「mrcImageMultiCTFCompensation」の版間の差分

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行1: 行1:
−
'''mrcImageMultiCTFCompensation'''とは複数枚の画像から[[CTF補正]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageMultiCTFCompensation'''とは同一視野で[[CTF]]の異なる複数枚の画像から[[CTF補正]]を行う[[Eos]]の[[コマンド]]である。各画像の[[CTF補正]]後を平均した画像を出力する。
  
  
行120: 行120:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+32</td>  
 
<td>+32</td>  
−
<td>[[照射半角]]を考慮する</td>  
+
<td>照射角を考慮する</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行170: 行170:
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
===-i のデータ===
 
===-i のデータ===
 +
<div>[[:Media:Input-B120.mrc|元データ]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-B120.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
21.0538<br>
 +
47.6709<br>
 +
0.595886<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。
 
<pre>
 
<pre>
−
/Eos/img/Input0.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
−
/Eos/img/Input1.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
−
/Eos/img/Input2.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
−
/Eos/img/Input3.mrc 27000 2.1 200 0.1
+
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3
  
 
</pre>
 
</pre>
  
−
<div>Input0の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF2.mrc|Input-B120-CTF2.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input0-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF2.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行188: 行208:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-67.2449 (35, 36, 0)<br>
−
255 (30, 25, 0)<br>  
+
48.4524 (50, 51, 0)<br>
−
21.8076<br>  
+
-5.60279e-08<br>
−
47.9133<br>  
+
13.2796<br>
−
0.748645<br></p>  
+
0.165995<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF2-Cnp.png]]<br>
 +
単一でCTF補正した場合<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-49.3218 (28, 26, 0)<br>  
 +
133.566 (37, 38, 0)<br>  
 +
8.98254e-07<br>  
 +
26.7724<br>  
 +
0.334655<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
<div>Input1の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF3.mrc|Input-B120-CTF3.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input1-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF3.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行207: 行242:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-57.5666 (25, 38, 0)<br>  
−
255 (30, 26, 0)<br>  
+
53.971 (44, 29, 0)<br>  
−
20.6895<br>  
+
-5.02996e-08<br>  
−
47.2143<br>  
+
9.30611<br>  
−
0.737723<br></p>  
+
0.116326<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
</tr>  
+
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF3-Cnp.png]]<br>
 +
単一でCTF補正した場合<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-49.4192 (47, 51, 0)<br>
 +
137.108 (49, 32, 0)<br>
 +
5.49823e-07<br>
 +
19.7161<br>
 +
0.246452<br></p>
 +
</td> 
 +
</tr>
 
</table>  
 
</table>  
  
−
<div>Input2の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF4.mrc|Input-B120-CTF4.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input2-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF4.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行226: 行276:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-68.355 (24, 39, 0)<br>
−
255 (27, 32, 0)<br>  
+
42.4746 (44, 26, 0)<br>
−
19.0078<br>  
+
-3.45941e-08<br>
−
47.768<br>  
+
10.9018<br>
−
0.746374<br></p>  
+
0.136272<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF4-Cnp.png]]<br>
 +
単一でCTF補正した場合<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-43.0975 (26, 31, 0)<br>  
 +
117.683 (49, 32, 0)<br>  
 +
4.44953e-07<br>  
 +
22.9822<br>  
 +
0.287278<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
<div>Input3の画像 </div>
+
<div>[[:Media:Input-B120-CTF5.mrc|Input-B120-CTF5.mrc]]の画像 </div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input3-mrcImageMultiCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF5.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行245: 行310:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-44.9091 (37, 36, 0)<br>  
−
255 (28, 33, 0)<br>  
+
26.5736 (28, 28, 0)<br>
−
18.3279<br>  
+
-2.71914e-08<br>
−
45.0774<br>  
+
8.97143<br>
−
0.704334<br></p>  
+
0.112143<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="center">[[画像:Input-B120-CTF5-Cnp.png]]<br>
 +
単一でCTF補正した場合<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-33.0969 (49, 51, 0)<br>
 +
73.3827 (35, 37, 0)<br>  
 +
-1.68364e-08<br>  
 +
15.1195<br>  
 +
0.188993<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行266: 行345:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-950.729 (30, 33, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-40.2801 (48, 52, 0)<br>  
−
91.5373 (61, 58, 0)<br>  
+
104.151 (36, 38, 0)<br>  
−
-199.582<br>  
+
1.24049e-07<br>  
−
202.06<br>  
+
18.8015<br>  
−
3.15719<br></p>  
+
0.235019<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行285: 行364:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br>  
+
<td><p align="left">7.30857e-06 (75, 37, 0)<br>  
−
12773.2 (0, 0, 0)<br>  
+
378.143 (42, 0, 0)<br>  
−
30.7184<br>  
+
4.45621<br>  
−
365.42<br>  
+
19.8824<br>  
−
5.70969<br></p>  
+
0.24853<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
−
 
