
<th>mean of all density</th>  
+
<td>mean of all density</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>1</th>  
+
<td>1</td>  
−
<th>mean of sphere surface density at rmax</th>  
+
<td>mean of sphere surface density at rmax</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>2</th>  
+
<td>2</td>  
−
<th>mean of cylinder surface density at rmax</th>  
+
<td>mean of cylinder surface density at rmax</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>3</th>  
+
<td>3</td>  
−
<th>mean of edge pixels</th>  
+
<td>mean of edge pixels</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>4</th>  
+
<td>4</td>  
−
<th>mean of Centre</th>  
+
<td>mean of Centre</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>5</th>  
+
<td>5</td>  
−
<th>mean of Sparse</th>  
+
<td>mean of Sparse</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>6</th>  
+
<td>6</td>  
−
<th>mean of 2DEdge</th>  
+
<td>mean of 2DEdge</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<th>7</th>  
+
<td>7</td>  
−
<th>RMS of all pixels</th>  
+
<td>RMS of all pixels</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
行176: 行176:
  
  
−
===-Iで実行===
+
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>オプションなしでは何も出力されない。 </div>
 +
 
 +
===オプション -I===
 
<pre>
 
<pre>
−
Min:              0 (41, 10, 0) 最小
+
Min:              0 (41, 10, 0) 最小値(最小を取る座標)
−
Max:            255 (42, 36, 0) 最大
+
Max:            255 (42, 36, 0) 最大値(最大を取る座標)
 
