「pdbShapeFit」の版間の差分
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| (同じ利用者による、間の9版が非表示) | |||
| 行264: | 行264: | ||
-EA : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x | -EA : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===-CM, -PSM の詳細=== | ||
| + | <div>[[pdbSurface]](-m)を参照</div> | ||
<br> | <br> | ||
| 行300: | 行304: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td><p align="Center">[[画像:Input- | + | <td><p align="Center">[[画像:Input-121P.png]]<br> |
xy平面<br></p> | xy平面<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="Center">[[画像:Input1- | + | <td><p align="Center">[[画像:Input1-121P.png]]<br> |
yz平面<br></p> | yz平面<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| 行327: | 行331: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td | + | <td>[[画像:Outdata1-pdbShapeFit.png]]</td> |
| − | + | ||
| − | + | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
| 行341: | 行343: | ||
2672.72<br> | 2672.72<br> | ||
29.6348<br></p> | 29.6348<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.037972e+02 2.611602e+01 1.072242e+02<br> | ||
| + | 3.286633e+01<br> | ||
| + | 20.84 31.41 23.78<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行384: | 行404: | ||
START 82.00 82 | START 82.00 82 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>以降、C=1000で実行</div> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -xmin, -xmax, -xd=== | ||
| + | ====xmin=-45, xmax=-40, xd=1で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-x-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 1871.6 (19, 82, 0)<br> | ||
| + | 18.8875<br> | ||
| + | 125.884<br> | ||
| + | 0.805859<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
<br> | <br> | ||
| 行389: | 行435: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Outdata1-pdbShapeFit.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-x-pdbShapeFit.png]]<br> |
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-2.053717e+00 -8.841410e+00 1.082242e+02<br> | ||
| + | 3.286615e+01 <br> | ||
| + | 32.81 21.54 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 24.00 0.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 52.00 0.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 52.00 0.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | START 4.00 4 | ||
| + | START 5.00 5 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 66.00 66 | ||
| + | START 67.00 67 | ||
| + | MAX 40.00 67.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 52.00 67.00 0.00 0.00 -45.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 68.00 68 | ||
| + | MAX 50.00 68.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 69.00 69 | ||
| + | MAX 42.00 69.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 70.00 70 | ||
| + | START 71.00 71 | ||
| + | START 72.00 72 | ||
| + | START 73.00 73 | ||
| + | MAX 26.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 28.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 44.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 74.00 74 | ||
| + | MAX 38.00 74.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 42.00 74.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 44.00 74.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 50.00 74.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | MAX 36.00 75.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 38.00 75.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | MAX 36.00 76.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 38.00 76.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 62.00 76.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | MAX 26.00 78.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | MAX 38.00 82.00 0.00 0.00 -42.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -ymin, -ymax, yd=== | ||
| + | ====ymin=10, ymax=20, -yd=2で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-y-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (25, 0, 0)<br> | ||
| + | 19993 (0, 82, 0)<br> | ||
| + | 585.102<br> | ||
| + | 1957.56<br> | ||
| + | 12.5315<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-y-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.740817e+01 1.082242e+02<br> | ||
| + | 3.286665e+01 <br> | ||
| + | 24.77 22.88 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 4.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 6.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 67.00 67 | ||
| + | START 68.00 68 | ||
| + | START 69.00 69 | ||
| + | START 70.00 70 | ||
| + | START 71.00 71 | ||
| + | MAX 4.00 71.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 72.00 72 | ||
| + | MAX 0.00 72.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 0.00 72.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 73.00 73 | ||
| + | MAX 0.00 73.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 0.00 73.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 73.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 74.00 74 | ||
| + | MAX 0.00 74.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | MAX 0.00 75.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 75.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | MAX 2.00 76.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 77.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | MAX 0.00 79.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | MAX 0.00 80.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 80.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | MAX 0.00 81.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | MAX 0.00 82.00 0.00 0.00 0.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -zmin, -zmax, -zd=== | ||
| + | ====zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-z-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (2, 0, 0)<br> | ||
| + | 16454.1 (57, 3, 0)<br> | ||
| + | 2533.37<br> | ||
| + | 3898.09<br> | ||
| + | 160.755<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-z-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.037972e+02 2.611602e+01 6.224217e+00<br> | ||
| + | 3.286633e+01 <br> | ||
