「pdbPCA」の版間の差分
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== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>stdion（設定しなければ標準入力）</td> | <td>stdion（設定しなければ標準入力）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>出力ファイル：計算結果を出力: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | <td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oU</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Array)</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oM</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Marix3D)</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-oPDB</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル: [[PDB]]<br> | ||
| + | 第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td> | ||
| + | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-c</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-m</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>モードを設定</td> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>-h</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>ヘルプを表示</td> | ||
| + | <td> </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
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<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
</tr> | </tr> | ||
| − | + | <tr> | |
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td></td> | ||
| + | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | + | <pre> | |
$ pdbPCA -i 1VOM.pdb | $ pdbPCA -i 1VOM.pdb | ||
Program Start | Program Start | ||
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3140204.500000 1205074.000000 941588.812500 | 3140204.500000 1205074.000000 941588.812500 | ||
#第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分 | #第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細=== | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Input-1VOM-PDB.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01<br> | ||
| + | 5.314867e+01 <br> | ||
| + | 40.92 41.49 48.47<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
| + | <div>-o のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | Result | ||
| + | C: covariance matrix | ||
| + | 2 3 3 | ||
| + | 1149624.250000 -118627.789062 315483.843750 | ||
| + | -118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500 | ||
| + | 315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000 | ||
| + | u: unit vector | ||
| + | 2 3 3 | ||
| + | 0.154886 -0.671246 0.724871 | ||
| + | 0.767707 0.543582 0.339330 | ||
| + | -0.621801 0.503931 0.599514 | ||
| + | lambda^2: lambda^2 | ||
| + | 1 3 | ||
| + | 3140204.500000 1205074.000000 941588.812500 | ||
| + | Averege: Center Position | ||
| + | 1 3 | ||
| + | 66.530304 36.237804 -29.722399 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-oU のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | 2 3 3 | ||
| + | 0.154886 -0.671246 0.724871 | ||
| + | 0.767707 0.543582 0.339330 | ||
| + | -0.621801 0.503931 0.599514 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-oM のデータ</div> | ||
| + | <pre> | ||
| + | 0.154886 -0.671246 0.724871 | ||
| + | 0.767707 0.543582 0.339330 | ||
| + | -0.621801 0.503931 0.599514 | ||
| + | 0.000000 0.000000 0.000000 | ||
| + | </pre> | ||
| + | <br> | ||
| + | |||
| + | <div>-oPDB のデータ</div> | ||
| + | <table> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>[[画像:Outdata-pdbPCA.png]]</td> | ||
| + | <td><p align="left">重心<br> | ||
| + | 最大半径<br> | ||
| + | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td><p align="left">-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01<br> | ||
| + | 5.314899e+01<br> | ||
| + | 48.12 36.21 35.41<br> </p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <br> | ||
2014年6月27日 (金) 04:58時点における最新版
pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析（PCA）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル: PDB | stdion（設定しなければ標準入力） |
| -o | 選択 | 出力ファイル：計算結果を出力: ASCII | stdout(設定しなければ標準出力） |
| -oU | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector: ASCII(Array) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oM | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector: ASCII(Marix3D) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oPDB | 選択 | 出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル: PDB 第１，２，３主成分軸がx, y, z軸 |
NULL(設定しなければ出力しない） |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
$ pdbPCA -i 1VOM.pdb
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871 # 第一主成分の固有ベクトル
0.767707 0.543582 0.339330 # 第二主成分の固有ベクトル
-0.621801 0.503931 0.599514 # 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
#第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分
入力ファイルの詳細
 |
重心 最大半径 |
6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 |
オプション必須項目のみの場合
-o のデータ
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
Averege: Center Position
1 3
66.530304 36.237804 -29.722399
-oU のデータ
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
-oM のデータ
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
0.000000 0.000000 0.000000
-oPDB のデータ
 |
重心 最大半径 |
-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01 5.314899e+01 |
