「pdbCrystalCreate」の版間の差分

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'''pdbCrystalCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbCrystalCreate'''とは[[PDB]]ファイルから結晶構造の[[PDB]]ファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-I</td>  
 
<td>-I</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: [Crystal Information]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]](Crystal Information)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>P1</td>
+
<td></td>  
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</tr>
+
−
<tr>
+
−
<td>1</td>
+
−
<td>らせん対称</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-I のフォーマット===
 
===-I のフォーマット===
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HelixInfo  %10d %10d %10d
 
HelixInfo  %10d %10d %10d
 
</pre>
 
</pre>
 +
 
<div>パラメータ設定が重要<br>
 
<div>パラメータ設定が重要<br>
−
CellLengthとAxisは依存している。<br>
+
CellLength、Axisを入力するときは両方必要<br>
−
axisは単位ベクトルでなければならない。<br>
+
各Axisは単位ベクトルでなければならない。<br>
−
HelixInfo  t  u  n</div>
+
SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未実装)<br>
 +
HelixInfo:  turn  unit   n-strand</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01 <br>
 +
24.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-I===
 +
====入力データ1====
 +
<div>以下の入力データで実行</div>
 +
<pre>
 +
aAxis        1 0 0
 +
bAxis        1 0 0
 +
cAxis        1 0 0
 +
CellLength 1 1 1
 +
N              2 2 2
 +
StartN      1 1 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
aAxis                    1              0              0
 +
bAxis                    1              0              0
 +
cAxis                    1              0              0
 +
CellLength                1              1              1
 +
Origin                    0              0              0
 +
N                        2              2              2
 +
StartN                    1              1              1
 +
SpaceGroup                0
 +
Program Start
 +
1 1 1
 +
3 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
1 1 2
 +
4 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
1 2 1
 +
4 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
 +
-中略-
 +
 +
2 1 2
 +
5 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
2 2 1
 +
5 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
2 2 2
 +
6 0 0
 +
pdbFileGoToEndPDB: 14
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイルの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-pdbCrystalCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.055301e+01    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.401123e+01 <br>
 +
26.27      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====入力データ2====
 +
<div>以下の入力データで実行</div>
 +
<pre>
 +
aAxis        1 0 0
 +
bAxis        1 0 0
 +
cAxis        1 0 0
 +
CellLength 1 1 1
 +
Origin        5 5 5
 +
N              2 2 2
 +
StartN      1 1 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイルの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-pdbCrystalCreate.png]]<br>
 +
白色は入力データ1の出力ファイル<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">1.555301e+01    3.019590e+01    1.689075e+01<br>
 +
3.401123e+01<br>
 +
26.27      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====入力データ3====
 +
<div>以下の入力データで実行</div>
 +
<pre>
 +
aAxis        1 0 0
 +
bAxis        1 0 0
 +
cAxis        0 5 0
 +
CellLength 1 1 1
 +
N              2 2 2
 +
StartN      1 1 1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイルの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata2-pdbCrystalCreate.png]]<br>
 +
白色は入力データ1の出力ファイル<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">9.053012e+00    2.669590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.386472e+01<br>
 +
25.77      24.35      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====入力データ4====
 +
<div>以下の入力データで実行</div>
 +
<pre>
 +
aAxis          1  0  0
 +
bAxis          1  0  0
 +
cAxis          1  0  0
 +
CellLength 10 10 10
 +
N                2  2  2
 +
StartN        1  1  1
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力ファイルの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-pdbCrystalCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">5.105301e+01    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
4.525700e+01<br>
 +
39.77      23.85      28.04<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月24日 (月) 08:56時点における最新版

pdbCrystalCreateとはPDBファイルから結晶構造のPDBファイルを作成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-I 必須 入力ファイル: ASCII(Crystal Information) NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0


-I のフォーマット

aAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
bAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
cAxis       %15.6g %15.6g %15.6g
CellLength  %15.6g %15.6g %15.6g
Origin      %15.6g %15.6g %15.6g
N           %15d %15d %15d
StartN      %15d %15d %15d
SpaceGroup  %15d
HelixInfo   %10d %10d %10d
パラメータ設定が重要

CellLength、Axisを入力するときは両方必要
各Axisは単位ベクトルでなければならない。
SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未実装)

HelixInfo: turn unit n-strand


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション　-I

入力データ1

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力結果
aAxis                     1               0               0
bAxis                     1               0               0
cAxis                     1               0               0
CellLength                1               1               1
Origin                    0               0               0
N                         2               2               2
StartN                    1               1               1
SpaceGroup                0
Program Start
1 1 1
3 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 1 2
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
1 2 1
4 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14

-中略-

2 1 2
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 1
5 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14
2 2 2
6 0 0
pdbFileGoToEndPDB: 14


出力ファイルの画像
Outdata-pdbCrystalCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01

3.401123e+01

26.27 23.85 28.04


入力データ2

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         1 0 0
CellLength 1 1 1
Origin        5 5 5
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力ファイルの画像

Outdata1-pdbCrystalCreate.png
白色は入力データ1の出力ファイル

重心

最大半径

最大半径(座標)

1.555301e+01 3.019590e+01 1.689075e+01

3.401123e+01

26.27 23.85 28.04


入力データ3

以下の入力データで実行
aAxis         1 0 0
bAxis         1 0 0
cAxis         0 5 0
CellLength 1 1 1
N               2 2 2
StartN       1 1 1


出力ファイルの画像

Outdata2-pdbCrystalCreate.png
白色は入力データ1の出力ファイル

重心

最大半径

最大半径(座標)

9.053012e+00 2.669590e+01 1.189075e+01

3.386472e+01

25.77 24.35 28.04


入力データ4

以下の入力データで実行
aAxis           1   0   0
bAxis           1   0   0
cAxis           1   0   0
CellLength 10 10 10
N                 2   2   2
StartN         1   1   1


出力ファイルの画像
Outdata3-pdbCrystalCreate.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.105301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01

4.525700e+01

39.77 23.85 28.04



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