「mrcImageCTFObservation」の版間の差分

提供: Eospedia
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行255: 行255:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br>  
+
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
−
1.3162 (35, 0, 55)<br>  
+
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
−
-7.58399e-11<br>  
+
-1.94998e-08<br>  
−
0.19545<br>  
+
18.286<br>  
−
0.000279214<br></p>  
+
0.228575<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行265: 行265:
  
  
−
====ctfMode=1, A=0.3で実行====  
+
====ctfMode=1, A=1で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行275: 行275:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.9985 (35, 32, 8)<br>  
+
<td><p align="left">-62.9971 (27, 27, 0)<br>  
−
1.34461 (35, 0, 55)<br>  
+
310.586 (38, 36, 0)<br>  
−
-0.115484<br>  
+
21.0538<br>  
−
0.281817<br>  
+
58.8599<br>  
−
0.000402596<br></p>  
+
0.735749<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行295: 行295:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br>  
+
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
−
1.3162 (35, 0, 55)<br>  
+
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
−
-7.58399e-11<br>  
+
-1.94998e-08<br>  
−
0.19545<br>  
+
18.286<br>  
−
0.000279214<br></p>  
+
0.228575<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行305: 行305:
  
  
−
====ctfMode=32, Ain=0.5で実行====  
+
====ctfMode=32, Ain=0.1で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行315: 行315:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.350623 (35, 32, 6)<br>  
+
<td><p align="left">-61.8551 (28, 30, 0)<br>  
−
0.245701 (35, 0, 59)<br>  
+
85.9497 (38, 35, 0)<br>  
−
2.02659e-11<br>  
+
6.42321e-08<br>  
−
0.0506801<br>  
+
16.94<br>  
−
7.24001e-05<br></p>  
+
0.21175<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行335: 行335:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.883757 (35, 37, 6)<br>  
+
<td><p align="left">-56.019 (27, 27, 0)<br>  
−
0.158849 (31, 0, 39)<br>  
+
298.03 (38, 36, 0)<br>  
−
-0.115484<br>  
+
21.0538<br>  
−
0.182748<br>  
+
57.7534<br>  
−
0.000261069<br></p>  
+
0.721917<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行355: 行355:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.585282 (25, 35, 9)<br>  
+
<td><p align="left">-114.328 (37, 35, 0)<br>  
−
1.26871 (35, 35, 5)<br>  
+
68.9204 (29, 28, 0)<br>  
−
2.35154e-11<br>  
+
1.32575e-09<br>  
−
0.19545<br>  
+
18.286<br>  
−
0.000279214<br></p>  
+
0.228575<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行365: 行365:
  
  
−
====ctfMode=257, A=0.3で実行====  
+
====ctfMode=257, A=1で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行375: 行375:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.531247 (40, 0, 48)<br>  
+
<td><p align="left">-317.886 (37, 36, 0)<br>  
−
1.3716 (28, 35, 8)<br>  
+
73.1741 (29, 27, 0)<br>  
−
0.115484<br>  
+
-21.0538<br>  
−
0.281817<br>  
+
58.8599<br>  
−
0.000402596<br></p>  
+
0.735749<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行385: 行385:
  
  
−
====ctfMode=288, Ain=0.5で実行====  
+
====ctfMode=288, Ain=0.1で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行395: 行395:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.240781 (35, 0, 41)<br>  
+
<td><p align="left">-99.5577 (37, 35, 0)<br>  
−
0.346951 (35, 32, 6)<br>  
+
61.4533 (29, 28, 0)<br>  
−
-3.40159e-12<br>  
+
-5.21633e-08<br>  
−
0.0506801<br>  
+
16.94<br>  
−
7.24001e-05<br></p>  
+
0.21175<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行405: 行405:
  
  
−
====ctfMode=289, A=0.3, Ain=0.5で実行====  
+
====ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行415: 行415:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.153685 (39, 0, 61)<br>  
+
<td><p align="left">-299.98 (37, 36, 0)<br>  
−
0.881467 (35, 34, 6)<br>  
+
56.6101 (29, 27, 0)<br>  
−
0.115484<br>  
+
-21.0538<br>  
−
0.182748<br>  
+
57.7534<br>  
−
0.000261069<br></p>  
+
0.721917<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2013年12月25日 (水) 08:31時点における版

mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage(CTF) NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] 27000
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.0
-Ain 選択 照射角[mrad] 0.0
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-SinWin 選択 RMin[A-1] RMax[A-1] 0.1 1.0
-ctfMode 選択 ctfMode 0
-Astig 選択(設定された場合に意味がある) dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree] 0 0 0
-c 選択 configFile NULL
-m 選択 mode 0

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる（位相を補正しない）


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-66.9938 (29, 30, 0)

96.1484 (39, 34, 0)
-1.94998e-08
18.286

0.228575


オプション　-kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-75.0422 (26, 28, 0)

102.125 (36, 34, 0)
2.99404e-08
20.3622

0.254527


オプション　-Cs

Cs=2で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.0312 (29, 30, 0)

96.1602 (39, 34, 0)
1.87724e-08
18.2861

0.228576


オプション　-df

df=54000で実行

Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-75.6365 (29, 26, 0)

96.8578 (54, 34, 0)
-5.46698e-09
21.2739

0.265924


オプション　-Astig

Astig=(30, 90, 120)で実行

Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.1862 (59, 44, 0)

78.7101 (33, 53, 0)
-3.56755e-08
18.5265

0.231581


オプション　-ctfMode

ctfMode=1で実行

Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-66.9938 (29, 30, 0)

96.1484 (39, 34, 0)
-1.94998e-08
18.286

0.228575


ctfMode=1, A=1で実行

Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.9971 (27, 27, 0)

310.586 (38, 36, 0)
21.0538
58.8599

0.735749


ctfMode=32で実行

Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-66.9938 (29, 30, 0)

96.1484 (39, 34, 0)
-1.94998e-08
18.286

0.228575


ctfMode=32, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-61.8551 (28, 30, 0)

85.9497 (38, 35, 0)
6.42321e-08
16.94

0.21175


ctfMode=33, A=0.3, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-56.019 (27, 27, 0)

298.03 (38, 36, 0)
21.0538
57.7534

0.721917


ctfMode=256で実行

Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-114.328 (37, 35, 0)

68.9204 (29, 28, 0)
1.32575e-09
18.286

0.228575


ctfMode=257, A=1で実行

Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-317.886 (37, 36, 0)

73.1741 (29, 27, 0)
-21.0538
58.8599

0.735749


ctfMode=288, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-99.5577 (37, 35, 0)

61.4533 (29, 28, 0)
-5.21633e-08
16.94

0.21175


ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-299.98 (37, 36, 0)

56.6101 (29, 27, 0)
-21.0538
57.7534

0.721917

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