「mrcImageTTest」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImageTTest'''とは画像間のt-testを行うEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1...」)
 
 
(同じ利用者による、間の2版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイルリスト</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力: Average Variable N</td>  
+
<td>入力: ([[mrcImage]](平均), [[mrcImage]](分散), 画像数)</td>  
 
<td>(NULL, NULL, 0)</td>  
 
<td>(NULL, NULL, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-Nor</td>  
 
<td>-Nor</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力: A + B*x: NormalizingParameter</td>  
+
<td>入力: 正規化処理: A + B*x: (A, B)</td>  
 
<td>(0.0, 1.0)</td>  
 
<td>(0.0, 1.0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>参照ファイルリスト</td>  
+
<td>参照ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-R</td>  
 
<td>-R</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>参照: Average Variable N</td>  
+
<td>参照: ([[mrcImage]](平均), [[mrcImage]](分散), 画像数)</td>  
 
<td>(NULL, NULL, 0)</td>  
 
<td>(NULL, NULL, 0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-NorR</td>  
 
<td>-NorR</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>参照: A + B*x: NormalizingParameter</td>  
+
<td>参照: 正規化処理: A + B*x: (A, B)</td>  
 
<td>(0.0, 1.0)</td>  
 
<td>(0.0, 1.0)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行78: 行78:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>入力ファイルとして-i, -I、参照ファイルとして-r, -Rのどちらかが必要<br>
 +
-I, -R で使用する平均、分散ファイルは[[mrcImageSN]]にて作成することができる。</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行90: 行93:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 +
===-i, -r のフォーマット===
 +
<pre>
 +
ファイル1
 +
ファイル2
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===-i のデータ===
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-N-2D.mrc
 +
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
 +
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc|Input-1VOM-N-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-18651.7 (10, 1, 0)<br>
 +
52942.7 (24, 39, 0)<br>
 +
7214.87<br>
 +
10067.6<br>
 +
125.845<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc|Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-11367.8 (51, 62, 0)<br>
 +
51939.8 (29, 26, 0)<br>
 +
6580.18<br>
 +
9247.8<br>
 +
115.597<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc|Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot1-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-14918 (53, 17, 0)<br>
 +
58621.8 (30, 26, 0)<br>
 +
6579.96<br>
 +
9022.72<br>
 +
112.784<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-I のデータ===
 +
<div>I=(Input-1VOM-N-2D-A.mrc, Input-1VOM-N-2D-Var.mrc, 3)を入力とする</div>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-2D-A.mrc|Input-1VOM-N-2D-A.mrc]]の画像(-i のファイルの平均)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D-A.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-7385.85 (61, 29, 0)<br>
 +
41209.8 (29, 26, 0)<br>
 +
6791.67<br>
 +
8335.26<br>
 +
104.191<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-N-2D-Var.mrc|Input-1VOM-N-2D-Var.mrc]]の画像(-i のファイルの分散)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D-Var.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">62.2022 (11, 5, 0)<br>
 +
5.06054e+08 (45, 28, 0)<br>
 +
3.00629e+07<br>
 +
4.18721e+07<br>
 +
523402<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-r のデータ===
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|Input-1VOM-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
49749.7 (27, 28, 0)<br>
 +
7212.9<br>
 +
8827.15<br>
 +
110.339<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot-2D.mrc|Input-1VOM-Rot-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-609.552 (68, 18, 0)<br>
 +
43476 (45, 47, 0)<br>
 +
6507.15<br>
 +
7376.01<br>
 +
92.2001<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot1-2D.mrc|Input-1VOM-Rot1-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot1-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.31309e-06 (29, 7, 0)<br>
 +
49749.2 (52, 51, 0)<br>
 +
6572.32<br>
 +
8769.91<br>
 +
109.624<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===-R のデータ===
 +
<div>I=(Input-1VOM-2D-A.mrc, Input-1VOM-2D-Var.mrc, 3)を入力とする</div>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-2D-A.mrc|Input-1VOM-2D-A.mrc]]の画像(-r のファイルの平均)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D-A.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-145.807 (2, 45, 0)<br>
 +
31890.8 (45, 47, 0)<br>
 +
6764.13<br>
 +
6642.45<br>
 +
83.0307<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[Media:Input-1VOM-2D-Var.mrc|Input-1VOM-2D-Var.mrc]]の画像(-r のファイルの分散)</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D-Var.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
7.26565e+08 (27, 28, 0)<br>
 +
3.85865e+07<br>
 +
5.61164e+07<br>
 +
701454<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
====-i, -rで実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-99.9368 (45, 3, 0)<br>
 +
99.9301 (76, 50, 0)<br>
 +
-1.29958<br>
 +
58.3662<br>
 +
0.729578<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-t の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13.383 (30, 3, 0)<br>
 +
30.6481 (76, 50, 0)<br>
 +
-0.00954761<br>
 +
1.39399<br>
 +
0.0174249<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====-I, -Rで実行====
 +
<div>-i, -rと同じ画像が得られる</div>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-99.9368 (45, 3, 0)<br>
 +
99.9301 (76, 50, 0)<br>
 +
-1.29958<br>
 +
58.3662<br>
 +
0.729578<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-t の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13.383 (30, 3, 0)<br>
 +
30.6481 (76, 50, 0)<br>
 +
-0.00954761<br>
 +
1.39399<br>
 +
0.0174249<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降は-I, -Rにて実行</div>
 +
 +
===オプション　-Nor===
 +
====Nor=(0, 0.4)で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Nor-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-99.9762 (46, 37, 0)<br>
 +
99.9871 (76, 50, 0)<br>
 +
-42.9433<br>
 +
49.5383<br>
 +
0.619228<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-t の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-Nor-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13.9446 (39, 40, 0)<br>
 +
27.7973 (76, 50, 0)<br>
 +
-1.06447<br>
 +
1.61062<br>
 +
0.0201327<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-NorR===
 +
====NorR=(0, 0.4)で実行====
 +
<div>-o の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-NorR-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-99.819 (45, 3, 0)<br>
 +
99.9888 (30, 32, 0)<br>
 +
32.2003<br>
 +
59.6772<br>
 +
0.745965<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-t の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-NorR-mrcImageTTest.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-13.383 (30, 3, 0)<br>
 +
31.1071 (76, 50, 0)<br>
 +
1.00935<br>
 +
1.92418<br>
 +
0.0240522<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月7日 (金) 01:45時点における最新版