+
  
 
===オプション　-W===
 
===オプション　-W===
−
====W=0.5で実行====  
+
====W=1で実行====  
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行307: 行385:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-178.794 (29, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-17.0714 (27, 31, 0)<br>  
−
31.7025 (15, 31, 0)<br>  
+
23.2441 (40, 52, 0)<br>  
−
-7.67623<br>  
+
5.81327e-09<br>  
−
35.9686<br>  
+
4.65713<br>  
−
0.562009<br></p>  
+
0.0582141<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行326: 行404:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.000786083 (61, 50, 0)<br>  
+
<td><p align="left">3.22907e-07 (0, 0, 0)<br>  
−
656.031 (1, 0, 0)<br>  
+
62.9461 (46, 78, 0)<br>  
−
5.93815<br>  
+
1.28884<br>  
−
40.2896<br>  
+
4.68843<br>  
−
0.629525<br></p>  
+
0.0586053<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-WR===
 
===オプション　-WR===
行348: 行425:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-153.883 (30, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-11.5567 (27, 31, 0)<br>  
−
23.7931 (15, 31, 0)<br>  
+
15.7516 (24, 39, 0)<br>  
−
-7.67623<br>  
+
1.23206e-08<br>  
−
31.3292<br>  
+
3.24282<br>  
−
0.489519<br></p>  
+
0.0405352<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行367: 行444:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">9.05608e-06 (60, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">2.72506e-08 (75, 37, 0)<br>  
−
587.065 (1, 0, 0)<br>  
+
45.7637 (46, 78, 0)<br>  
−
4.29171<br>  
+
0.700623<br>  
−
35.7021<br>  
+
3.33709<br>  
−
0.557845<br></p>  
+
0.0417136<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-SinWin===
 
===オプション　-SinWin===
行389: 行465:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-939.931 (30, 33, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-39.9332 (48, 52, 0)<br>  
−
82.2886 (61, 59, 0)<br>  
+
102.315 (36, 38, 0)<br>  
−
-199.582<br>  
+
1.52273e-07<br>  
−
201.211<br>  
+
18.7407<br>  
−
3.14392<br></p>  
+
0.234259<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行408: 行484:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (8, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0 (40, 1, 0)<br>  
−
12773.2 (0, 0, 0)<br>  
+
378.143 (42, 0, 0)<br>  
−
28.1205<br>  
+
4.1815<br>  
−
365.158<br>  
+
19.8843<br>  
−
5.70559<br></p>  
+
0.248553<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-ctfMode===
 
===オプション　-ctfMode===
行430: 行505:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1243.15 (30, 31, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-24.2681 (68, 48, 0)<br>  
−
534.543 (1, 0, 0)<br>  
+
207.103 (36, 38, 0)<br>  
−
-7.92556e-07<br>  
+
-1.0943e-09<br>  
−
404.255<br>  
+
45.5848<br>  
−
6.31648<br></p>  
+
0.56981<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行450: 行525:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
12267.8 (1, 0, 0)<br>  
+
1280.12 (41, 0, 0)<br>  
−
33.7224<br>  
+
6.47008<br>  
−
477.688<br>  
+
51.7633<br>  
−
7.46387<br></p>  
+
0.647041<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=256で実行====  
 
====ctfMode=256で実行====  
行470: 行544:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-501.951 (1, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-191.228 (36, 38, 0)<br>  
−
1288.01 (33, 32, 0)<br>  
+
26.7763 (67, 30, 0)<br>  
−
-2.09152e-06<br>  
+
-3.91243e-08<br>  
−
404.255<br>  
+
45.3127<br>  
−
6.31648<br></p>  
+
0.566409<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行490: 行564:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
12267.8 (1, 0, 0)<br>  
+
1280.12 (41, 0, 0)<br>  
−
33.7224<br>  
+
5.38217<br>  
−
477.688<br>  
+
51.6411<br>  
−
7.46387<br></p>  
+
0.645514<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=257で実行====  
 