| + | 20.84 31.41 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START -50.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 98.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 100.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 102.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 104.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 106.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 108.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -40.00 1 | ||
| + | MAX 0.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 98.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 100.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -30.00 2 | ||
| + | MAX 0.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 98.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 100.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 102.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 106.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -20.00 3 | ||
| + | MAX 2.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 104.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 106.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 108.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -10.00 4 | ||
| + | START 0.00 5 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====xmin=-45, xmax=-40, xd=1, ymin=10, ymax=20, -yd=2, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-xyz-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 11998.3 (22, 2, 0)<br> | ||
| + | 888.403<br> | ||
| + | 2512.16<br> | ||
| + | 59.8134<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-xyz-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.096946e+00 1.047954e+01 6.224217e+00<br> | ||
| + | 3.286679e+01<br> | ||
| + | 32.81 21.48 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START -40.00 0 | ||
| + | MAX 10.00 -40.00 0.00 0.00 -42.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 12.00 -40.00 0.00 0.00 -41.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 12.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 14.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 14.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | MAX 36.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -42.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -41.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 44.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -10.00 3 | ||
| + | START 0.00 4 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -EA=== | ||
| + | ====EA=ZOYRで実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-EA-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (33, 0, 0)<br> | ||
| + | 19653 (48, 52, 0)<br> | ||
| + | 3049.75<br> | ||
| + | 4177.12<br> | ||
| + | 46.3153<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-EA-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 2.761016e+01 9.386633e+00<br> | ||
| + | 3.286632e+01<br> | ||
| + | 24.77 24.25 24.51<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 49.00 49 | ||
| + | START 50.00 50 | ||
| + | MAX 90.00 50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 51.00 51 | ||
| + | START 52.00 52 | ||
| + | MAX 96.00 52.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 53.00 53 | ||
| + | START 54.00 54 | ||
| + | START 55.00 55 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -phimin, -phimax, -phid=== | ||
| + | ====phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-phi-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1612.66 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 17187.2 (10, 3, 0)<br> | ||
| + | 9376.62<br> | ||
| + | 4795.62<br> | ||
| + | 427.228<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-phi-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.041970e+02 2.706718e+01 6.224217e+00<br> | ||
| + | 3.286664e+01 <br> | ||
| + | 20.85 31.57 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START -50.00 0 | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -40.00 1 | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 115.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -30.00 2 | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -20.00 3 | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 115.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -10.00 4 | ||
| + | START 0.00 5 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -psimin, -psimax, -psid=== | ||
| + | ====psimin=0, psimax=30, psid=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-psi-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (21, 0, 0)<br> | ||
| + | 19827.3 (2, 5, 0)<br> | ||
| + | 3478.04<br> | ||
| + | 6409.94<br> | ||
| + | 271.354<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-psi-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.070398e+02 2.330635e+01 1.362995e+01<br> | ||
| + | 3.286660e+01<br> | ||
| + | 23.58 30.86 25.25<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START -50.00 0 | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -40.00 1 | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -40.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -30.00 2 | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.50 -30.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -20.00 3 | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -20.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.00 -20.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -20.00 3.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -10.00 4 | ||
| + | MAX 110.00 -10.00 5.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -10.00 7.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -10.00 8.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -10.00 9.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -10.00 10.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 0.00 5 | ||
| + | MAX 111.00 0.00 13.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -thetamin, -thetamax, -thetad=== | ||
| + | ====thetamin=0, thetamax=30, thetad=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-theta-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (21, 0, 0)<br> | ||
| + | 19973 (20, 4, 0)<br> | ||
| + | 2716.39<br> | ||
| + | 5643.66<br> | ||
| + | 238.915<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-theta-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.059440e+02 2.368945e+01 8.182193e+00<br> | ||
