「pdbCrystalCreate」の版間の差分
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| − | '''pdbCrystalCreate'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。 | + | '''pdbCrystalCreate'''とは[[PDB]]ファイルから結晶構造の[[PDB]]ファイルを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。 |
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CellLength、Axisを入力するときは両方必要<br> | CellLength、Axisを入力するときは両方必要<br> | ||
各Axisは単位ベクトルでなければならない。<br> | 各Axisは単位ベクトルでなければならない。<br> | ||
| − | + | SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未実装)<br> | |
| − | HelixInfo: | + | HelixInfo: turn unit n-strand</div> |
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===オプション -I=== | ===オプション -I=== | ||
| − | <div> | + | ====入力データ1==== |
| + | <div>以下の入力データで実行</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
aAxis 1 0 0 | aAxis 1 0 0 | ||
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3.401123e+01 <br> | 3.401123e+01 <br> | ||
26.27 23.85 28.04<br></p> | 26.27 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====入力データ2==== | ||
| + | <div>以下の入力データで実行</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | aAxis 1 0 0 | ||
| + | bAxis 1 0 0 | ||
| + | cAxis 1 0 0 | ||
| + | CellLength 1 1 1 | ||
| + | Origin 5 5 5 | ||
| + | N 2 2 2 | ||
| + | StartN 1 1 1 | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>出力ファイルの画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-pdbCrystalCreate.png]]<br> | ||
| + | 白色は入力データ1の出力ファイル<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">1.555301e+01 3.019590e+01 1.689075e+01<br> | ||
| + | 3.401123e+01<br> | ||
| + | 26.27 23.85 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====入力データ3==== | ||
| + | <div>以下の入力データで実行</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | aAxis 1 0 0 | ||
| + | bAxis 1 0 0 | ||
| + | cAxis 0 5 0 | ||
| + | CellLength 1 1 1 | ||
| + | N 2 2 2 | ||
| + | StartN 1 1 1 | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>出力ファイルの画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata2-pdbCrystalCreate.png]]<br> | ||
| + | 白色は入力データ1の出力ファイル<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">9.053012e+00 2.669590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 3.386472e+01<br> | ||
| + | 25.77 24.35 28.04<br></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ====入力データ4==== | ||
| + | <div>以下の入力データで実行</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | aAxis 1 0 0 | ||
| + | bAxis 1 0 0 | ||
| + | cAxis 1 0 0 | ||
| + | CellLength 10 10 10 | ||
| + | N 2 2 2 | ||
| + | StartN 1 1 1 | ||
| + | |||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>出力ファイルの画像</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata3-pdbCrystalCreate.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">5.105301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01<br> | ||
| + | 4.525700e+01<br> | ||
| + | 39.77 23.85 28.04<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
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2014年3月24日 (月) 08:56時点における最新版
pdbCrystalCreateとはPDBファイルから結晶構造のPDBファイルを作成するEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: PDB | NULL |
| -I | 必須 | 入力ファイル: ASCII(Crystal Information) | NULL |
| -o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
-I のフォーマット
aAxis %15.6g %15.6g %15.6g bAxis %15.6g %15.6g %15.6g cAxis %15.6g %15.6g %15.6g CellLength %15.6g %15.6g %15.6g Origin %15.6g %15.6g %15.6g N %15d %15d %15d StartN %15d %15d %15d SpaceGroup %15d HelixInfo %10d %10d %10d
パラメータ設定が重要
CellLength、Axisを入力するときは両方必要
各Axisは単位ベクトルでなければならない。
SpaceGroup: 0: P1対称, 1: らせん対称(未実装)
実行例
入力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
オプション -I
入力データ1
以下の入力データで実行
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 1 1 1 N 2 2 2 StartN 1 1 1
出力結果
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 1 1 1 Origin 0 0 0 N 2 2 2 StartN 1 1 1 SpaceGroup 0 Program Start 1 1 1 3 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 1 1 2 4 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 1 2 1 4 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 -中略- 2 1 2 5 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 2 2 1 5 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14 2 2 2 6 0 0 pdbFileGoToEndPDB: 14
出力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
1.055301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01 3.401123e+01 |
入力データ2
以下の入力データで実行
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 1 1 1 Origin 5 5 5 N 2 2 2 StartN 1 1 1
出力ファイルの画像
|
重心 最大半径 |
1.555301e+01 3.019590e+01 1.689075e+01 3.401123e+01 |
入力データ3
以下の入力データで実行
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 0 5 0 CellLength 1 1 1 N 2 2 2 StartN 1 1 1
出力ファイルの画像
|
重心 最大半径 |
9.053012e+00 2.669590e+01 1.189075e+01 3.386472e+01 |
入力データ4
以下の入力データで実行
aAxis 1 0 0 bAxis 1 0 0 cAxis 1 0 0 CellLength 10 10 10 N 2 2 2 StartN 1 1 1
出力ファイルの画像
 |
重心 最大半径 |
5.105301e+01 2.519590e+01 1.189075e+01 4.525700e+01 |