====ctfMode=257で実行====  
行510: 行583:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-50.4152 (5, 2, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-90.5402 (36, 37, 0)<br>  
−
1009.22 (33, 32, 0)<br>  
+
39.3153 (49, 51, 0)<br>  
−
199.582<br>  
+
-1.30477e-07<br>  
−
202.06<br>  
+
18.1267<br>  
−
3.15719<br></p>  
+
0.226584<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行529: 行602:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br>  
+
<td><p align="left">1.17451e-06 (75, 37, 0)<br>  
−
12773.2 (0, 0, 0)<br>  
+
378.143 (42, 0, 0)<br>  
−
30.7184<br>  
+
3.33762<br>  
−
365.42<br>  
+
19.4523<br>  
−
5.70969<br></p>  
+
0.243154<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-m===
 
===オプション　-m===
−
====m=1, W=0.5で実行====  
+
====m=1, W=1で実行====  
 
=====その他のオプションなし=====
 
=====その他のオプションなし=====
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
行552: 行624:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-175.249 (29, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-9.82557 (48, 51, 0)<br>  
−
49.852 (15, 31, 0)<br>  
+
92.1757 (49, 32, 0)<br>  
−
-1.99391<br>  
+
6.14297<br>  
−
37.3853<br>  
+
14.8838<br>  
−
0.584145<br></p>  
+
0.186048<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行571: 行643:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.00642588 (59, 34, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.00108315 (40, 41, 0)<br>  
−
681.324 (34, 0, 0)<br>  
+
491.438 (0, 0, 0)<br>  
−
6.41058<br>  
+
4.1562<br>  
−
40.1134<br>  
+
18.0735<br>  
−
0.626771<br></p>  
+
0.225919<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行582: 行654:
 
<div>-log のデータ</div>
 
<div>-log のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
iter          0 : rms   -1.965984e+01 : min    1.000000e+06
+
iter          0 : rms   1.013455e+01 : min    1.000000e+06
 +
iter          1 : rms    1.355871e+00 : min    1.013455e+01
 +
iter          2 : rms    8.647722e-01 : min    1.355871e+00
 +
iter          3 : rms    6.229646e-01 : min    8.647722e-01
 +
iter          4 : rms    4.844930e-01 : min    6.229646e-01
 +
iter          5 : rms    3.971868e-01 : min    4.844930e-01
 +
iter          6 : rms    3.377429e-01 : min    3.971868e-01
 +
iter          7 : rms    2.951728e-01 : min    3.377429e-01
 +
iter          8 : rms    2.629044e-01 : min    2.951728e-01
 +
iter          9 : rms    2.370113e-01 : min    2.629044e-01
 
</pre>
 
</pre>
  
−
====solventMode=1で実行====  
+
=====solventMode=1で実行=====  
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行596: 行677:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-220.728 (30, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-20.1029 (48, 51, 0)<br>  
−
42.9295 (15, 31, 0)<br>  
+
87.1488 (49, 32, 0)<br>  
−
-9.08899<br>  
+
2.38926<br>  
−
47.6864<br>  
+
14.7396<br>  
−
0.7451<br></p>  
+
0.184245<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行615: 行696:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.00745064 (63, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.00627302 (76, 14, 0<br>  
−
916.491 (1, 0, 0)<br>  
+
222.088 (42, 0, 0)<br>  
−
7.81324<br>  
+
4.12707<br>  
−
53.2299<br>  
+
15.7098<br>  
−
0.831717<br></p>  
+
0.196372<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行626: 行707:
 