mrcImageTTestとは画像間のt-testを行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-I 選択 入力: (mrcImage(平均), mrcImage(分散), 画像数) (NULL, NULL, 0)
-Nor 選択 入力: 正規化処理: A + B*x: (A, B) (0.0, 1.0)
-r 選択 参照ファイルリスト: ASCII NULL
-R 選択 参照: (mrcImage(平均), mrcImage(分散), 画像数) (NULL, NULL, 0)
-NorR 選択 参照: 正規化処理: A + B*x: (A, B) (0.0, 1.0)
-o 選択 出力: Probability NULL
-t 選択 出力: t-value NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
入力ファイルとして-i, -I、参照ファイルとして-r, -Rのどちらかが必要
-I, -R で使用する平均、分散ファイルはmrcImageSNにて作成することができる。


モードの詳細

モード 説明
0


-i, -r のフォーマット

ファイル1
ファイル2
.
.


実行例

-i のデータ

Input-1VOM-N-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845
Input-1VOM-N-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11367.8 (51, 62, 0)

51939.8 (29, 26, 0)
6580.18
9247.8

115.597
Input-1VOM-N-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-14918 (53, 17, 0)

58621.8 (30, 26, 0)
6579.96
9022.72

112.784


-I のデータ

I=(Input-1VOM-N-2D-A.mrc, Input-1VOM-N-2D-Var.mrc, 3)を入力とする
Input-1VOM-N-2D-A.mrcの画像(-i のファイルの平均)
Input-1VOM-N-2D-A.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-7385.85 (61, 29, 0)

41209.8 (29, 26, 0)
6791.67
8335.26

104.191
Input-1VOM-N-2D-Var.mrcの画像(-i のファイルの分散)
Input-1VOM-N-2D-Var.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

62.2022 (11, 5, 0)

5.06054e+08 (45, 28, 0)
3.00629e+07
4.18721e+07

523402


-r のデータ

Input-1VOM-2D.mrc
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339
Input-1VOM-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-609.552 (68, 18, 0)

43476 (45, 47, 0)
6507.15
7376.01

92.2001
Input-1VOM-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.31309e-06 (29, 7, 0)

49749.2 (52, 51, 0)
6572.32
8769.91

109.624


-R のデータ

I=(Input-1VOM-2D-A.mrc, Input-1VOM-2D-Var.mrc, 3)を入力とする
Input-1VOM-2D-A.mrcの画像(-r のファイルの平均)
Input-1VOM-2D-A.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-145.807 (2, 45, 0)

31890.8 (45, 47, 0)
6764.13
6642.45

83.0307
Input-1VOM-2D-Var.mrcの画像(-r のファイルの分散)
Input-1VOM-2D-Var.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

7.26565e+08 (27, 28, 0)
3.85865e+07
5.61164e+07

701454


オプション必須項目のみの場合

-i, -rで実行

-o の画像
Outdata-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-99.9368 (45, 3, 0)

99.9301 (76, 50, 0)
-1.29958
58.3662

0.729578


-t の画像
Outdata1-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-13.383 (30, 3, 0)

30.6481 (76, 50, 0)
-0.00954761
1.39399

0.0174249


-I, -Rで実行

-i, -rと同じ画像が得られる


-o の画像
Outdata2-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-99.9368 (45, 3, 0)

99.9301 (76, 50, 0)
-1.29958
58.3662

0.729578


-t の画像
Outdata3-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-13.383 (30, 3, 0)

30.6481 (76, 50, 0)
-0.00954761
1.39399

0.0174249


以降は-I, -Rにて実行

オプション　-Nor

Nor=(0, 0.4)で実行

-o の画像
Outdata-Nor-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-99.9762 (46, 37, 0)

99.9871 (76, 50, 0)
-42.9433
49.5383

0.619228


-t の画像
Outdata1-Nor-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-13.9446 (39, 40, 0)

27.7973 (76, 50, 0)
-1.06447
1.61062

0.0201327


オプション　-NorR

NorR=(0, 0.4)で実行

-o の画像
Outdata-NorR-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-99.819 (45, 3, 0)

99.9888 (30, 32, 0)
32.2003
59.6772

0.745965


-t の画像
Outdata1-NorR-mrcImageTTest.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-13.383 (30, 3, 0)

31.1071 (76, 50, 0)
1.00935
1.92418

0.0240522



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageTTest&oldid=6751」から取得