「pdbRhoFitTm」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の9版が非表示)
行116: 行116:
 
<td>-EA</td>  
 
<td>-EA</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>オイラー角</td>  
+
<td>[[オイラー角]]の回転モード</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
<td>ZOYS</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行217: 行217:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-C</td>  
 
<td>-C</td>  
−
<td>Variable</td>  
+
<td>選択</td>  
−
<td>コンターレベル</td>  
+
<td>可変入力: コンターレベル</td>  
−
<td>0.0</td>  
+
<td>0.0 ...</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行446: 行446:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png]]</td>  
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br>
 +
15519 (32, 8, 0)<br>
 +
125.844<br>
 +
1103.92<br>
 +
7.06681<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-xmin, -xmax, xd===
 +
====xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.366163e+01    1.936936e+02  -1.402542e+00<br>
 +
3.823834e+01<br>
 +
21.46      37.49      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br>
 +
16153 (30, 4, 0)<br>
 +
133.759<br>
 +
1154.61<br>
 +
7.3913<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-ymin, -ymax, yd===
 +
====ymin=10, ymax=30, yd=5, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.960260e+01    2.098140e+02    3.597458e+00<br>
 +
3.823860e+01<br>
 +
22.15      37.81      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (15, 0, 0)<br>
 +
16212 (28, 9, 0)<br>
 +
145.389<br>
 +
1144.65<br>
 +
7.32756<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-zmin, -zmax, -zd===
 +
====zmin=20, zmax=70, zd=2, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.960260e+01    1.998140e+02    1.459746e+01<br>
 +
3.823860e+01<br>
 +
22.15      37.81      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br>
 +
7065 (28, 0, 0)<br>
 +
12.826<br>
 +
216.816<br>
 +
2.47988<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-EA===
 +
====EA=YOYS, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-EA-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.367327e+02  -2.186292e-01    2.095572e+02<br>
 +
3.823908e+01 <br>
 +
34.54      22.99      22.20<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-EA-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (9, 0, 0)<br>
 +
11951 (0, 1, 0)<br>
 +
19.1756<br>
 +
362.85<br>
 +
2.32281<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-phimin, -phimax, -phid===
 +
====phimin=0, phimax=360, phid=3, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.280264e+02    1.054504e+01    2.597458e+00<br>
 +
3.823844e+01 <br>
 +
23.11      37.92      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (7, 0, 0)<br>
 +
15675 (21, 8, 0)<br>
 +
82.6776<br>
 +
875.943<br>
 +
5.04642<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-psimin, -psimax, psid===
 +
====psimin=30, psimax=60, psid=6, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-9.654431e+01    8.513753e+01    2.044136e+02<br>
 +
3.823914e+01 <br>
 +
34.74      27.68      23.43<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
13241 (32, 24, 0)<br>
 +
217.879<br>
 +
1196.44<br>
 +
7.65912<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad===
 +
====thetamin=30, thetamax=60, thetad=10, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">7.654526e+01    1.778230e+02    3.222245e+02<br>
 +
3.823855e+01 <br>
 +
33.84      20.73      30.97<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
17440 (1, 59, 0)<br>
 +
150.133<br>
 +
1133.08<br>
 +
7.25353<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Centre===
 +
====Centre, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-Centre-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.449082e+01    1.100415e+02    1.245975e+02<br>
 +
3.823843e+01<br>
 +
37.79      23.42      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Centre-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
28 (68, 20, 0)<br>
 +
0.166913<br>
 +
1.31871<br>
 +
0.00844185<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-m1-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-4.127895e+01    1.871655e+02    2.597458e+00<br>
 +
3.823911e+01  <br>
 +
21.51      36.99      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-m1-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  

2013年12月10日 (火) 02:43時点における最新版

pdbRhoFitTmとはEosのコマンドである。


目次

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-Sx 必須 xの回転軸 55
-Sy 必須 yの回転軸 110
-Sz 必須 zの回転軸 110
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: [テキスト] NULL
-opdb 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角の回転モード ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 Contour Level for Normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tfactor 選択 Consider T factor
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C 選択 可変入力: コンターレベル 0.0 ...
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Sx	    : x of rotation axis
    -Sy     : y of rotation axis
    -Sz     : z of rotation axis
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5 (34, 41, 36)
0.00471829
0.0933498

0.000162869

オプション　-C

C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

オプション　-Sx

Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sx-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00

3.823867e+01

32.66 29.04 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sx-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 0, 0)

12888 (4, 8, 0)
95.5124
842.466

5.39311

オプション　-Sy

Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sy-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00

3.823857e+01

33.06 28.34 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sy-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (18, 0, 0)

14125 (93, 8, 0)
119.109
992.326

6.35246

オプション　-Sz

Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sz-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

オプション　-xmin, -xmax, xd

xmin=0, xmax=2, xd=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.366163e+01 1.936936e+02 -1.402542e+00

3.823834e+01

21.46 37.49 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-xminxmaxxd-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

16153 (30, 4, 0)
133.759
1154.61

7.3913

オプション　-ymin, -ymax, yd

ymin=10, ymax=30, yd=5, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.960260e+01 2.098140e+02 3.597458e+00

3.823860e+01

22.15 37.81 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-yminymaxyd-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 0, 0)

16212 (28, 9, 0)
145.389
1144.65

7.32756

オプション　-zmin, -zmax, -zd

zmin=20, zmax=70, zd=2, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.960260e+01 1.998140e+02 1.459746e+01

3.823860e+01

22.15 37.81 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-zminzmaxzd-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

7065 (28, 0, 0)
12.826
216.816

2.47988

オプション　-EA

EA=YOYS, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-EA-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.367327e+02 -2.186292e-01 2.095572e+02

3.823908e+01

34.54 22.99 22.20
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-EA-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (9, 0, 0)

11951 (0, 1, 0)
19.1756
362.85

2.32281

オプション　-phimin, -phimax, -phid

phimin=0, phimax=360, phid=3, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.280264e+02 1.054504e+01 2.597458e+00

3.823844e+01

23.11 37.92 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-phiminphimaxphid-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (7, 0, 0)

15675 (21, 8, 0)
82.6776
875.943

5.04642

オプション　-psimin, -psimax, psid

psimin=30, psimax=60, psid=6, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-9.654431e+01 8.513753e+01 2.044136e+02

3.823914e+01

34.74 27.68 23.43
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-psiminpsimaxpsid-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

13241 (32, 24, 0)
217.879
1196.44

7.65912

オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad

thetamin=30, thetamax=60, thetad=10, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

7.654526e+01 1.778230e+02 3.222245e+02

3.823855e+01

33.84 20.73 30.97
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-thetaminthetamaxthetad-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

17440 (1, 59, 0)
150.133
1133.08

7.25353

オプション　-Centre

Centre, Sx=55, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Centre-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.449082e+01 1.100415e+02 1.245975e+02

3.823843e+01

37.79 23.42 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Centre-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

28 (68, 20, 0)
0.166913
1.31871

0.00844185

オプション　-m

m=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-m1-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84
mrcImageの画像
Outdata(mrc)-m1-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

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