<div>-log のデータ</div>
 
<div>-log のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
iter          0 : rms   -3.997643e+00 : min    1.000000e+06
+
iter          0 : rms   3.709238e+01 : min    1.000000e+06
 +
iter          1 : rms    3.539059e+00 : min    3.709238e+01
 +
iter          2 : rms    1.971014e+00 : min    3.539059e+00
 +
iter          3 : rms    1.314187e+00 : min    1.971014e+00
 +
iter          4 : rms    9.704149e-01 : min    1.314187e+00
 +
iter          5 : rms    7.649823e-01 : min    9.704149e-01
 +
iter          6 : rms    6.304888e-01 : min    7.649823e-01
 +
iter          7 : rms    5.362647e-01 : min    6.304888e-01
 +
iter          8 : rms    4.668152e-01 : min    5.362647e-01
 +
iter          9 : rms    4.135905e-01 : min    4.668152e-01
 
</pre>
 
</pre>
  
−
 
+
=====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行=====  
−
====solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====  
+
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行641: 行730:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">342.42 (29, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">85.3666 (27, 31, 0)<br>  
−
552.916 (15, 31, 0)<br>  
+
146.065 (58, 33, 0)<br>  
−
513.538<br>  
+
101.654<br>  
−
35.9686<br>  
+
5.9911<br>  
−
0.562009<br></p>  
+
0.0748887<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行660: 行749:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.000751982 (61, 50, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.00707058 (78, 44, 0)<br>  
−
32866.4 (0, 0, 0)<br>  
+
8132.32 (0, 0, 0)<br>  
−
21.7463<br>  
+
4.62714<br>  
−
726.986<br>  
+
143.824<br>  
−
11.3592<br></p>  
+
1.7978<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行671: 行760:
 
<div>-log のデータ</div>
 
<div>-log のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
+
iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
−
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
+
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
−
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
+
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
−
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
+
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
−
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
+
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
−
iter          5 : rms    1.267555e-01 : min    1.463149e-01
+
iter          5 : rms    7.243526e-02 : min    8.473523e-02
−
iter          6 : rms    1.130881e-01 : min    1.267555e-01
+
iter          6 : rms    6.412249e-02 : min    7.243526e-02
−
iter          7 : rms    1.030489e-01 : min    1.130881e-01
+
iter          7 : rms    5.819677e-02 : min    6.412249e-02
−
iter          8 : rms    9.539606e-02 : min    1.030489e-01
+
iter          8 : rms    5.380184e-02 : min    5.819677e-02
−
iter          9 : rms    8.939259e-02 : min    9.539606e-02
+
iter          9 : rms    5.044070e-02 : min    5.380184e-02
 
</pre>
 
</pre>
  
−
 
+
=====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行=====  
−
====MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行====  
+
 
<div>-o の画像</div>
 
<div>-o の画像</div>
 
<table>  
 
<table>  
行695: 行783:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">107.285 (29, 32, 0)<br>  
+
<td><p align="left">35.7164 (27, 31, 0)<br>  
−
317.781 (15, 31, 0)<br>  
+
94.8793 (58, 33, 0)<br>  
−
278.402<br>  
+
52.0534<br>  
−
35.9686<br>  
+
5.94982<br>  
−
0.562009<br></p>  
+
0.0743728<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行714: 行802:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.000789315 (61, 50, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.00307367 (71, 39, 0)<br>  
−
17817.7 (0, 0, 0)<br>  
+
4164.28 (0, 0, 0)<br>  
−
14.3983<br>  
+
3.33262<br>  
−
395.41<br>  
+
73.8045<br>  
−
6.17827<br></p>  
+
0.922556<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行725: 行813:
 
<div>-log のデータ</div>
 
<div>-log のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
iter          0 : rms    7.485705e-01 : min    1.000000e+06
+
iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
−
iter          1 : rms    3.354889e-01 : min    7.485705e-01
+
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
−
iter          2 : rms    2.279355e-01 : min    3.354889e-01
+
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
−
iter          3 : rms    1.763709e-01 : min    2.279355e-01
+
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
−
iter          4 : rms    1.463149e-01 : min    1.763709e-01
+
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
 
</pre>
 
</pre>
−
 
  
 
====m=16で実行====  
 
====m=16で実行====  
行744: 行831:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-50.4152 (5, 2, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-90.5402 (36, 37, 0)<br>  
−
1009.22 (33, 32, 0)<br>  
+
39.3153 (49, 51, 0)<br>  
−
199.582<br>  
+
-1.13944e-07<br>  
−
202.06<br>  
+
18.1267<br>  
−
3.15719<br></p>  
+
0.226584<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行763: 行850:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.0117408 (32, 31, 0)<br>  
+
<td><p align="left">1.17451e-06 (75, 37, 0)<br>  
−
12773.2 (0, 0, 0)<br>  
+
378.143 (42, 0, 0)<br>  
−
30.7184<br>  
+
3.33762<br>  
−
365.42<br>  
+
19.4523<br>  
−
5.70969<br></p>  
+
0.243154<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====m=17で実行====  
 
