「mrcImageVarianceMap」の版間の差分

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'''mrcImageVarianceMap'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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'''mrcImageVarianceMap'''とは複数の[[mrcImage]](2D)から分散マップを作成する[[Eos]]の[[コマンド]]である。
  
  
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<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
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<td>入力リスト</td>  
+
<td>入力リスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
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<td>参照: 入力リスト</td>  
+
<td>参照リスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: 分散確率</td>  
+
<td>出力: 分散率</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
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<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
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</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
 +
 +
===-i, -rのフォーマット===
 +
<pre>
 +
mrcファイル1
 +
mrcファイル2
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
  
 
===分散マップ===
 
===分散マップ===
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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-30.mrc
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-40.mrc
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-50.mrc
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-N-30.mrc | Input-ThickFilaments0-N-30.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-N-30.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.242386 (63, 38, 0)<br>
 +
1.18538 (46, 26, 0)<br>
 +
0.00402522<br>
 +
0.0987806<br>
 +
0.0014316<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-N-40.mrc | Input-ThickFilaments0-N-40.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-N-40.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.284772 (20, 5, 0)<br>
 +
1.39313 (24, 45, 0)<br>
 +
0.00654313<br>
 +
0.117719<br>
 +
0.00170608<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-N-50.mrc | Input-ThickFilaments0-N-50.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-N-50.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.244921 (31, 53, 0)<br>
 +
1.10864 (41, 21, 0)<br>
 +
0.00225865<br>
 +
0.096511<br>
 +
0.00139871<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===参照ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-30.mrc
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-40.mrc
 +
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-50.mrc
 +
 +
</pre>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-30.mrc | Input-ThickFilaments0-30.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-30.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1.04379 (42, 46, 0)<br>
 +
0.00425073<br>
 +
0.0654553<br>
 +
0.000948628<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-40.mrc | Input-ThickFilaments0-40.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-40.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1.34347 (44, 23, 0)<br>
 +
0.00812336<br>
 +
0.0935823<br>
 +
0.00135626<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-ThickFilaments0-50.mrc | Input-ThickFilaments0-50.mrc]]の画像 </div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-ThickFilaments0-50.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
1 (32, 19, 0)<br>
 +
0.0042008<br>
 +
0.0646773<br>
 +
0.000937352<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageVarianceMap.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-68.5414 (35, 18, 0)<br>
 +
99.9999 (8, 46, 0)<br>
 +
-26.8277<br>
 +
60.764<br>
 +
0.880638<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-Nor===
 +
====Nor=(1, 3)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Nor-mrcImageVarianceMap.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-57.2844 (21, 42, 0)<br>
 +
100 (67, 30, 0)<br>
 +
96.1833<br>
 +
11.7327<br>
 +
0.170039<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
===オプション　-NorR===
 +
====NorR=(1, 1)で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-NorR-mrcImageVarianceMap.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">50.3586 (23, 24, 0)<br>
 +
100 (1, 0, 0)<br>
 +
99.3951<br>
 +
4.68716<br>
 +
0.0679299<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2014年8月4日 (月) 06:20時点における最新版

mrcImageVarianceMapとは複数のmrcImage(2D)から分散マップを作成するEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力リスト: ASCII NULL
-I 選択 入力 (In2 In2Var In2N)) NULL NULL 0
-Nor 選択 入力: A + B*x: NormalizingParameter (NorA NorB) 0.0 1.0
-r 選択 参照リスト: ASCII NULL
-R 選択 参照: 入力 (Ref2 Ref2Var Ref2N ) NULL NULL 0
-NorR 選択 入力: A + B*x: NormalizingParameter for Ref (RNorARef RNorBRef) 0.0 1.0
-IR 選択 入力参照: (InAndRef2 InAndRef2Var InAndRef2N) NULL NULL 0
-o 選択 出力: 分散率 NULL
-v 選択 出力: 分散マップ NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0


-i, -rのフォーマット

mrcファイル1
mrcファイル2
.
.


分散マップ

   VarianceMap := VarinceOfAll/((VarianceOfDataSet1*n1+VarianceOfDataSet2*n2)/n1+n2)
                  VarinceOfAll:      variance of all data from Set1 and Set2
                  VarinceOfDataSet1: variance of all data from Set1 
                  VarinceOfDataSet2: variance of all data from Set2 
                  
   
   Kai-distribution: Kai^2 = SumOf (Xi - AvgOfXi)^2/sigma^2  
                           = s^2*(n-1)/sigma^2  : degree of freedom n-1 
                             when variables Xi are due to N(u, sigma^2)
   Kai-distribution: Kai^2 = Kai1^2 + Kai2^2 : degree of freedom m1 + m2
   F-distribution: F = (Kai1^2/k1)/(Kai2^2/k2)           : degree of freedom : (k1, k2)
                       (s1^2/sigma1^2)/(s2^2/sigma2^2)   : degree of freedom : (k1-1, k2-1)
   If sigma1 == sigma2, then                    
                       s1^2/s2^2  (Variance Ratio)       : degree of freedom : (k1-1, k2-1)


実行例

入力ファイルのデータ

/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-30.mrc
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-40.mrc
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-N-50.mrc
Input-ThickFilaments0-N-30.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.242386 (63, 38, 0)

1.18538 (46, 26, 0)
0.00402522
0.0987806

0.0014316
Input-ThickFilaments0-N-40.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.284772 (20, 5, 0)

1.39313 (24, 45, 0)
0.00654313
0.117719

0.00170608
Input-ThickFilaments0-N-50.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.244921 (31, 53, 0)

1.10864 (41, 21, 0)
0.00225865
0.096511

0.00139871


参照ファイルのデータ

/Eos/img/Input-ThickFilaments0-30.mrc
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-40.mrc
/Eos/img/Input-ThickFilaments0-50.mrc
Input-ThickFilaments0-30.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.04379 (42, 46, 0)
0.00425073
0.0654553

0.000948628
Input-ThickFilaments0-40.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1.34347 (44, 23, 0)
0.00812336
0.0935823

0.00135626
Input-ThickFilaments0-50.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

1 (32, 19, 0)
0.0042008
0.0646773

0.000937352


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageVarianceMap.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-68.5414 (35, 18, 0)

99.9999 (8, 46, 0)
-26.8277
60.764

0.880638


オプション　-Nor

Nor=(1, 3)で実行

Outdata-Nor-mrcImageVarianceMap.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-57.2844 (21, 42, 0)

100 (67, 30, 0)
96.1833
11.7327

0.170039


オプション　-NorR

NorR=(1, 1)で実行

Outdata-NorR-mrcImageVarianceMap.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

50.3586 (23, 24, 0)

100 (1, 0, 0)
99.3951
4.68716

0.0679299

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