Mean:        111.211 平均値
 
Mean:        111.211 平均値
 
SD:          32.7239 標準偏差
 
SD:          32.7239 標準偏差
 
SE:        0.409049 標準誤差
 
SE:        0.409049 標準誤差
 
Sum:          711751
 
Sum:          711751
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-X===
 +
====X=40で実行====
 +
<pre>
 +
    0            117
 +
    1            118
 +
    2            128
 +
    3            100
 +
    4            133
 +
    5              70
 +
 +
-中略-
 +
 +
  74            118
 +
  75              73
 +
  76              83
 +
  77              97
 +
  78              79
 +
  79              96
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-Y===
 +
====Y=40で実行====
 +
<pre>
 +
    0            105
 +
    1            130
 +
    2              76
 +
    3              98
 +
    4            113
 +
    5              86
 +
 +
-中略-
 +
 +
  74            131
 +
  75            111
 +
  76              97
 +
  77              79
 +
  78              71
 +
  79            128
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-x===
 +
<pre>
 +
    0            230
 +
    1              2
 +
    2              23
 +
    3            157
 +
    4            107
 +
    5            108
 +
 +
-中略-
 +
 +
  74            197
 +
  75              57
 +
  76            118
 +
  77            157
 +
  78              49
 +
  79            102
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-y===
 +
<pre>
 +
    0              66
 +
    1            116
 +
    2            223
 +
    3            135
 +
    4            185
 +
    5            231
 +
 +
-中略-
 +
 +
  74            154
 +
  75            158
 +
  76            177
 +
  77            189
 +
  78            244
 +
  79              5
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-H===
 +
====H=256で実行====
 +
<pre>
 +
              0      0.00990099 | *
 +
              1              0 |*
 +
              2              0 |*
 +
              3              0 |*
 +
              4              0 |*
 +
              5              0 |*
 +
 +
-中略-
 +
 +
            62        0.217822 |    *
 +
            63        0.326733 |      *
 +
            64        0.306931 |    *
 +
            65        0.267327 |    *
 +
            66        0.326733 |      *
 +
            67        0.336634 |      *
 +
            68        0.287129 |    *
 +
            69        0.356436 |      *
 +
            70        0.356436 |      *
 +
            71        0.386139 |      *
 +
            72        0.39604 |      *
 +
            73        0.386139 |      *
 +
            74        0.415842 |      *
 +
            75        0.386139 |      *
 +
            76        0.465347 |        *
 +
            77        0.475248 |        *
 +
            78        0.475248 |        *
 +
            79        0.584158 |          *
 +
            80        0.50495 |        *
 +
 +
-中略-
 +
 +
            116        0.920792 |              *
 +
            117        0.920792 |              *
 +
            118        0.683168 |          *
 +
            119              1 |                *
 +
            120        0.782178 |            *
 +
            121        0.712871 |            *
 +
            122        0.623762 |          *
 +
            123        0.594059 |          *
 +
            124        0.653465 |          *
 +
            125        0.70297 |            *
 +
            126        0.70297 |            *
 +
            127        0.653465 |          *
 +
            128        0.613861 |          *
 +
            129        0.633663 |          *
 +
            130        0.485149 |        *
 +
            131        0.564356 |          *
 +
            132        0.514851 |        *
 +
            133        0.475248 |        *
 +
            134        0.405941 |      *
 +
 +
-中略-
 +
 +
            250              0 |*
 +
            251              0 |*
 +
            252              0 |*
 +
            253              0 |*
 +
            254              0 |*
 +
            255      0.00990099 | *
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-H2===
 +
====H2=2で実行====
 +
<pre>
 +
              0      0.00540541 | *
 +
              2              0 |*
 +
              4              0 |*
 +
              6              0 |*
 +
              8      0.0108108 | *
 +
            10              0 |*
 +
 +
-中略-
 +
 +
            62        0.259459 |    *
 +
            64        0.345946 |      *
 +
            66        0.324324 |      *
 +
            68        0.340541 |      *
 +
            70        0.389189 |      *
 +
            72        0.427027 |      *
 +
            74        0.437838 |        *
 +
            76        0.464865 |        *
 +
            78        0.518919 |        *
 +
            80        0.594595 |          *
 +
 +
-中略-
 +
 +
            116        0.989189 |                *
 +
            118        0.875676 |              *
 +
            120        0.972973 |                *
 +
            122        0.72973 |            *
 +
            124        0.681081 |          *
 +
            126        0.767568 |            *
 +
            128        0.691892 |            *
 +
            130        0.610811 |          *
 +
            132        0.589189 |          *
 +
            134        0.481081 |        *
 +
 +
-中略-
 +
 +
            244      0.00540541 | *
 +
            246      0.0108108 | *
 +
            248      0.00540541 | *
 +
            250              0 |*
 +
            252              0 |*
 +
            254              0 |*
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-H3===
 +
====H3=256で実行====
 +
<pre>
 +
              0              1
 +
              1              0
 +
              2              0
 +
              3              0
 +
              4              0
 +
              5              0
 +
 +
-中略-
 +
 +
            125              71
 +
            126              71
 +
            127              66
 +
            128              62
 +
            129              64
 +
            130              49
 +
            131              57
 +
 +
-中略-
 +
 +
            250              0
 +
            251              0
 +
            252              0
 +
            253              0
 +
            254              0
 +
            255              1
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-H4===
 +
====H4=1で実行====
 +
<pre>
 +
              0              1
 +
              1              0
 +
              2              0
 +
              3              0
 +
              4              0
 +
              5              0
 +
 +
-中略-
 +
 +
            125              71
 +
            126              71
 +
            127              66
 +
            128              62
 +
            129              64
 +
            130              49
 +
            131              57
 +
 +
-中略-
 +
 +
            250              0
 +
            251              0
 +
            252              0
 +
            253              0
 +
            254              0
 +
            255              1
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-H5===
 +
====H5=1で実行====
 +
<pre>
 +
            nan    4.54753e-11 | *
 +
</pre>
 +
 +
===オプション　-H6===
 +
====H6=1で実行====
 +
<pre>
 +
              1    4.54753e-11
 
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2013年11月20日 (水) 03:31時点における版

mrcImageInfoとはmrcImageファイルの画像の情報を表示するためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定 NULL
-o 選択 出力ファイル設定 stdout(設定しなければ標準出力）
-I 選択 このオプションが設定された場合には、画像の一般的な統計情報が出力される
-X 選択 出力: x=Xの値: テキスト 0.0
-Y 選択 出力: y=Yの値: テキスト 0.0
-x 選択 出力: x軸への投影: テキスト
-y 選択 出力: y軸への投影: テキスト
-H 選択 ヒストグラム出力(Normalize): 分割数設定 256
-H2 選択 ヒストグラム出力(Normalize): 幅設定 1
-H3 選択 ヒストグラム出力(Count): 分割数設定 256
-H4 選択 ヒストグラム出力(Count): 幅設定 1
-H5 選択 ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 分割数設定 1
-H6 選択 ヒストグラム出力(Count: -Low, -Highを使用): 幅設定 1
-Low 選択 閾値(出力の開始点) 1
-High 選択 閾値(出力の終了点) 1
-rmax 選択 rmax [A] 250
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 mean of all density
1 mean of sphere surface density at rmax
2 mean of cylinder surface density at rmax
3 mean of edge pixels
4 mean of Centre
5 mean of Sparse
6 mean of 2DEdge
7 RMS of all pixels