====m=17で実行====  
行784: 行870:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">161250 (60, 60, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-363.432 (24, 39, 0)<br>  
−
1.85064e+06 (29, 32, 0)<br>  
+
64206.9 (50, 53, 0)<br>  
−
432887<br>  
+
12232.5<br>  
−
388639<br>  
+
12224.9<br>  
−
6072.49<br></p>  
+
152.812<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行803: 行889:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0.00899138 (31, 33, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.000769818 (62, 30, 0)<br>  
−
2.77048e+07 (0, 0, 0)<br>  
+
978599 (0, 0, 0)<br>  
−
51930<br>  
+
2152.97<br>  
−
757226<br>  
+
21751<br>  
−
11831.7<br></p>  
+
271.888<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行814: 行900:
 
<div>-log のデータ</div>
 
<div>-log のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
iter          0 : rms    9.051428e-01 : min    1.000000e+06
+
iter          0 : rms    2.228456e+00 : min    1.000000e+06
−
iter          1 : rms    7.732108e-01 : min    9.051428e-01
+
iter          1 : rms    1.072463e+00 : min    2.228456e+00
−
iter          2 : rms    7.194946e-01 : min    7.732108e-01
+
iter          2 : rms    8.595473e-01 : min    1.072463e+00
−
iter          3 : rms    6.952064e-01 : min    7.194946e-01
+
iter          3 : rms    7.822678e-01 : min    8.595473e-01
−
iter          4 : rms    6.840820e-01 : min    6.952064e-01
+
iter          4 : rms    7.485957e-01 : min    7.822678e-01
−
iter          5 : rms    6.782160e-01 : min    6.840820e-01
+
iter          5 : rms    7.339871e-01 : min    7.485957e-01
−
iter          6 : rms    6.752780e-01 : min    6.782160e-01
+
iter          6 : rms    7.188863e-01 : min    7.339871e-01
−
iter          7 : rms    6.739355e-01 : min    6.752780e-01
+
iter          7 : rms    7.127621e-01 : min    7.188863e-01
−
iter          8 : rms    6.730211e-01 : min    6.739355e-01
+
iter          8 : rms    7.096454e-01 : min    7.127621e-01
−
iter          9 : rms    6.722654e-01 : min    6.730211e-01
+
iter          9 : rms    7.069848e-01 : min    7.096454e-01
 
</pre>
 
</pre>

2014年9月22日 (月) 08:10時点における最新版

mrcImageMultiCTFCompensationとは同一視野でCTFの異なる複数枚の画像からCTF補正を行うEosのコマンドである。各画像のCTF補正後を平均した画像を出力する。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-info2 選択 入力ファイルリスト: ASCII stdin
-o 必須 出力ファイル(平均): mrcImage stdout
-f 選択 出力ファイル(平均): mrcImage(FFT) stdout
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-WR 選択 WhiteNoiseRaising 1.0
-SinWin 選択 サイン窓(半径R[/A])を掛ける: (SinWinRmin, SinWinRmax) (0.1, 1.0)
-MaxIter 選択 Max Iteration 10
-ctfMode 選択 CTFMode 1
-solventMode 選択 溶媒の平滑化する場合に使用 0
-solventSTD 選択 solventMode=1の場合に使用 -1.0
-Log 選択 ログファイル名 stderr
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる（位相を補正しない）

-m の詳細

モード 説明
0 CTF-weighted compensation, CTF/(SQR(CTF) + (NS)^2)
+1 溶媒の平滑化処理を加える
+16 逆位相を除く(位相のみの相関の場合)

-i のフォーマット

filename0 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
filename1 deltaF[A] Cs[mm] kV[kV] ratioOfAmpToPhase
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .
     .                .            .           .                   .

-Info2 のフォーマット

filename0.ctfinfo 
filename1.ctfinfo 
          .
          .
          .


