「mrcImageModelCreate」の版間の差分

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(→‎-i を使用して実行)
 
(同じ利用者による、間の12版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル設定</td>  
+
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行155: 行155:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行333: 行333:
 
Min,Max,Mean : (        1,          2,      1.49)
 
Min,Max,Mean : (        1,          2,      1.49)
 
</pre>
 
</pre>
 +
  
 
===オプション　-lx, -ly, -lz===
 
===オプション　-lx, -ly, -lz===
行371: 行372:
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageModelCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
 
標準偏差<br>  
 
標準偏差<br>  
−
標準誤差<br></p>  
+
標準誤差<br>
 +
Length<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
行382: 行389:
 
2.52048e-05<br>  
 
2.52048e-05<br>  
 
0.00502037<br>  
 
0.00502037<br>  
−
7.2759e-06<br></p>  
+
7.2759e-06<br>
 +
(    5.000,      5.000,      5.000)<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
<pre>
+
=====-i を使用して実行=====
−
N            : (        69,        69,        100)
+
[[Media:Input-GaussSphere.mrc|-iの入力ファイル]]の画像
−
Mode        :           2  mrcFloatImage       
+
<table>  
−
StartN      : (         0,         0,         0)
+
<tr>
−
M            : (         1,         1,         1)
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-GaussSphere.png]]<br>
−
Length      : (    5.000,      5.000,      5.000)
+
xy平面<br></p>
−
A,B,G        : (    90.00,      90.00,      90.00)
+
</td>
−
C,R,S        : (         1,         2,         3)
+
<td><p align="Center">[[画像:Input1-GaussSphere.png]]<br>
−
Min,Max,Mean : (        0,         1,   2.52e-05)
+
yz平面<br></p>
−
</pre>
+
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
Length<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">7.97113e-11 (0, 0, 0)<br>
 +
8.32888 (3, 15, 8)<br>
 +
0.223545<br>
 +
0.859713<br>
 +
0.0130319<br>
 +
(    2.500,      2.500,      2.500)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
出力ファイル<br>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1i-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1i-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br>
 +
Length<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
8.32888 (64, 34, 0)<br>
 +
0.0220142<br>
 +
0.264693<br>
 +
0.000383612<br>
 +
(    5.000,     5.000,     5.000)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
入力ファイルのLengthは出力ファイルに反映されない点に注意。<br>
 +
<br>
  
 
=====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行=====  
 
=====lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行=====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-m1lxlylz-mrcImageModelCreate.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1lxlylz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1lxlylz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
 
平均値<br>  
 
平均値<br>  
 
標準偏差<br>  
 
標準偏差<br>  
−
標準誤差<br></p>  
+
標準誤差<br>
 +
Length<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
1 (4, 17, 0)<br>  
 
1 (4, 17, 0)<br>  
 +
2.52048e-05<br>
 +
0.00502037<br>
 +
7.2759e-06<br>
 +
(    2.500,      7.500,    10.000)<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====radius=100で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1radius-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1radius-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (24, 17, 0)<br>
 
2.52048e-05<br>  
 
2.52048e-05<br>  
 
0.00502037<br>  
 
0.00502037<br>  
行417: 行501:
 