| + | 3.286613e+01<br> | ||
| + | 21.25 30.38 24.79<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START -50.00 0 | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.50 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -40.00 1 | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -40.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.00 -40.00 0.00 2.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 112.50 -40.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 113.00 -40.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -40.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.50 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -30.00 2 | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -30.00 0.00 2.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.00 -30.00 0.00 7.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -20.00 3 | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 -20.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 111.00 -20.00 0.00 6.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START -10.00 4 | ||
| + | MAX 113.50 -10.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 114.00 -10.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 -10.00 0.00 11.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.50 -10.00 0.00 9.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 117.50 -10.00 0.00 18.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 118.00 -10.00 0.00 18.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 118.50 -10.00 0.00 19.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 119.00 -10.00 0.00 11.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 119.00 -10.00 0.00 21.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 120.00 -10.00 0.00 21.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 0.00 5 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -order=== | ||
| + | ====order=5で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-order-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 4935.67 (0, 78, 0)<br> | ||
| + | 328.982<br> | ||
| + | 719.83<br> | ||
| + | 7.98138<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-order-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.053012e+00 9.408175e+00 1.042242e+02<br> | ||
| + | 3.286665e+01<br> | ||
| + | 24.77 22.88 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | MAX 0.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | MAX 0.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | MAX 0.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -refine=== | ||
| + | ====refine=6で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-refine-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 2694.47 (53, 74, 0)<br> | ||
| + | 228.952<br> | ||
| + | 462.304<br> | ||
| + | 5.12596<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-refine-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.000143e+02 1.878688e+01 1.002242e+02<br> | ||
| + | 3.286725e+01<br> | ||
| + | 21.61 29.76 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 72.00 72 | ||
| + | START 73.00 73 | ||
| + | START 74.00 74 | ||
| + | MAX 106.00 74.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ===オプション -size=== | ||
| + | ====size=6で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-size-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 19706.7 (57, 81, 0)<br> | ||
| + | 1310<br> | ||
| + | 2977.78<br> | ||
| + | 33.0172<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-size-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
<td><p align="left">重心<br> | <td><p align="left">重心<br> | ||
最大半径<br> | 最大半径<br> | ||
| 行402: | 行1,241: | ||
<br> | <br> | ||
| − | ===オプション -=== | + | <div>-otxt のデータ</div> |
| − | ==== | + | <pre> |
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 104.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 108.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 120.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 73.00 73 | ||
| + | MAX 106.00 73.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 74.00 74 | ||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | MAX 110.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | MAX 106.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | MAX 110.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | MAX 110.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | MAX 112.00 79.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | MAX 114.00 81.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -mergin=== | ||
| + | ====mergin=1で実行==== | ||
<div>-omrc の画像</div> | <div>-omrc の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Outdata--pdbShapeFit.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-mergin-pdbShapeFit.png]]<br> |
| + | z=1<br></p> | ||
| + | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
| 行414: | 行1,294: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br> |
| − | <br> | + | 9266.14 (55, 81, 0)<br> |
| − | <br> | + | 510.565<br> |
| − | <br> | + | 1333.56<br> |
| − | <br></p> | + | 14.7863<br></p> |
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mergin-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.020337e+02 2.238539e+01 1.072242e+02<br> | ||
| + | 3.286628e+01<br> | ||
| + | 21.27 30.66 23.78<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行426: | 行1,324: | ||
<div>-otxt のデータ</div> | <div>-otxt のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 88.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 90.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 100.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 104.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 108.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 116.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | MAX 116.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | MAX 110.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | MAX 112.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | MAX 108.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | MAX 108.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | MAX 110.00 81.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 82.00 82 | ||
