「mrcImageMontageCreate」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(→‎メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の5版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル: テキスト</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-nx</td>  
 
<td>-nx</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Nx</td>  
+
<td>並べるROIファイルの数 x</td>  
 
<td>10</td>  
 
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-ny</td>  
 
<td>-ny</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Ny</td>  
+
<td>並べるROIファイルの数 y</td>  
 
<td>10</td>  
 
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-W</td>  
 
<td>-W</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>幅</td>  
+
<td>ROIファイル毎の幅</td>  
 
<td>10</td>  
 
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-H</td>  
 
<td>-H</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>高さ</td>  
+
<td>ROIファイル毎の高さ</td>  
 
<td>10</td>  
 
<td>10</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-V</td>  
 
<td>-V</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>値</td>  
+
<td>画像に加算する値</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行86: 行86:
 
<td>-Max</td>  
 
<td>-Max</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>最大値: If the pixel value is more than this max, the pixel value is assigned to the Value indicated by -V or -VMax.</td>  
+
<td>画像の最大値: 最大値以上の場合(-Vを加算した後で判定する)は -VMaxの値に補正される</td>  
 
<td>16383</td>  
 
<td>16383</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行92: 行92:
 
<td>-VMax</td>  
 
<td>-VMax</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>related to -Max </td>  
+
<td>-Maxの条件を満たした場合に補正される値</td>  
 
<td>16383</td>  
 
<td>16383</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行113: 行113:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行134: 行134:
 
hf000n.roi
 
hf000n.roi
 
</pre>
 
</pre>
−
 
−
===出力ファイルのシーケンス===
 
−
from bottom left
 
  
  
行164: 行161:
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td>[[画像:inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
<tr>
 
<tr>
−
<td>[[画像:inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
−
<td>[[画像:inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
+
<td>[[画像:Inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png]]</td>
 
</tr>
 
</tr>
 
</table>
 
</table>
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行200: 行198:
 
113.153<br>  
 
113.153<br>  
 
1.20485<br></p>  
 
1.20485<br></p>  
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-nx, -ny===
 +
====nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-nxny-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-133.274 (63, 63, 0)<br>
 +
176.036 (48, 21, 0)<br>
 +
17.4778<br>
 +
126.268<br>
 +
1.50319<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-W, -H===
 +
====W=10, H=42, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-WH-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-133.274 (33, 130, 0)<br>
 +
176.036 (20, 50, 0)<br>
 +
13.3644<br>
 +
92.0112<br>
 +
1.15014<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-V===
 +
====V=-16, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-V-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-149.274 (63, 63, 0)<br>
 +
160.036 (48, 21, 0)<br>
 +
1.47782<br>
 +
126.268<br>
 +
1.50319<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-PM===
 +
====PM=0, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-PM-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-168.927 (63, 0, 0)<br>
 +
160.828 (48, 21, 0)<br>
 +
-1.21858e-06<br>
 +
124.739<br>
 +
1.48499<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-NoAverage===
 +
====NoAverage, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-NoAverage-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-143.846 (66, 21, 0)<br>
 +
174.773 (68, 1, 0)<br>
 +
17.4778<br>
 +
131.393<br>
 +
1.5642<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-Max===
 +
====Max=150, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Max-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-133.274 (63, 63, 0)<br>
 +
148.857 (26, 21, 0)<br>
 +
4.4666<br>
 +
118.645<br>
 +
1.41244<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-VMax===
 +
====VMax=150, Max=150, nx=4, ny=4で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-VMax-mrcImageMontageCreate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-133.274 (63, 63, 0)<br>
 +
150 (47, 21, 0)<br>
 +
16.2863<br>
 +
124.917<br>
 +
1.48711<br></p>
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2014年7月28日 (月) 01:28時点における最新版

mrcImageMontageCreateとは複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）Eosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: ASCII NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-nx 選択 並べるROIファイルの数 x 10
-ny 選択 並べるROIファイルの数 y 10
-W 選択 ROIファイル毎の幅 10
-H 選択 ROIファイル毎の高さ 10
-AW 選択 AverageWindow for Pad 2000
-V 選択 画像に加算する値 0.0
-PM 選択 PadMode 3
-EdgeAverage 選択
-EdgeAverageWindow 選択 Definition of Edge 4
-NoAverage 選択
-Max 選択 画像の最大値: 最大値以上の場合(-Vを加算した後で判定する)は -VMaxの値に補正される 16383
-VMax 選択 -Maxの条件を満たした場合に補正される値 16383
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力ファイルのフォーマット

hf0000.roi
hf0001.roi
..........
hf000n.roi


実行例

入力ファイルのデータ

/Eos/inputnoise-0000.roi
/Eos/inputnoise-0001.roi
/Eos/inputnoise-0002.roi
/Eos/inputnoise-0003.roi
/Eos/inputnoise-0004.roi
/Eos/inputnoise-0005.roi
/Eos/inputnoise-0006.roi
/Eos/inputnoise-0007.roi
/Eos/inputnoise-0008.roi
/Eos/inputnoise-0009.roi
/Eos/inputnoise-0010.roi
/Eos/inputnoise-0011.roi
/Eos/inputnoise-0012.roi
/Eos/inputnoise-0013.roi
/Eos/inputnoise-0014.roi
/Eos/inputnoise-0015.roi
使用するROIファイル(左上 → 右上: 0000 - 0008、左下 → 右下: 0008 - 0015)
Inputnoise-0000.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0001.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0002.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0003.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0004.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0005.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0006.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0007.roi-mrcImageROIs.png
Inputnoise-0008.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0009.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0010.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0011.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0012.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0013.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0014.roi-mrcImageROIs.png Inputnoise-0015.roi-mrcImageROIs.png


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-133.274 (105, 21, 0)

176.036 (132, 0, 0)
13.9823
113.153

1.20485


オプション　-nx, -ny

nx=4, ny=4で実行

Outdata-nxny-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-133.274 (63, 63, 0)

176.036 (48, 21, 0)
17.4778
126.268

1.50319


オプション　-W, -H

W=10, H=42, nx=4, ny=4で実行

Outdata-WH-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-133.274 (33, 130, 0)

176.036 (20, 50, 0)
13.3644
92.0112

1.15014


オプション　-V

V=-16, nx=4, ny=4で実行

Outdata-V-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-149.274 (63, 63, 0)

160.036 (48, 21, 0)
1.47782
126.268

1.50319


オプション　-PM

PM=0, nx=4, ny=4で実行

Outdata-PM-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-168.927 (63, 0, 0)

160.828 (48, 21, 0)
-1.21858e-06
124.739

1.48499


オプション　-NoAverage

NoAverage, nx=4, ny=4で実行

Outdata-NoAverage-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-143.846 (66, 21, 0)

174.773 (68, 1, 0)
17.4778
131.393

1.5642


オプション　-Max

Max=150, nx=4, ny=4で実行

Outdata-Max-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-133.274 (63, 63, 0)

148.857 (26, 21, 0)
4.4666
118.645

1.41244


オプション　-VMax

VMax=150, Max=150, nx=4, ny=4で実行

Outdata-VMax-mrcImageMontageCreate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-133.274 (63, 63, 0)

150 (47, 21, 0)
16.2863
124.917

1.48711

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageMontageCreate&oldid=10293」から取得