「mrcImageAssignedToTFofPDB」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
細 (Kinoshita がページ「MrcImageAssignedToTFofPDB」を「mrcImageAssignedToTFofPDB」に移動しました)
行20: 行20:
 
<td>-p</td>  
 
<td>-p</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行83: 行83:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルの画像===
 +
<div>[[:Media:Input-121P.pdb.zip|-i のデータ]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>入力データ(一部)</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06          N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27          C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41          C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12          O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94          C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
ATOM  1072  N  TYR A 137      8.072  9.694  11.240  1.00 22.19          N 
 +
ATOM  1073  CA  TYR A 137      6.799  10.326  10.949  1.00 21.10          C 
 +
ATOM  1074  C  TYR A 137      6.558  10.381  9.457  1.00 21.55          C 
 +
ATOM  1075  O  TYR A 137      5.430  10.686  9.022  1.00 22.61          O 
 +
ATOM  1076  CB  TYR A 137      6.716  11.763  11.446  1.00 20.05          C 
 +
ATOM  1077  CG  TYR A 137      6.733  11.981  12.947  1.00 21.79          C 
 +
ATOM  1078  CD1 TYR A 137      6.487  10.945  13.835  1.00 22.83          C 
 +
ATOM  1079  CD2 TYR A 137      6.962  13.274  13.426  1.00 23.07          C 
 +
ATOM  1080  CE1 TYR A 137      6.470  11.218  15.200  1.00 24.28          C 
 +
ATOM  1081  CE2 TYR A 137      6.939  13.548  14.787  1.00 22.74          C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57          O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00 41.71          O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44          O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11          O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00          O 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-121P1.mrc|-r のデータ]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-121P1.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-121P1.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
3500.79 (24, 28, 5)<br>
 +
88.3104<br>
 +
323.414<br>
 +
0.914753<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>-o のデータ(一部)</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
 +
 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00  2.67  0      N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00  0.34  0      C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  0.01  0      C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00  0.00  0      O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00  0.00  0      C
 +
 +
-中略-
 +
 +
ATOM  1072  N  TYR A 137      8.072  9.694  11.240  1.00  0.00  0      N 
 +
ATOM  1073  CA  TYR A 137      6.799  10.326  10.949  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1074  C  TYR A 137      6.558  10.381  9.457  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1075  O  TYR A 137      5.430  10.686  9.022  1.00  0.00  0      O 
 +
ATOM  1076  CB  TYR A 137      6.716  11.763  11.446  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1077  CG  TYR A 137      6.733  11.981  12.947  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1078  CD1 TYR A 137      6.487  10.945  13.835  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1079  CD2 TYR A 137      6.962  13.274  13.426  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1080  CE1 TYR A 137      6.470  11.218  15.200  1.00  0.00  0      C 
 +
ATOM  1081  CE2 TYR A 137      6.939  13.548  14.787  1.00  0.00  0      C 
 +
 +
-中略-
 +
 +
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00  0.00  0      O 
 +
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323  17.624  1.00  0.00  0      O 
 +
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 71.20  0      O 
 +
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00  0.74  0      O 
 +
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 85.43  0      O
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月17日 (月) 08:19時点における版

mrcImageAssignedToTFofPDBとは画像の値をPDBに組み込むEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-p 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-H 選択 HighLevel
-L 選択 Lowlevel
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 デフォルト
1 Origin is Center (1) or BottomLeft (0)
2 Posi-Nega Reverse (2) or Direct (0)


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


入力データ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  

-中略-

ATOM   1072  N   TYR A 137       8.072   9.694  11.240  1.00 22.19           N  
ATOM   1073  CA  TYR A 137       6.799  10.326  10.949  1.00 21.10           C  
ATOM   1074  C   TYR A 137       6.558  10.381   9.457  1.00 21.55           C  
ATOM   1075  O   TYR A 137       5.430  10.686   9.022  1.00 22.61           O  
ATOM   1076  CB  TYR A 137       6.716  11.763  11.446  1.00 20.05           C  
ATOM   1077  CG  TYR A 137       6.733  11.981  12.947  1.00 21.79           C  
ATOM   1078  CD1 TYR A 137       6.487  10.945  13.835  1.00 22.83           C  
ATOM   1079  CD2 TYR A 137       6.962  13.274  13.426  1.00 23.07           C  
ATOM   1080  CE1 TYR A 137       6.470  11.218  15.200  1.00 24.28           C  
ATOM   1081  CE2 TYR A 137       6.939  13.548  14.787  1.00 22.74           C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00 34.57           O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00 41.71           O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 24.44           O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00 40.11           O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 35.00           O  

-後略-


Input-121P1.png
xy平面

Input1-121P1.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (24, 28, 5)
88.3104
323.414

0.914753


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00  2.67   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00  0.34   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  0.01   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00  0.00   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00  0.00   0       C 

-中略-

ATOM   1072  N   TYR A 137       8.072   9.694  11.240  1.00  0.00   0       N  
ATOM   1073  CA  TYR A 137       6.799  10.326  10.949  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1074  C   TYR A 137       6.558  10.381   9.457  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1075  O   TYR A 137       5.430  10.686   9.022  1.00  0.00   0       O  
ATOM   1076  CB  TYR A 137       6.716  11.763  11.446  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1077  CG  TYR A 137       6.733  11.981  12.947  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1078  CD1 TYR A 137       6.487  10.945  13.835  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1079  CD2 TYR A 137       6.962  13.274  13.426  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1080  CE1 TYR A 137       6.470  11.218  15.200  1.00  0.00   0       C  
ATOM   1081  CE2 TYR A 137       6.939  13.548  14.787  1.00  0.00   0       C  

-中略-

HETATM 1547  O   HOH A 359      -4.312  38.871  -6.155  1.00  0.00   0       O  
HETATM 1548  O   HOH A 360       4.226  11.323  17.624  1.00  0.00   0       O  
HETATM 1549  O   HOH A 361      22.341  27.132  10.735  1.00 71.20   0       O  
HETATM 1550  O   HOH A 362      14.256  10.610  17.524  1.00  0.74   0       O  
HETATM 1551  O   HOH A 363      26.542  18.231  27.104  1.00 85.43   0       O 

-後略-



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageAssignedToTFofPDB&oldid=6447」から取得