実行例

入力ファイルの画像

B120-2-mrcImageInfo.png


オプション必須項目のみの場合

オプションなしでは何も出力されない。

オプション -I

Min:               0 (41, 10, 0)	最小値(最小を取る座標)
Max:             255 (42, 36, 0)	最大値(最大を取る座標)
Mean:         111.211		平均値
SD:          32.7239			標準偏差
SE:         0.409049			標準誤差
Sum:          711751

オプション　-X

X=40で実行

    0             117
    1             118
    2             128
    3             100
    4             133
    5              70

-中略-

   74             118
   75              73
   76              83
   77              97
   78              79
   79              96


オプション　-Y

Y=40で実行

    0             105
    1             130
    2              76
    3              98
    4             113
    5              86

-中略-

   74             131
   75             111
   76              97
   77              79
   78              71
   79             128

オプション　-x

    0             230
    1               2
    2              23
    3             157
    4             107
    5             108

-中略-

   74             197
   75              57
   76             118
   77             157
   78              49
   79             102

オプション　-y

    0              66
    1             116
    2             223
    3             135
    4             185
    5             231

-中略-

   74             154
   75             158
   76             177
   77             189
   78             244
   79               5

オプション　-H

H=256で実行

              0      0.00990099 | *
              1               0 |*
              2               0 |*
              3               0 |*
              4               0 |*
              5               0 |*

-中略-

             62        0.217822 |    *
             63        0.326733 |      *
             64        0.306931 |     *
             65        0.267327 |     *
             66        0.326733 |      *
             67        0.336634 |      *
             68        0.287129 |     *
             69        0.356436 |      *
             70        0.356436 |      *
             71        0.386139 |       *
             72         0.39604 |       *
             73        0.386139 |       *
             74        0.415842 |       *
             75        0.386139 |       *
             76        0.465347 |        *
             77        0.475248 |        *
             78        0.475248 |        *
             79        0.584158 |          *
             80         0.50495 |         *

-中略-

            116        0.920792 |               *
            117        0.920792 |               *
            118        0.683168 |           *
            119               1 |                *
            120        0.782178 |             *
            121        0.712871 |            *
            122        0.623762 |          *
            123        0.594059 |          *
            124        0.653465 |           *
            125         0.70297 |            *
            126         0.70297 |            *
            127        0.653465 |           *
            128        0.613861 |          *
            129        0.633663 |           *
            130        0.485149 |        *
            131        0.564356 |          *
            132        0.514851 |         *
            133        0.475248 |        *
            134        0.405941 |       *

-中略-

            250               0 |*
            251               0 |*
            252               0 |*
            253               0 |*
            254               0 |*
            255      0.00990099 | *


オプション　-H2

H2=2で実行

              0      0.00540541 | *
              2               0 |*
              4               0 |*
              6               0 |*
              8       0.0108108 | *
             10               0 |*

-中略-

             62        0.259459 |     *
             64        0.345946 |      *
             66        0.324324 |      *
             68        0.340541 |      *
             70        0.389189 |       *
             72        0.427027 |       *
             74        0.437838 |        *
             76        0.464865 |        *
             78        0.518919 |         *
             80        0.594595 |          *

-中略-

            116        0.989189 |                *
            118        0.875676 |               *
            120        0.972973 |                *
            122         0.72973 |            *
            124        0.681081 |           *
            126        0.767568 |             *
            128        0.691892 |            *
            130        0.610811 |          *
            132        0.589189 |          *
            134        0.481081 |        *

-中略-

            244      0.00540541 | *
            246       0.0108108 | *
            248      0.00540541 | *
            250               0 |*
            252               0 |*
            254               0 |*

オプション　-H3

H3=256で実行

              0               1 
              1               0 
              2               0 
              3               0 
              4               0 
              5               0 

-中略-

            125              71 
            126              71 
            127              66 
            128              62 
            129              64 
            130              49 
            131              57 

-中略-

            250               0 
            251               0 
            252               0 
            253               0 
            254               0 
            255               1

オプション　-H4

H4=1で実行

              0               1 
              1               0 
              2               0 
              3               0 
              4               0 
              5               0 

-中略-

            125              71 
            126              71 
            127              66 
            128              62 
            129              64 
            130              49 
            131              57 

-中略-

            250               0 
            251               0 
            252               0 
            253               0 
            254               0 
            255               1

オプション　-H5

H5=1で実行

            nan     4.54753e-11 | *

オプション　-H6

H6=1で実行

              1     4.54753e-11

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