</table>  
 
</table>  
  
−
<pre>
+
=====n=5で実行=====
−
N            : (       69,         69,       100)
+
<table>  
−
Mode        :           2  mrcFloatImage       
+
<tr>
−
StartN      : (         0,         0,         0)
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-n-mrcImageModelCreate.png]]<br>
−
M            : (        1,         1,         1)
+
xy平面<br></p>
−
Length      : (    2.500,      7.500,     10.000)
+
</td>
−
A,B,G        : (     90.00,     90.00,     90.00)
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-n-mrcImageModelCreate.png]]<br>
−
C,R,S        : (         1,         2,         3)
+
yz平面<br></p>
−
Min,Max,Mean : (         0,         1,   2.52e-05)
+
</td>
−
</pre>
+
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (43, 5, 0)<br>
 +
4.2008e-05<br>
 +
0.00648122<br>
 +
9.39307e-06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====dz=71で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1dz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1dz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (19, 8, 0)<br>
 +
5.04096e-05<br>
 +
0.00709979<br>
 +
1.02896e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====n=20, dz=7で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1ndz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1ndz-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (34, 4, 0)<br>
 +
0.00302457<br>
 +
0.0549129<br>
 +
7.95839e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====dphi=20, n=20, dz=7で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-dphi-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-dphi-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1.13578 (58, 16, 99)<br>
 +
0.00302647<br>
 +
0.0549494<br>
 +
7.96368e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====phi=5, n=20, dz=7で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1phi-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1phi-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1.39997 (64, 34, 99)<br>
 +
0.00303112<br>
 +
0.0550482<br>
 +
7.978e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
=====sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-m1szez-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m1szez-mrcImageModelCreate.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (34, 4, 20)<br>
 +
0.00121823<br>
 +
0.0348819<br>
 +
5.05535e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
  
 
====m=2で実行====  
 
====m=2で実行====  

2014年9月10日 (水) 01:12時点における最新版

mrcImageModelCreateとはモデル画像の作成を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 必須 出力ファイル設定: mrcImage NULL
-i 選択 入力ファイル設定: mrcImage NULL
-nx 選択 Real length = nx * lx 70
-ny 選択 Real length = ny * ly 70
-nz 選択 Real length = nz * lz 100
-r 選択 半径[pixel] 1
-lx 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-ly 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-lz 選択 ピクセルサイズ[Angstrom] 5.0
-radius 選択 filament radius [A] 150
-n 選択 n-helix 3
-dz 選択 pitch [A] 143
-dphi 選択 rotation angle [degree] 40
-phi 選択 rotation angle in the same level [degree] 120
-sz 選択 start z [A] 0
-ez 選択 end z [A] 500
-sphi 選択 start angle [degree] 0
-sphi2 選択 start angle 2 [degree] 40
-inMode 選択 inMode 0
-units 選択 units number 9
-fm 選択 formation 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 Circle(a right cylinder:3D) and Triangle(a trigonal prism:3D)
Optional argument : -nx -ny -nz -r
1 Thick Filaments
Example 
       Optional argument 
       -nx -ny -nz Image Size 
       -lx -ly -lz Pixel Size 
       -radius filament radius 150[A]
       -n  three helix 
       -dz  pitch 143[A] 
       -dphi rotation angle 40[degree]
       -phi rotation angle in the same level 120[degree]
       -sz  start z 0[A]
       -ez  end z 800[A]
       -sphi start phi 0[degree]
       -----------------------
       -inMode Centre = 0     
       -inMode Origin = 1     
       -----------------------
       -units 9 
       -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=9 and n=3)
       	0: normal 
       	1: 3 sphere on the same z
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
           2: 3 sphere on the differnt z  and on the differnt radius
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
       		Z  0 , 30 , 60 A         
       		Radius 0 ,1.2 ,1.4 times     
           3: 3 sphere on the same z and on the different radius
       		Phi 0 , 30 , 60 degree    
       		Z  0 ,  0 ,  0 A         
       		Radius 0 ,1.2 ,1.4 times     
       -----------------------
       -units 3 
       -fm formation of Gauss Sphere (t=1, u=3 and n=3)
       	0: abnormal
2 Dot(2D)
3 Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
Optional argument : -nx -ny
4 Another Projection of 2 Sphere and 2 circle for 2D
Optional argument : -nx -ny
5 Another Projection of 2 Sphere for 2D
Optional argument : -nx -ny
6 SheppLogan 2D
Optional argument : -nx -ny
7 SheppLogan 3D
Optional argument : -nx -ny -nz


実行例

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

 
N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)