</pre> | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -ther=== | ||
| + | ====ther=4で実行==== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-ther-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br> | ||
| + | 377.267 (48, 70, 0)<br> | ||
| + | 19.106<br> | ||
| + | 43.4095<br> | ||
| + | 0.481319<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
<br> | <br> | ||
| 行433: | 行1,384: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
| − | <td>[[画像:Outdata1--pdbShapeFit.png]]</td> | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-ther-pdbShapeFit.png]]<br> |
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
<td><p align="left">重心<br> | <td><p align="left">重心<br> | ||
最大半径<br> | 最大半径<br> | ||
最大半径(座標)<br> </p> | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">9.391364e+01 1.048177e+01 9.622422e+01<br> |
| − | <br> | + | 3.286686e+01<br> |
| − | <br> </p> | + | 22.45 26.89 23.78<br> </p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 6.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 8.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 10.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 80.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 82.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 86.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | MAX 86.00 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | START 4.00 4 | ||
| + | START 5.00 5 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 70.00 70 | ||
| + | MAX 96.00 70.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 71.00 71 | ||
| + | START 72.00 72 | ||
| + | START 73.00 73 | ||
| + | START 74.00 74 | ||
| + | START 75.00 75 | ||
| + | START 76.00 76 | ||
| + | START 77.00 77 | ||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション -Centre=== | ||
| + | <div>-omrc の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-Centre-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">最小<br> | ||
| + | 最大<br> | ||
| + | 平均値<br> | ||
| + | 標準偏差<br> | ||
| + | 標準誤差<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
| + | 1100 (61, 1, 0)<br> | ||
| + | 16.2356<br> | ||
| + | 74.3868<br> | ||
| + | 0.82479<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-opdb の画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-Centre-pdbShapeFit.png]]<br> | ||
| + | 白: 入力 青: 出力<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">3.831380e+01 4.964767e+01 2.722422e+01<br> | ||
| + | 3.286710e+01<br> | ||
| + | 21.36 32.45 23.78<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-otxt のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
| + | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
| + | START 0.00 0 | ||
| + | MAX 94.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 118.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 120.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | MAX 122.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 1.00 1 | ||
| + | MAX 122.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
| + | START 2.00 2 | ||
| + | START 3.00 3 | ||
| + | START 4.00 4 | ||
| + | |||
| + | -中略- | ||
| + | |||
| + | START 78.00 78 | ||
| + | START 79.00 79 | ||
| + | START 80.00 80 | ||
| + | START 81.00 81 | ||
| + | START 82.00 82 | ||
| + | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
2014年3月10日 (月) 04:52時点における最新版
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
- 2.1 入力ファイルの画像
- 2.2 オプション必須項目のみの場合
- 2.3 オプション -xmin, -xmax, -xd
- 2.4 オプション -ymin, -ymax, yd
- 2.5 オプション -zmin, -zmax, -zd
- 2.6 オプション -EA
- 2.7 オプション -phimin, -phimax, -phid
- 2.8 オプション -psimin, -psimax, -psid
- 2.9 オプション -thetamin, -thetamax, -thetad
- 2.10 オプション -order
- 2.11 オプション -refine
- 2.12 オプション -size
- 2.13 オプション -mergin
- 2.14 オプション -ther
- 2.15 オプション -Centre
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -ipdb | 必須 | 入力ファイル: PDB (原子モデル) | NULL |
| -imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
| -C | 必須 | Contour | 0.0 |
| -CM | 選択 | ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate | 0 |
| -omrc | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -otxt | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
| -opdb | 選択 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
| -xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
| -xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
| -ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
| -ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
| -yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
| -zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
| -zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
| -zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
| -EA | 選択 | オイラー角の回転モード | ZOYS |
| -phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
| -phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
| -phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
| -psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
| -psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
| -psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
| -thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
| -thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
| -thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
| -PSM | 選択 | PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface | 0 |
| -order | 選択 | order: refer to pdbSurface | 1.7 |
| -refine | 選択 | refine: refer to pdbSurface | 2 |
| -size | 選択 | size: refer to pdbSurface | 3 |
| -weight | 選択 | weight: refer to pdbSurface | 100 |
| -mergin | 選択 | mergin: refer to pdbSurface | 3.0 |
| -thres | 選択 | threshold: refer to pdbSurface | 0.0 |
| -I | 選択 | 黒を高密度とする | |
| -Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename : An atomic model to be fitted (PDB)
-imrc : Filename : 3-D density map (mrc-formated)
-omrc : Filename : fitting score map (MRC)
z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point.
The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z.
z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point.
The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z.
z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point.
