「mrcImageClusterAnalysis」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行14: | 行14: | ||
<td>-I</td> | <td>-I</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力ファイル</td> | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル</td> | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行86: | 行86: | ||
<td>-pvmList</td> | <td>-pvmList</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>入力: pvmリスト</td> | + | <td>入力: pvmリスト: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行92: | 行92: | ||
<td>-Log</td> | <td>-Log</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: ログ</td> | + | <td>出力: ログ:[[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行98: | 行98: | ||
<td>-Log2</td> | <td>-Log2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力: ログ(クラスターノードのみ)</td> | + | <td>出力: ログ(クラスターノードのみ): [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行104: | 行104: | ||
<td>-LogIn</td> | <td>-LogIn</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>入力: 前回のログ</td> | + | <td>入力: 前回のログ: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
2014年5月7日 (水) 09:20時点における版
mrcImageClusterAnalysisとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -I | 必須 | 入力ファイル: ASCII | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
| -O | 選択 | 平均画像ファイルの出力: ファイル名: (入力ファイル名).avg | |
| -N | 選択 | クラスターの数 | 1 |
| -Min | 選択 | Minimum: Correlation: Conditions for ending | 0.0 |
| -Iter | 選択 | 繰り返しを有効にする | |
| -AR | 選択 | 回転の刻み数 | 72 |
| -ARange | 選択 | 回転の範囲: (最小値, 最大値) | (0, 360) |
| -ARiter | 選択 | AutoRotationの繰り返し回数 | 2 |
| -ARMethod | 選択 | AutoRotationCorrelationの計算方法 | 0 |
| -M | 選択 | 相関のモード | 19 |
| -pvm | 選択 | PVMでパラレル解析する | |
| -pvmList | 選択 | 入力: pvmリスト: ASCII | NULL |
| -Log | 選択 | 出力: ログ:ASCII | stdout |
| -Log2 | 選択 | 出力: ログ(クラスターノードのみ): ASCII | NULL |
| -LogIn | 選択 | 入力: 前回のログ: ASCII | NULL |
| -prevF | 選択 | 入力: 前回のログファイル数 | 0 |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | クラスター間の距離の設定 | 2 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 相関値から算出 |
| 1 | ユークリッド距離から算出 |
| 2 | By Ward Method: 回転無し: ユークリッド距離, 回転有り: ユークリッド距離の2乗 |
| 3 | By Ward Method using Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
| 4 | By Linear Correlation : (1 - Correlation)/(1 + Correlation) |
実行例
-I のデータ
Input-1VOM-N-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot-2D.mrc Input-1VOM-N-Rot1-2D.mrc
 |
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
 |
最小 最大 |
-11367.8 (51, 62, 0) 51939.8 (29, 26, 0) |
 |
最小 最大 |
-14918 (53, 17, 0) 58621.8 (30, 26, 0) |
