「pdbShapeFit」の版間の差分

提供: Eospedia
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行738: 行738:
 
<br>
 
<br>
  
−
===オプション　-phimin, -phimax, -phid===
+
===オプション　-EA===
−
====phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行====
+
====EA=ZOYRで実行====
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-phi-pdbShapeFit.png]]<br>
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-EA-pdbShapeFit.png]]<br>
 
z=1<br></p>  
 
z=1<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (33, 0, 0)<br>
 +
19653 (48, 52, 0)<br>
 +
3049.75<br>
 +
4177.12<br>
 +
46.3153<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-opdb の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-EA-pdbShapeFit.png]]<br>
 +
白: 入力 青: 出力<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.761016e+01    9.386633e+00<br>
 +
3.286632e+01<br>
 +
24.77      24.25      24.51<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>-otxt のデータ</div>
 +
<pre>
 +
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
 +
REMARK Create Surface of pdbFile
 +
START      0.00    0
 +
  MAX      0.00      0.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX      2.00      0.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      1.00    1
 +
START      2.00    2
 +
 +
-中略-
 +
 +
START      49.00    49
 +
START      50.00    50
 +
  MAX      90.00      50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      51.00    51
 +
START      52.00    52
 +
  MAX      96.00      52.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      53.00    53
 +
START      54.00    54
 +
START      55.00    55
 +
 +
-中略-
 +
 +
START      78.00    78
 +
START      79.00    79
 +
START      80.00    80
 +
START      81.00    81
 +
START      82.00    82
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-phimin, -phimax, -phid===
 +
====phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行====
 +
<div>-omrc の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-phi-pdbShapeFit.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行817: 行889:
  
 
===オプション　-psimin, -psimax, -psid===
 
===オプション　-psimin, -psimax, -psid===
−
====psimin=, psimax, psid=で実行====
+
====psimin=0, psimax=30, psid=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行====
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行830: 行902:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">0 (21, 0, 0)<br>  
−
<br>  
+
19827.3 (2, 5, 0)<br>  
−
<br>  
+
3478.04<br>  
−
<br>  
+
6409.94<br>  
−
<br></p>  
+
271.354<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行850: 行922:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">1.070398e+02    2.330635e+01    1.362995e+01<br>  
−
<br>  
+
3.286660e+01<br>  
−
<br> </p>
+
23.58      30.86      25.25<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行860: 行932:
 
<div>-otxt のデータ</div>
 
<div>-otxt のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
 
+
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
 +
REMARK Create Surface of pdbFile
 +
START    -50.00    0
 +
  MAX    110.00    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -50.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.50    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    113.00    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -40.00    1
 +
  MAX    110.00    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -40.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -40.00      2.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.50    -40.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    115.50    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    116.00    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -30.00    2
 +
  MAX    110.00    -30.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -30.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.50    -30.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    111.50    -30.00      2.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    113.00    -30.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    113.50    -30.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -20.00    3
 +
  MAX    110.00    -20.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -20.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.50    -20.00      2.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    111.00    -20.00      1.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.50    -20.00      3.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -10.00    4
 +
  MAX    110.00    -10.00      5.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -10.00      7.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -10.00      8.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -10.00      9.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -10.00      10.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      0.00    5
 +
  MAX    111.00      0.00      13.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
===オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad===
 
===オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad===
−
====thetamin=, thetamax=, thetad=で実行====
+
====thetamin=0, thetamax=30, thetad=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行====
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<div>-omrc の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行878: 行984:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">0 (21, 0, 0)<br>  
−
<br>  
+
19973 (20, 4, 0)<br>  
−
<br>  
+
2716.39<br>  
−
<br>  
+
5643.66<br>  
−
<br></p>  
+
238.915<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行898: 行1,004:
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">1.059440e+02    2.368945e+01    8.182193e+00<br>  
−
<br>  
+
3.286613e+01<br>  
−
<br> </p>
+
21.25      30.38      24.79<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行908: 行1,014:
 