-otxt : Filename : fitting results (Text)
-opdb : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting
-x|y|zmin : Initial value of z (should <= zmax)
-x|y|zmax : Final value of z
-x|y|zd : Delta z for fitting (should !=0)
-phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
-phi|psi|thetamax : Final value of phi (should !=0)
-phi|psi|thetad : Delta phi for fitting (should >0)
-C : Contour level of map file
-Inverse: Protein has high density on the image
-Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0
-EA : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x
-CM, -PSM の詳細
pdbSurface(-m)を参照
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 輪郭内の原子数をカウントする |
実行例
入力ファイルの画像
-ipdbのファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 9.408175e+00 2.622422e+01 3.286665e+01 |
-imrcのファイルの画像
|
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (49, 53, 30) |
オプション必須項目のみの場合
C=1000で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 17460.5 (57, 81, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.037972e+02 2.611602e+01 1.072242e+02 3.286633e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 104.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 108.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 120.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 START 4.00 4 -中略- START 71.00 71 START 72.00 72 START 73.00 73 MAX 106.00 73.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 74.00 74 START 75.00 75 START 76.00 76 MAX 106.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 MAX 110.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 78.00 78 MAX 110.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 79.00 79 MAX 112.00 79.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 80.00 80 START 81.00 81 MAX 114.00 81.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 82.00 82
以降、C=1000で実行
オプション -xmin, -xmax, -xd
xmin=-45, xmax=-40, xd=1で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1871.6 (19, 82, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
-2.053717e+00 -8.841410e+00 1.082242e+02 3.286615e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 24.00 0.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 52.00 0.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 52.00 0.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 START 4.00 4 START 5.00 5 -中略- START 66.00 66 START 67.00 67 MAX 40.00 67.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 52.00 67.00 0.00 0.00 -45.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 68.00 68 MAX 50.00 68.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 69.00 69 MAX 42.00 69.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 70.00 70 START 71.00 71 START 72.00 72 START 73.00 73 MAX 26.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 28.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 44.00 73.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 74.00 74 MAX 38.00 74.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 42.00 74.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 44.00 74.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 50.00 74.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 75.00 75 MAX 36.00 75.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 38.00 75.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 76.00 76 MAX 36.00 76.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 38.00 76.00 0.00 0.00 -41.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 62.00 76.00 0.00 0.00 -44.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 START 78.00 78 MAX 26.00 78.00 0.00 0.00 -40.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82 MAX 38.00 82.00 0.00 0.00 -42.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
オプション -ymin, -ymax, yd
ymin=10, ymax=20, -yd=2で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (25, 0, 0) 19993 (0, 82, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.740817e+01 1.082242e+02 3.286665e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 4.00 0.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 6.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 -中略- START 67.00 67 START 68.00 68 START 69.00 69 START 70.00 70 START 71.00 71 MAX 4.00 71.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 72.00 72 MAX 0.00 72.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 0.00 72.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 73.00 73 MAX 0.00 73.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 0.00 73.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 73.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 74.00 74 MAX 0.00 74.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 75.00 75 MAX 0.00 75.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 75.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 76.00 76 MAX 2.00 76.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 10.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 12.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 77.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 78.00 78 START 79.00 79 MAX 0.00 79.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 80.00 80 MAX 0.00 80.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 80.00 0.00 0.00 0.00 14.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 81.00 81 MAX 0.00 81.00 0.00 0.00 0.00 16.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 82.00 82 MAX 0.00 82.00 0.00 0.00 0.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
オプション -zmin, -zmax, -zd
zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (2, 0, 0) 16454.1 (57, 3, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.037972e+02 2.611602e+01 6.224217e+00 3.286633e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START -50.00 0 MAX 0.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 98.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 100.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 102.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 104.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 106.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 108.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -40.00 1 MAX 0.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 98.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 100.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -30.00 2 MAX 0.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 98.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 100.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 102.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 106.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -20.00 3 MAX 2.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 104.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 106.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 108.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -10.00 4 START 0.00 5
xmin=-45, xmax=-40, xd=1, ymin=10, ymax=20, -yd=2, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 11998.3 (22, 2, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
6.096946e+00 1.047954e+01 6.224217e+00 3.286679e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START -40.00 0 MAX 10.00 -40.00 0.00 0.00 -42.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 12.00 -40.00 0.00 0.00 -41.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 12.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 14.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 14.00 -40.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) -中略- MAX 36.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -42.00 18.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -41.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 38.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 44.00 -20.00 0.00 0.00 -40.00 20.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -10.00 3 START 0.00 4
オプション -EA
EA=ZOYRで実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (33, 0, 0) 19653 (48, 52, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.761016e+01 9.386633e+00 3.286632e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 -中略- START 49.00 49 START 50.00 50 MAX 90.00 50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 51.00 51 START 52.00 52 MAX 96.00 52.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 53.00 53 START 54.00 54 START 55.00 55 -中略- START 78.00 78 START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
オプション -phimin, -phimax, -phid
phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
1612.66 (18, 0, 0) 17187.2 (10, 3, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.041970e+02 2.706718e+01 6.224217e+00 3.286664e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START -50.00 0 MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -40.00 1 MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 115.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -30.00 2 MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -20.00 3 MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.50 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 115.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -10.00 4 START 0.00 5