オプション　-nx, -ny, -nz

nx=50, ny=100, nz=150で実行

Outdata-nx50ny100nz150-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (25, 50, 74)
0.745009
0.435877

0.000503308

 
N            : (        50,        100,        150)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.745)


オプション　-r

r=100で実行

Outdata-r100-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1 (0, 0, 0)

2 (0, 1, 0)
1.49286
0.499949

0.000714213

 
N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     5.000,      5.000,      5.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         1,          2,       1.49)


オプション　-lx, -ly, -lz

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

Outdata-lx2.5ly7.5lz10.0-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (34, 35, 50)
0.492871
0.499957

0.000714225

 
N            : (        70,         70,        100)
Mode         :           2  mrcFloatImage         
StartN       : (         0,          0,          0)
M            : (         1,          1,          1)
Length       : (     2.500,      7.500,     10.000)
A,B,G        : (     90.00,      90.00,      90.00)
C,R,S        : (         1,          2,          3)
Min,Max,Mean : (         0,          2,      0.493)


オプション　-m

m=1, nx=69, ny=69で実行

他のオプション設定なし

Outdata1-m1-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

Length

0 (0, 0, 0)

1 (19, 8, 0)
2.52048e-05
0.00502037
7.2759e-06

( 5.000, 5.000, 5.000)


-i を使用して実行

-iの入力ファイルの画像

Input-GaussSphere.png
xy平面

Input1-GaussSphere.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

Length

7.97113e-11 (0, 0, 0)

8.32888 (3, 15, 8)
0.223545
0.859713
0.0130319

( 2.500, 2.500, 2.500)

出力ファイル

Outdata-m1i-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata1-m1i-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

Length

0 (0, 0, 0)

8.32888 (64, 34, 0)
0.0220142
0.264693
0.000383612

( 5.000, 5.000, 5.000)

入力ファイルのLengthは出力ファイルに反映されない点に注意。

lx=2.5, ly=7.5, lz=10.0で実行

Outdata1-m1lxlylz-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1lxlylz-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

Length

0 (0, 0, 0)

1 (4, 17, 0)
2.52048e-05
0.00502037
7.2759e-06

( 2.500, 7.500, 10.000)
radius=100で実行

Outdata1-m1radius-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1radius-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (24, 17, 0)
2.52048e-05
0.00502037

7.2759e-06
n=5で実行

Outdata1-n-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-n-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (43, 5, 0)
4.2008e-05
0.00648122

9.39307e-06
dz=71で実行

Outdata1-m1dz-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1dz-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (19, 8, 0)
5.04096e-05
0.00709979

1.02896e-05
n=20, dz=7で実行

Outdata1-m1ndz-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1ndz-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (34, 4, 0)
0.00302457
0.0549129

7.95839e-05
dphi=20, n=20, dz=7で実行

Outdata1-dphi-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-dphi-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.13578 (58, 16, 99)
0.00302647
0.0549494

7.96368e-05
phi=5, n=20, dz=7で実行

Outdata1-m1phi-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1phi-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.39997 (64, 34, 99)
0.00303112
0.0550482

7.978e-05
sz=100, ez=300, n=20, dz=7で実行

Outdata1-m1szez-mrcImageModelCreate.png
xy平面

Outdata-m1szez-mrcImageModelCreate.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (34, 4, 20)
0.00121823
0.0348819

5.05535e-05

m=2で実行

Outdata-m2-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (17, 17, 0)
6.12245e-06
0.00247435

3.53479e-06

m=3で実行

Outdata-m3-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40 (42, 40, 0)
0.0537245
1.09497

0.00156424

m=4で実行

Outdata-m4-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

24 (33, 29, 0)
0.0311673
0.613804

0.000876863

m=5で実行

Outdata-m5-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

13 (34, 34, 0)
0.00767959
0.269966

0.000385666

m=6で実行

Outdata-m6-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (33, 3, 0)
0.00551465
0.0803476

0.000114782

m=7で実行

Outdata-m7-mrcImageModelCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

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