「pdb2ucd」の版間の差分

2013年11月12日 (火) 06:46時点における版 (ソースを閲覧) Kinoshita (トーク | 投稿記録) (ページの作成:「'''pdb2ucd'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプショ...」)		2014年2月13日 (木) 08:04時点における最新版 (ソースを閲覧) Kinoshita (トーク | 投稿記録)
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	<td>-i</td>		<td>-i</td>
	<td>必須</td>		<td>必須</td>
−	<td>入力ファイル</td>	+	<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>
	<td>NULL</td>		<td>NULL</td>
	</tr>		</tr>
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	== 実行例 ==		== 実行例 ==
		+	===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
		+	<table>
		+	<tr>
		+	<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
		+	<td><p align="left">重心<br>
		+	最大半径<br>
		+	最大半径(座標)<br> </p>
		+	</td>
		+	<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
		+	3.286664e+01 <br>
		+	24.77      23.85      28.04<br></p>
		+	</td>
		+	</tr>
		+	</table>
		+	<br>
		+
		+	===オプション必須項目のみの場合===
		+	<div>出力結果</div>
		+	<pre>
		+	nNodeComponent 4nElement 1
		+	nElement 1
		+	nElement 1
		+	nElement 1
		+	0 TemperatureFactor A2
		+	1 ChainID
		+	2 ResNum
		+	3 CA
		+	</pre>
		+	<br>
		+
		+	<div>-o のデータ</div>
		+	<pre>
		+	166 165 4 0 0
		+	0 -5.913000 31.927999 -6.676000
		+	1 -4.759000 28.930000 -4.751000
		+	2 -4.531000 29.674000 -1.062000
		+	3 -2.465000 27.513000 1.336000
		+	4 -3.586000 27.580000 4.978000
		+
		+	-中略-
		+
		+	161 3.951000 18.742001 0.732000
		+	162 0.404000 20.135000 0.490000
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		+	164 1.520000 16.308001 -3.145000
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		+	2 1 line 2 3
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		+
		+	-中略-
		+
		+	160 1 line 160 161
		+	161 1 line 161 162
		+	162 1 line 162 163
		+	163 1 line 163 164
		+	164 1 line 164 165
		+	4 1 1 1 1
		+	TemperatureFactor, A2
		+	ChainID,
		+	ResNum,
		+	CA,
		+	0 17.270000 65.000000 1.000000 1.000000
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		+	4 16.799999 65.000000 5.000000 1.000000
		+
		+	-中略-
		+
		+	161 14.550000 65.000000 162.000000 1.000000
		+	162 15.140000 65.000000 163.000000 1.000000
		+	163 19.200001 65.000000 164.000000 1.000000
		+	164 26.920000 65.000000 165.000000 1.000000
		+	165 28.840000 65.000000 166.000000 1.000000
		+	</pre>

---

2014年2月13日 (木) 08:04時点における最新版

pdb2ucdとはEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	必須	出力ファイル	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

nNodeComponent 4nElement 1
nElement 1
nElement 1
nElement 1
0 TemperatureFactor A2
1 ChainID 
2 ResNum 
3 CA 

166 165 4 0 0
0 -5.913000 31.927999 -6.676000
1 -4.759000 28.930000 -4.751000
2 -4.531000 29.674000 -1.062000
3 -2.465000 27.513000 1.336000
4 -3.586000 27.580000 4.978000

-中略-

161 3.951000 18.742001 0.732000
162 0.404000 20.135000 0.490000
163 0.711000 20.049999 -3.346000
164 1.520000 16.308001 -3.145000
165 -1.217000 15.280000 -0.638000
0 1 line 0 1 
1 1 line 1 2 
2 1 line 2 3 
3 1 line 3 4 
4 1 line 4 5 

-中略-

160 1 line 160 161 
161 1 line 161 162 
162 1 line 162 163 
163 1 line 163 164 
164 1 line 164 165 
4 1 1 1 1 
TemperatureFactor, A2
ChainID, 
ResNum, 
CA, 
0 17.270000 65.000000 1.000000 1.000000 
1 16.709999 65.000000 2.000000 1.000000 
2 19.320000 65.000000 3.000000 1.000000 
3 15.130000 65.000000 4.000000 1.000000 
4 16.799999 65.000000 5.000000 1.000000 

-中略-

161 14.550000 65.000000 162.000000 1.000000 
162 15.140000 65.000000 163.000000 1.000000 
163 19.200001 65.000000 164.000000 1.000000 
164 26.920000 65.000000 165.000000 1.000000 
165 28.840000 65.000000 166.000000 1.000000