「mrcImage1dShiftAverageByAnnealing」の版間の差分

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行32: 行32:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Search range of shift.Default:Nx</td>  
+
<td>Search range of shift.</td>  
−
<td>0</td>  
+
<td>Nx</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行90: 行90:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-m の詳細===
 
===-m の詳細===
行114: 行115:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-M の詳細===
 
===-M の詳細===
行146: 行148:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
 +
 +
===-i のフォーマット===
 +
<pre>
 +
1Dファイル1
 +
1Dファイル2
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===-s のフォーマット===
 +
<pre>
 +
sigpos0  sigval0
 +
sigpos1  sigval1
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-1D.mrc
 +
Input-1VOM-N-1D.mrc
 +
Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-1D.mrc|Input-1VOM-1D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-1D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">9528.98 (1, 0, 0)<br>
 +
1.05166e+06 (41, 0, 0)<br>
 +
577032<br>
 +
281935<br>
 +
22288.9<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-1D.mrc|Input-1VOM-N-1D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-1D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-24564.9 (1, 0, 0)<br>
 +
1.12206e+06 (40, 0, 0)<br>
 +
577190<br>
 +
290698<br>
 +
22981.7<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc|Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot-1D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-27531.3 (2, 0, 0)<br>
 +
1.11446e+06 (37, 0, 0)<br>
 +
526414<br>
 +
325460<br>
 +
25729.9<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-s のデータ===
 +
<pre>
 +
0 1
 +
1 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
result  1 1 2 79  2.87532e+07
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-5553.38 (1, 0, 0)<br>
 +
3.11413e+06 (41, 0, 0)<br>
 +
1.68064e+06<br>
 +
876078<br>
 +
69260<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-r===
 +
====r=78で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
result  1 1 2 0  2.87481e+07
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-r-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-16386 (2, 0, 0)<br>
 +
3.09391e+06 (38, 0, 0)<br>
 +
1.68064e+06<br>
 +
880057<br>
 +
69574.6<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-d===
 +
====d=3で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
result  1 81 2 159  2.87532e+07
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-d-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-18002.3 (1, 1, 0)<br>
 +
3.11413e+06 (41, 0, 0)<br>
 +
1.68056e+06<br>
 +
876228<br>
 +
69271.9<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月5日 (水) 05:23時点における最新版

mrcImage1dShiftAverageByAnnealingとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル NULL
-s 必須 File to define position of signal NULL
-o 必須 出力ファイル NULL
-r 選択 Search range of shift. Nx
-d 選択 Spacing of molecule(Pixel). 1.0
-T 選択 Initial temperature. 1.0
-iter 選択 Number of iteration before reducing temperature. 1000
-eps 選択 Temperature(T) reduced to (1-epsilon)T. 0.001
-tol 選択 Number to identify convergence 1e-2
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


-m の詳細

モード 説明
0 All search
1 annealing method
2 mode 1 and refine by powel
3 mode 1 and refine by annealing


-M の詳細

モード 説明
0 by amplitude
1 by power
2 by amplitude using only phase
3 by power using only phase
4 by amplitude using S/sqrt(S)
5 by power using only S/sqrt(S)


-i のフォーマット

1Dファイル1
1Dファイル2
.
.


-s のフォーマット

sigpos0  sigval0
sigpos1  sigval1
.
.


実行例

入力ファイルのデータ

Input-1VOM-1D.mrc
Input-1VOM-N-1D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc


Input-1VOM-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

9528.98 (1, 0, 0)

1.05166e+06 (41, 0, 0)
577032
281935

22288.9


Input-1VOM-N-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24564.9 (1, 0, 0)

1.12206e+06 (40, 0, 0)
577190
290698

22981.7


Input-1VOM-N-Rot-1D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-27531.3 (2, 0, 0)

1.11446e+06 (37, 0, 0)
526414
325460

25729.9


-s のデータ

0	1
1	1


オプション必須項目のみの場合

出力結果
result  1 1 2 79  2.87532e+07


-o の画像
Outdata-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5553.38 (1, 0, 0)

3.11413e+06 (41, 0, 0)
1.68064e+06
876078

69260


オプション　-r

r=78で実行

出力結果
result  1 1 2 0  2.87481e+07


-o の画像
Outdata-r-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-16386 (2, 0, 0)

3.09391e+06 (38, 0, 0)
1.68064e+06
880057

69574.6


オプション　-d

d=3で実行

出力結果
result  1 81 2 159  2.87532e+07


-o の画像
Outdata-d-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18002.3 (1, 1, 0)

3.11413e+06 (41, 0, 0)
1.68056e+06
876228

69271.9



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