実行例

-i のデータ

元データの画像
Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886

上記の画像にそれぞれ異なるCTFを掛けたシミュレーション画像を入力ファイルとする。 

/Eos/img/Input-B120-CTF2.mrc 27000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF3.mrc 9000 2.1 200 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF4.mrc 27000 2.1 400 0.1
/Eos/img/Input-B120-CTF5.mrc 27000 2.1 200 0.3
Input-B120-CTF2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
-5.60279e-08
13.2796

0.165995

Input-B120-CTF2-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.3218 (28, 26, 0)

133.566 (37, 38, 0)
8.98254e-07
26.7724

0.334655
Input-B120-CTF3.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.5666 (25, 38, 0)

53.971 (44, 29, 0)
-5.02996e-08
9.30611

0.116326

Input-B120-CTF3-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.4192 (47, 51, 0)

137.108 (49, 32, 0)
5.49823e-07
19.7161

0.246452
Input-B120-CTF4.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-68.355 (24, 39, 0)

42.4746 (44, 26, 0)
-3.45941e-08
10.9018

0.136272

Input-B120-CTF4-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-43.0975 (26, 31, 0)

117.683 (49, 32, 0)
4.44953e-07
22.9822

0.287278
Input-B120-CTF5.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-44.9091 (37, 36, 0)

26.5736 (28, 28, 0)
-2.71914e-08
8.97143

0.112143

Input-B120-CTF5-Cnp.png
単一でCTF補正した場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-33.0969 (49, 51, 0)

73.3827 (35, 37, 0)
-1.68364e-08
15.1195

0.188993

オプション必須項目のみの場合

-o の画像
Outdata-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-40.2801 (48, 52, 0)

104.151 (36, 38, 0)
1.24049e-07
18.8015

0.235019
-f の画像
Outdata2-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

7.30857e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.45621
19.8824

0.24853

オプション　-W

W=1で実行

-o の画像
Outdata-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-17.0714 (27, 31, 0)

23.2441 (40, 52, 0)
5.81327e-09
4.65713

0.0582141
-f の画像
Outdata2-W-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

3.22907e-07 (0, 0, 0)

62.9461 (46, 78, 0)
1.28884
4.68843

0.0586053

オプション　-WR

WR=10.0, W=0.5で実行

-o の画像
Outdata-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.5567 (27, 31, 0)

15.7516 (24, 39, 0)
1.23206e-08
3.24282

0.0405352
-f の画像
Outdata2-WR-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.72506e-08 (75, 37, 0)

45.7637 (46, 78, 0)
0.700623
3.33709

0.0417136

オプション　-SinWin

SinWin=(0.05, 0.2)で実行

-o の画像
Outdata-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-39.9332 (48, 52, 0)

102.315 (36, 38, 0)
1.52273e-07
18.7407

0.234259
-f の画像
Outdata2-SinWin-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (40, 1, 0)

378.143 (42, 0, 0)
4.1815
19.8843

0.248553

オプション　-ctfMode

ctfMode=32で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-24.2681 (68, 48, 0)

207.103 (36, 38, 0)
-1.0943e-09
45.5848

0.56981
-f の画像
Outdata2-ctfMode32-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
6.47008
51.7633

0.647041

ctfMode=256で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-191.228 (36, 38, 0)

26.7763 (67, 30, 0)
-3.91243e-08
45.3127

0.566409
-f の画像
Outdata2-ctfMode256-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1280.12 (41, 0, 0)
5.38217
51.6411

0.645514

ctfMode=257で実行

-o の画像
Outdata-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-90.5402 (36, 37, 0)

39.3153 (49, 51, 0)
-1.30477e-07
18.1267

0.226584
-f の画像
Outdata2-ctfMode257-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.17451e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
3.33762
19.4523

0.243154

オプション　-m

m=1, W=1で実行

その他のオプションなし
-o の画像
Outdata-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-9.82557 (48, 51, 0)

92.1757 (49, 32, 0)
6.14297
14.8838

0.186048
-f の画像
Outdata2-m1-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00108315 (40, 41, 0)

