「mrcImageCTFObservation」の版間の差分
| 行92: | 行92: | ||
</table> | </table> | ||
| − | === | + | ===-ctfMode の詳細=== |
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <th>モード | + | <th>モード</th> |
<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行115: | 行115: | ||
<td>絶対値を割り当てる（位相を補正しない）</td> | <td>絶対値を割り当てる（位相を補正しない）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | |||
| − | |||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
| 行140: | 行138: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| 行159: | 行158: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション -kV=== | ===オプション -kV=== | ||
| 行179: | 行179: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション -Cs=== | ===オプション -Cs=== | ||
| 行199: | 行200: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション -df=== | ===オプション -df=== | ||
| 行219: | 行221: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション -Astig=== | ===オプション -Astig=== | ||
| 行239: | 行242: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
===オプション -ctfMode=== | ===オプション -ctfMode=== | ||
| 行259: | 行263: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=1, A=0.3で実行==== | ====ctfMode=1, A=0.3で実行==== | ||
| 行278: | 行283: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=32で実行==== | ====ctfMode=32で実行==== | ||
| 行297: | 行303: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=32, Ain=0.5で実行==== | ====ctfMode=32, Ain=0.5で実行==== | ||
| 行316: | 行323: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=33, A=0.3, Ain=0.5で実行==== | ====ctfMode=33, A=0.3, Ain=0.5で実行==== | ||
| 行335: | 行343: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=256で実行==== | ====ctfMode=256で実行==== | ||
| 行354: | 行363: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=257, A=0.3で実行==== | ====ctfMode=257, A=0.3で実行==== | ||
| 行373: | 行383: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=288, Ain=0.5で実行==== | ====ctfMode=288, Ain=0.5で実行==== | ||
| 行392: | 行403: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | |||
====ctfMode=289, A=0.3, Ain=0.5で実行==== | ====ctfMode=289, A=0.3, Ain=0.5で実行==== | ||
2013年12月9日 (月) 02:51時点における版
mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage(CTF) | NULL |
| -kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | 球面収差係数[mm] | 2.1 |
| -df | 選択 | デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] | 27000 |
| -A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.0 |
| -Ain | 選択 | 照射角[mrad] | 0.0 |
| -white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
| -SinWin | 選択 | RMin[A-1] RMax[A-1] | 0.1 1.0 |
| -ctfMode | 選択 | ctfMode | 0 |
| -Astig | 選択(設定された場合に意味がある) | dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree] | 0 0 0 |
| -c | 選択 | configFile | NULL |
| -m | 選択 | mode | 0 |
-ctfMode の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 位相のみ |
| 1 | 位相+強度コントラスト |
| +32 | 照射角を考慮する |
| +256 | 絶対値を割り当てる（位相を補正しない） |
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション -kV
kV=100で実行
 |
最小 最大 |
-1.3573 (35, 32, 9) 1.38956 (35, 34, 7) |
オプション -Cs
Cs=100で実行
 |
最小 最大 |
-1.35726 (35, 32, 8) 1.8312 (35, 0, 41) |
オプション -df
df=10000で実行
 |
最小 最大 |
-1.28933 (32, 0, 55) 1.03029 (35, 0, 51) |
オプション -Astig
Astig=(30, 90, 120)で実行
 |
最小 最大 |
-0.029695 (42, 23, 11) 0.0255489 (16, 55, 39) |
オプション -ctfMode
ctfMode=1で実行
 |
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
ctfMode=1, A=0.3で実行
 |
最小 最大 |
-1.9985 (35, 32, 8) 1.34461 (35, 0, 55) |
ctfMode=32で実行
 |
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
ctfMode=32, Ain=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-0.350623 (35, 32, 6) 0.245701 (35, 0, 59) |
ctfMode=33, A=0.3, Ain=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-0.883757 (35, 37, 6) 0.158849 (31, 0, 39) |
ctfMode=256で実行
 |
最小 最大 |
-0.585282 (25, 35, 9) 1.26871 (35, 35, 5) |
ctfMode=257, A=0.3で実行
 |
最小 最大 |
-0.531247 (40, 0, 48) 1.3716 (28, 35, 8) |
ctfMode=288, Ain=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-0.240781 (35, 0, 41) 0.346951 (35, 32, 6) |
ctfMode=289, A=0.3, Ain=0.5で実行
 |
最小 最大 |
-0.153685 (39, 0, 61) 0.881467 (35, 34, 6) |