<div>-otxt のデータ</div>
 
<div>-otxt のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
 
+
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
 +
REMARK Create Surface of pdbFile
 +
START    -50.00    0
 +
  MAX    110.00    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -50.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.50    -50.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    111.00    -50.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.50    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    113.00    -50.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    114.00    -50.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -40.00    1
 +
  MAX    110.00    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -40.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -40.00      0.00      4.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.00    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.00    -40.00      0.00      2.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.50    -40.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    112.50    -40.00      0.00      3.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    113.00    -40.00      0.00      3.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    114.00    -40.00      0.00      4.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    115.50    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    116.00    -40.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    116.50    -40.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -30.00    2
 +
  MAX    110.00    -30.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -30.00      0.00      1.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -30.00      0.00      2.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    111.00    -30.00      0.00      7.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -20.00    3
 +
  MAX    110.00    -20.00      0.00      0.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -20.00      0.00      3.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    110.00    -20.00      0.00      4.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    111.00    -20.00      0.00      6.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START    -10.00    4
 +
  MAX    113.50    -10.00      0.00      3.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    114.00    -10.00      0.00      3.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    116.00    -10.00      0.00      11.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    116.50    -10.00      0.00      9.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    117.50    -10.00      0.00      18.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    118.00    -10.00      0.00      18.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    118.50    -10.00      0.00      19.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    119.00    -10.00      0.00      11.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    119.00    -10.00      0.00      21.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
  MAX    120.00    -10.00      0.00      21.00      0.00      0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 +
START      0.00    5
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年3月10日 (月) 02:29時点における版

pdbShapeFitとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: PDB (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage(3D) NULL
-C 必須 Contour 0.0
-CM 選択 ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate 0
-omrc 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: ASCII stdout
-opdb 選択 出力ファイル: PDB NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角の回転モード ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-PSM 選択 PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface 0
-order 選択 order: refer to pdbSurface 1.7
-refine 選択 refine: refer to pdbSurface 2
-size 選択 size: refer to pdbSurface 3
-weight 選択 weight: refer to pdbSurface 100
-mergin 選択 mergin: refer to pdbSurface 3.0
-thres 選択 threshold: refer to pdbSurface 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 


    -ipdb   : Filename : An atomic model to be fitted (PDB) 
    -imrc   : Filename : 3-D density map (mrc-formated) 
    -omrc   : Filename : fitting score map (MRC) 
                         z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
                         z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
                              The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
                         z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
    -otxt   : Filename : fitting results (Text)
    -opdb   : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting 
    -x|y|zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -x|y|zmax   : Final   value of z
    -x|y|zd     : Delta z for fitting (should !=0)
    -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phi|psi|thetamax : Final value of phi  (should !=0)
    -phi|psi|thetad   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level of map file
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
    -EA     : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x


モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB1.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


Input-121P.png
xy平面

Input1-121P.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3500.79 (49, 53, 30)
11.0585
118.123

0.118123


オプション必須項目のみの場合

C=1000で実行

-omrc の画像
Outdata1-pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (18, 0, 0)

17460.5 (57, 81, 0)
1189.56
2672.72

29.6348


-opdb の画像

Outdata-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.037972e+02 2.611602e+01 1.072242e+02

3.286633e+01

20.84 31.41 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     104.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     108.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     120.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
 START       2.00     2
 START       3.00     3
 START       4.00     4

-中略-

 START      71.00    71
 START      72.00    72
 START      73.00    73
   MAX     106.00      73.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      74.00    74
 START      75.00    75
 START      76.00    76
   MAX     106.00      76.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00      76.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      77.00    77
   MAX     110.00      77.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      78.00    78
   MAX     110.00      78.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      79.00    79
   MAX     112.00      79.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      80.00    80
 START      81.00    81
   MAX     114.00      81.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      82.00    82


以降、C=1000で実行

オプション　-xmin, -xmax, -xd

xmin=-45, xmax=-40, xd=1で実行

-omrc の画像

Outdata-x-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1871.6 (19, 82, 0)
18.8875
125.884

0.805859


-opdb の画像

Outdata1-x-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

-2.053717e+00 -8.841410e+00 1.082242e+02

3.286615e+01

32.81 21.54 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX      24.00       0.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      52.00       0.00       0.00       0.00     -41.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      52.00       0.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
 START       2.00     2
 START       3.00     3
 START       4.00     4
 START       5.00     5

