「pdbCrystalCreate」の版間の差分
提供: Eospedia
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<td>-I</td> | <td>-I</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル: [Crystal Information | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]](Crystal Information)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
===-I のフォーマット=== | ===-I のフォーマット=== | ||
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HelixInfo %10d %10d %10d | HelixInfo %10d %10d %10d | ||
</pre> | </pre> | ||
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<div>パラメータ設定が重要<br> | <div>パラメータ設定が重要<br> | ||
| − | + | CellLength、Axisを入力するときは両方必要<br> | |
| − | + | 各Axisは単位ベクトルでなければならない。<br> | |
| − | + | CrystalSpaceGroup: 0: P1, 1: らせん対称(未対応)<br> | |
| − | CrystalSpaceGroup: 0: P1, 1: らせん対称</div> | + | HelixInfo: t u n</div> |
| + | <br> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| + | ===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 24.77 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -I=== | ||
| + | <div>入力データ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | aAxis 1 0 0 | ||
| + | bAxis 1 0 0 | ||
| + | cAxis 1 0 0 | ||
| + | CellLength 1 1 1 | ||
| + | N 2 2 2 | ||
| + | StartN 1 1 1 | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>出力結果</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | aAxis 1 0 0 | ||
| + | bAxis 1 0 0 | ||
| + | cAxis 1 0 0 | ||
| + | CellLength 1 1 1 | ||
| + | Origin 0 0 0 | ||
| + | N 2 2 2 | ||
| + | StartN 1 1 1 | ||
| + | SpaceGroup 0 | ||
| + | Program Start | ||
| + | 1 1 1 | ||
| + | 3 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | 1 1 2 | ||
| + | 4 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | 1 2 1 | ||
| + | 4 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | 2 1 2 | ||
| + | 5 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | 2 2 1 | ||
| + | 5 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | 2 2 2 | ||
| + | 6 0 0 | ||
| + | pdbFileGoToEndPDB: 14 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>出力ファイルの画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-pdbCrystalCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.401123e+01 <br> | ||
| + | 26.27 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年2月17日 (月) 03:41時点における版
pdbCrystalCreateとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -I | 必須 | 入力ファイル: ASCII(Crystal Information) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
-I のフォーマット
aAxis %15.6g %15.6g %15.6g bAxis %15.6g %15.6g %15.6g cAxis %15.6g %15.6g %15.6g CellLength %15.6g %15.6g %15.6g Origin %15.6g %15.6g %15.6g N %15d %15d %15d StartN %15d %15d %15d SpaceGroup %15d HelixInfo %10d %10d %10d
パラメータ設定が重要
CellLength、Axisを入力するときは両方必要
各Axisは単位ベクトルでなければならない。
CrystalSpaceGroup: 0: P1, 1: らせん対称(未対応)
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -I
入力データ
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 1 1 1 N 2 2 2 StartN 1 1 1
出力結果
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 1 1 1 Origin 0 0 0 N 2 2 2 StartN 1 1 1 SpaceGroup 0 Program Start 1 1 1 3 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 1 1 2 4 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 1 2 1 4 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 -中略- 2 1 2 5 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 2 2 1 5 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 2 2 2 6 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14
出力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01 3.401123e+01 |
