「pdbProteinIDSet」の版間の差分

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(ページの作成:「'''pdbProteinIDSet'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オ...」)
 
 
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'''pdbProteinIDSet'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''pdbProteinIDSet'''とは[[PDB]]ファイルの識別コードを変更する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
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<td>入力ファイル: [pdb]</td>  
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<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
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<td>出力ファイル: [pdb]</td>  
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<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===入力ファイルの画像===
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===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-pdbProteinIDSet.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
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<td><p align="left">-4.617250e-01  -2.186292e-01   -5.402542e+00<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>  
−
3.823869e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
−
35.07     22.99     20.84 <br></p>
+
24.77     23.85     28.04<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
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 +
<div>エディタで見た場合</div>
 +
<pre>
 +
-前略-
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 +
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06          N 
 +
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27          C 
 +
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41          C 
 +
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12          O 
 +
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94          C 
 +
ATOM      6  CG  MET A  1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41          C 
 +
ATOM      7  SD  MET A  1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82          S 
 +
ATOM      8  CE  MET A  1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68          C 
 +
ATOM      9  N  THR A  2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08          N 
 +
ATOM    10  CA  THR A  2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71          C 
 +
 +
-後略-
 +
</pre>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
−
====ID=Aで実行====
+
====ID=Bで実行====
−
<table>  
+
<div>エディタで見た場合</div>
−
<tr>
+
<pre>
−
<td>[[画像:Outdata-pdbProteinIDSet.png]]</td>  
+
-前略-
−
<td><p align="left">重心<br>  
+
 
−
最大半径<br>
+
ATOM      1  N  MET B  1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06  0      N 
−
最大半径(座標)<br> </p>
+
ATOM      2  CA  MET B  1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27   0      C 
−
</td>
+
ATOM      3  C  MET B  1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41   0      C 
−
<td><p align="left">-4.617250e-01   -2.186292e-01   -5.402542e+00<br>
+
ATOM      4  O  MET B  1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12  0      O 
−
3.823869e+01<br>
+
ATOM      5 CB  MET B  1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94  0      C 
−
35.07      22.99     20.84<br> </p>
+
ATOM      6  CG  MET B  1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41  0      C 
−
</td>
+
ATOM      7  SD  MET B  1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82  0      S 
−
</tr>
+
ATOM      8  CE  MET B  1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68  0      C 
−
</table>
+
ATOM     9  N  THR B  2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08  0      N 
 +
ATOM    10  CA  THR B  2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71  0      C 
  
−
<div>画像に変化はない</div>
+
-後略-
 +
</pre>

2014年8月8日 (金) 02:39時点における最新版

pdbProteinIDSetとはPDBファイルの識別コードを変更するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-ID 必須 Chain ID A
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


エディタで見た場合
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41           C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82           S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68           C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08           N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71           C  

-後略-

オプション必須項目のみの場合

ID=Bで実行

エディタで見た場合
-前略-

ATOM      1  N   MET B   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06   0       N  
ATOM      2  CA  MET B   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27   0       C  
ATOM      3  C   MET B   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41   0       C  
ATOM      4  O   MET B   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET B   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94   0       C  
ATOM      6  CG  MET B   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41   0       C  
ATOM      7  SD  MET B   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82   0       S  
ATOM      8  CE  MET B   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68   0       C  
ATOM      9  N   THR B   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08   0       N  
ATOM     10  CA  THR B   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71   0       C  

-後略-

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