-中略-

 START      66.00    66
 START      67.00    67
   MAX      40.00      67.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      52.00      67.00       0.00       0.00     -45.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      68.00    68
   MAX      50.00      68.00       0.00       0.00     -44.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      69.00    69
   MAX      42.00      69.00       0.00       0.00     -41.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      70.00    70
 START      71.00    71
 START      72.00    72
 START      73.00    73
   MAX      26.00      73.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      28.00      73.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      44.00      73.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      74.00    74
   MAX      38.00      74.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      42.00      74.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      44.00      74.00       0.00       0.00     -41.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      50.00      74.00       0.00       0.00     -44.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      75.00    75
   MAX      36.00      75.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      38.00      75.00       0.00       0.00     -41.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      76.00    76
   MAX      36.00      76.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      38.00      76.00       0.00       0.00     -41.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      62.00      76.00       0.00       0.00     -44.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      77.00    77
 START      78.00    78
   MAX      26.00      78.00       0.00       0.00     -40.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      79.00    79
 START      80.00    80
 START      81.00    81
 START      82.00    82
   MAX      38.00      82.00       0.00       0.00     -42.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)


オプション　-ymin, -ymax, yd

ymin=10, ymax=20, -yd=2で実行

-omrc の画像

Outdata-y-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (25, 0, 0)

19993 (0, 82, 0)
585.102
1957.56

12.5315


-opdb の画像

Outdata1-y-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.740817e+01 1.082242e+02

3.286665e+01

24.77 22.88 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00      10.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00       0.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       4.00       0.00       0.00       0.00       0.00      16.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       6.00       0.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
 START       2.00     2
 START       3.00     3

-中略-

 START      67.00    67
 START      68.00    68
 START      69.00    69
 START      70.00    70
 START      71.00    71
   MAX       4.00      71.00       0.00       0.00       0.00      16.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      72.00    72
   MAX       0.00      72.00       0.00       0.00       0.00      10.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       0.00      72.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      73.00    73
   MAX       0.00      73.00       0.00       0.00       0.00      10.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       0.00      73.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00      73.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      74.00    74
   MAX       0.00      74.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      75.00    75
   MAX       0.00      75.00       0.00       0.00       0.00      16.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00      75.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      76.00    76
   MAX       2.00      76.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      77.00    77
   MAX       0.00      77.00       0.00       0.00       0.00      10.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       0.00      77.00       0.00       0.00       0.00      12.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00      77.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      78.00    78
 START      79.00    79
   MAX       0.00      79.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      80.00    80
   MAX       0.00      80.00       0.00       0.00       0.00      16.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00      80.00       0.00       0.00       0.00      14.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      81.00    81
   MAX       0.00      81.00       0.00       0.00       0.00      16.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      82.00    82
   MAX       0.00      82.00       0.00       0.00       0.00      18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)


オプション　-zmin, -zmax, -zd

zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行

-omrc の画像
Outdata-z-pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (2, 0, 0)

16454.1 (57, 3, 0)
2533.37
3898.09

160.755


-opdb の画像

Outdata1-z-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.037972e+02 2.611602e+01 6.224217e+00

3.286633e+01

20.84 31.41 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START     -50.00     0
   MAX       0.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      98.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     100.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     102.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     104.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     106.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     108.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -40.00     1
   MAX       0.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      98.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     100.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -30.00     2
   MAX       0.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      98.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     100.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     102.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     106.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -20.00     3
   MAX       2.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     104.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     106.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     108.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -10.00     4
 START       0.00     5


xmin=-45, xmax=-40, xd=1, ymin=10, ymax=20, -yd=2, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行

-omrc の画像

Outdata-xyz-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

11998.3 (22, 2, 0)
888.403
2512.16

59.8134


-opdb の画像

Outdata1-xyz-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.096946e+00 1.047954e+01 6.224217e+00

3.286679e+01

32.81 21.48 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START     -40.00     0
   MAX      10.00     -40.00       0.00       0.00     -42.00      18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      12.00     -40.00       0.00       0.00     -41.00      18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      12.00     -40.00       0.00       0.00     -40.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      14.00     -40.00       0.00       0.00     -40.00      18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      14.00     -40.00       0.00       0.00     -40.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)

-中略-

   MAX      36.00     -20.00       0.00       0.00     -40.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      38.00     -20.00       0.00       0.00     -42.00      18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      38.00     -20.00       0.00       0.00     -41.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      38.00     -20.00       0.00       0.00     -40.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX      44.00     -20.00       0.00       0.00     -40.00      20.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -10.00     3
 START       0.00     4