オプション -psimin, -psimax, -psid
psimin=0, psimax=30, psid=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (21, 0, 0) 19827.3 (2, 5, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.070398e+02 2.330635e+01 1.362995e+01 3.286660e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START -50.00 0 MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -50.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -40.00 1 MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -40.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -40.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -40.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -30.00 2 MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -30.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.50 -30.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.50 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -20.00 3 MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -20.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -20.00 2.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.00 -20.00 1.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -20.00 3.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -10.00 4 MAX 110.00 -10.00 5.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -10.00 7.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -10.00 8.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -10.00 9.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -10.00 10.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 0.00 5 MAX 111.00 0.00 13.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y)
オプション -thetamin, -thetamax, -thetad
thetamin=0, thetamax=30, thetad=1, phimin=110, phimax=120, phid=0.5, zmin=-50, zmax=0, zd=10で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (21, 0, 0) 19973 (20, 4, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.059440e+02 2.368945e+01 8.182193e+00 3.286613e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START -50.00 0 MAX 110.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.50 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -50.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -50.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -40.00 1 MAX 110.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -40.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.00 -40.00 0.00 2.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 112.50 -40.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 113.00 -40.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -40.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 115.50 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 -40.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.50 -40.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -30.00 2 MAX 110.00 -30.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -30.00 0.00 1.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -30.00 0.00 2.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.00 -30.00 0.00 7.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -20.00 3 MAX 110.00 -20.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -20.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 -20.00 0.00 4.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 111.00 -20.00 0.00 6.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START -10.00 4 MAX 113.50 -10.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 114.00 -10.00 0.00 3.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 -10.00 0.00 11.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.50 -10.00 0.00 9.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 117.50 -10.00 0.00 18.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 118.00 -10.00 0.00 18.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 118.50 -10.00 0.00 19.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 119.00 -10.00 0.00 11.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 119.00 -10.00 0.00 21.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 120.00 -10.00 0.00 21.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 0.00 5
オプション -order
order=5で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 4935.67 (0, 78, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
6.053012e+00 9.408175e+00 1.042242e+02 3.286665e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 -中略- START 75.00 75 MAX 0.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 76.00 76 MAX 0.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 MAX 0.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 78.00 78 MAX 0.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
オプション -refine
refine=6で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 2694.47 (53, 74, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.000143e+02 1.878688e+01 1.002242e+02 3.286725e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 -中略- START 72.00 72 START 73.00 73 START 74.00 74 MAX 106.00 74.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 75.00 75 START 76.00 76 START 77.00 77 START 78.00 78 START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
オプション -size
size=6で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 19706.7 (57, 81, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.037972e+02 2.611602e+01 1.072242e+02 3.286633e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 104.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 108.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 120.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 START 3.00 3 -中略- START 73.00 73 MAX 106.00 73.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 74.00 74 START 75.00 75 MAX 110.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 76.00 76 MAX 106.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 MAX 110.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 78.00 78 MAX 110.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 79.00 79 MAX 112.00 79.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 80.00 80 START 81.00 81 MAX 114.00 81.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 82.00 82
オプション -mergin
mergin=1で実行
-omrc の画像
|
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 9266.14 (55, 81, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
1.020337e+02 2.238539e+01 1.072242e+02 3.286628e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 88.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 90.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 100.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 104.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 108.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 116.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 MAX 116.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 2.00 2 START 3.00 3 -中略- START 75.00 75 MAX 110.00 75.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 76.00 76 MAX 112.00 76.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 77.00 77 MAX 108.00 77.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 78.00 78 MAX 108.00 78.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 MAX 110.00 81.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 82.00 82
オプション -ther
ther=4で実行
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (18, 0, 0) 377.267 (48, 70, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
9.391364e+01 1.048177e+01 9.622422e+01 3.286686e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 6.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 8.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 10.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 80.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 82.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 86.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 START 2.00 2 MAX 86.00 2.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 3.00 3 START 4.00 4 START 5.00 5 -中略- START 70.00 70 MAX 96.00 70.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 71.00 71 START 72.00 72 START 73.00 73 START 74.00 74 START 75.00 75 START 76.00 76 START 77.00 77 START 78.00 78 START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
オプション -Centre
-omrc の画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1100 (61, 1, 0) |
-opdb の画像
|
重心 最大半径 |
3.831380e+01 4.964767e+01 2.722422e+01 3.286710e+01 |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 94.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 102.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 110.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 118.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 120.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) MAX 122.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 MAX 122.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 2.00 2 START 3.00 3 START 4.00 4 -中略- START 78.00 78 START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