491.438 (0, 0, 0)
4.1562
18.0735

0.225919
-log のデータ
iter          0 : rms    1.013455e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    1.355871e+00 : min    1.013455e+01
iter          2 : rms    8.647722e-01 : min    1.355871e+00
iter          3 : rms    6.229646e-01 : min    8.647722e-01
iter          4 : rms    4.844930e-01 : min    6.229646e-01
iter          5 : rms    3.971868e-01 : min    4.844930e-01
iter          6 : rms    3.377429e-01 : min    3.971868e-01
iter          7 : rms    2.951728e-01 : min    3.377429e-01
iter          8 : rms    2.629044e-01 : min    2.951728e-01
iter          9 : rms    2.370113e-01 : min    2.629044e-01
solventMode=1で実行
-o の画像
Outdata-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20.1029 (48, 51, 0)

87.1488 (49, 32, 0)
2.38926
14.7396

0.184245
-f の画像
Outdata2-m1solventMode-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00627302 (76, 14, 0

222.088 (42, 0, 0)
4.12707
15.7098

0.196372
-log のデータ
iter          0 : rms    3.709238e+01 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    3.539059e+00 : min    3.709238e+01
iter          2 : rms    1.971014e+00 : min    3.539059e+00
iter          3 : rms    1.314187e+00 : min    1.971014e+00
iter          4 : rms    9.704149e-01 : min    1.314187e+00
iter          5 : rms    7.649823e-01 : min    9.704149e-01
iter          6 : rms    6.304888e-01 : min    7.649823e-01
iter          7 : rms    5.362647e-01 : min    6.304888e-01
iter          8 : rms    4.668152e-01 : min    5.362647e-01
iter          9 : rms    4.135905e-01 : min    4.668152e-01
solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
-o の画像
Outdata-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

85.3666 (27, 31, 0)

146.065 (58, 33, 0)
101.654
5.9911

0.0748887
-f の画像
Outdata2-m1solventSTD-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00707058 (78, 44, 0)

8132.32 (0, 0, 0)
4.62714
143.824

1.7978
-log のデータ
iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01
iter          5 : rms    7.243526e-02 : min    8.473523e-02
iter          6 : rms    6.412249e-02 : min    7.243526e-02
iter          7 : rms    5.819677e-02 : min    6.412249e-02
iter          8 : rms    5.380184e-02 : min    5.819677e-02
iter          9 : rms    5.044070e-02 : min    5.380184e-02
MaxIter=5, solventSTD=2.0, solventMode=1で実行
-o の画像
Outdata-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

35.7164 (27, 31, 0)

94.8793 (58, 33, 0)
52.0534
5.94982

0.0743728
-f の画像
Outdata2-m1MaxIter-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00307367 (71, 39, 0)

4164.28 (0, 0, 0)
3.33262
73.8045

0.922556
-log のデータ
iter          0 : rms    1.424218e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    2.156973e-01 : min    1.424218e+00
iter          2 : rms    1.394271e-01 : min    2.156973e-01
iter          3 : rms    1.043566e-01 : min    1.394271e-01
iter          4 : rms    8.473523e-02 : min    1.043566e-01

m=16で実行

-o の画像
Outdata-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-90.5402 (36, 37, 0)

39.3153 (49, 51, 0)
-1.13944e-07
18.1267

0.226584
-f の画像
Outdata2-m16-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.17451e-06 (75, 37, 0)

378.143 (42, 0, 0)
3.33762
19.4523

0.243154

m=17で実行

-o の画像
Outdata-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-363.432 (24, 39, 0)

64206.9 (50, 53, 0)
12232.5
12224.9

152.812
-f の画像
Outdata2-m17-mrcImageMultiCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000769818 (62, 30, 0)

978599 (0, 0, 0)
2152.97
21751

271.888
-log のデータ
iter          0 : rms    2.228456e+00 : min    1.000000e+06
iter          1 : rms    1.072463e+00 : min    2.228456e+00
iter          2 : rms    8.595473e-01 : min    1.072463e+00
iter          3 : rms    7.822678e-01 : min    8.595473e-01
iter          4 : rms    7.485957e-01 : min    7.822678e-01
iter          5 : rms    7.339871e-01 : min    7.485957e-01
iter          6 : rms    7.188863e-01 : min    7.339871e-01
iter          7 : rms    7.127621e-01 : min    7.188863e-01
iter          8 : rms    7.096454e-01 : min    7.127621e-01
iter          9 : rms    7.069848e-01 : min    7.096454e-01

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