オプション　-EA

EA=ZOYRで実行

-omrc の画像

Outdata-EA-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (33, 0, 0)

19653 (48, 52, 0)
3049.75
4177.12

46.3153


-opdb の画像

Outdata1-EA-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.761016e+01 9.386633e+00

3.286632e+01

24.77 24.25 24.51


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START       0.00     0
   MAX       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX       2.00       0.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       1.00     1
 START       2.00     2

-中略-

 START      49.00    49
 START      50.00    50
   MAX      90.00      50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      51.00    51
 START      52.00    52
   MAX      96.00      52.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START      53.00    53
 START      54.00    54
 START      55.00    55

-中略-

 START      78.00    78
 START      79.00    79
 START      80.00    80
 START      81.00    81
 START      82.00    82


オプション　-phimin, -phimax, -phid

phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行

-omrc の画像
Outdata-phi-pdbShapeFit.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1612.66 (18, 0, 0)

17187.2 (10, 3, 0)
9376.62
4795.62

427.228


-opdb の画像

Outdata1-phi-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.041970e+02 2.706718e+01 6.224217e+00

3.286664e+01

20.85 31.57 23.78


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START     -50.00     0
   MAX     110.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -40.00     1
   MAX     110.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     115.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     115.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -30.00     2
   MAX     110.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.50     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -20.00     3
   MAX     110.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.50     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     115.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -10.00     4
 START       0.00     5


オプション　-psimin, -psimax, -psid

psimin=0, psimax=30, psid=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行

-omrc の画像

Outdata-psi-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (21, 0, 0)

19827.3 (2, 5, 0)
3478.04
6409.94

271.354


-opdb の画像

Outdata1-psi-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.070398e+02 2.330635e+01 1.362995e+01

3.286660e+01

23.58 30.86 25.25


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START     -50.00     0
   MAX     110.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -50.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -40.00     1
   MAX     110.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -40.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -40.00       2.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -40.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     115.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -30.00     2
   MAX     110.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -30.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.50     -30.00       2.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.50     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -20.00     3
   MAX     110.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -20.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -20.00       2.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.00     -20.00       1.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -20.00       3.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -10.00     4
   MAX     110.00     -10.00       5.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -10.00       7.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -10.00       8.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -10.00       9.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -10.00      10.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       0.00     5
   MAX     111.00       0.00      13.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)


オプション　-thetamin, -thetamax, -thetad

thetamin=0, thetamax=30, thetad=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行

-omrc の画像

Outdata-theta-pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (21, 0, 0)

19973 (20, 4, 0)
2716.39
5643.66

238.915


-opdb の画像

Outdata1-theta-pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.059440e+02 2.368945e+01 8.182193e+00

3.286613e+01

21.25 30.38 24.79


-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage
REMARK Create Surface of pdbFile 
 START     -50.00     0
   MAX     110.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -50.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.50     -50.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.00     -50.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -50.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -50.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -40.00     1
   MAX     110.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -40.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -40.00       0.00       4.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.00     -40.00       0.00       2.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -40.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     112.50     -40.00       0.00       3.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     113.00     -40.00       0.00       3.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -40.00       0.00       4.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     115.50     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00     -40.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.50     -40.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -30.00     2
   MAX     110.00     -30.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -30.00       0.00       1.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -30.00       0.00       2.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.00     -30.00       0.00       7.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -20.00     3
   MAX     110.00     -20.00       0.00       0.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -20.00       0.00       3.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     110.00     -20.00       0.00       4.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     111.00     -20.00       0.00       6.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START     -10.00     4
   MAX     113.50     -10.00       0.00       3.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     114.00     -10.00       0.00       3.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.00     -10.00       0.00      11.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     116.50     -10.00       0.00       9.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     117.50     -10.00       0.00      18.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     118.00     -10.00       0.00      18.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     118.50     -10.00       0.00      19.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     119.00     -10.00       0.00      11.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     119.00     -10.00       0.00      21.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
   MAX     120.00     -10.00       0.00      21.00       0.00       0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
 START       0.00     5


オプション　-

で実行

-omrc の画像

ファイル:Outdata--pdbShapeFit.png
z=1

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差







-opdb の画像

ファイル:Outdata1--pdbShapeFit.png
白: 入力 青: 出力

重心

最大半径

最大半径(座標)





-otxt のデータ



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