「mrcImageSimilarityEstimate」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の6版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-oCor</td>  
 
<td>-oCor</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-ref</td>  
 
<td>-ref</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>InputDataFiles</td>  
+
<td>参照ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-cor</td>  
+
<td>-corfilename</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InputDataFiles</td>  
+
<td>相関ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-ctfinfo</td>  
 
<td>-ctfinfo</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InputDataFile</td>  
+
<td>CTF情報: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行72:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-o, -ctfinfo は入力が必要</div>
 +
<div>-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行84: 行87:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===-cormode の詳細===
 
===-cormode の詳細===
行112: 行116:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
−
<div>ctfmode:1 (Phase and Amplitude)<br>
+
===-ref のフォーマット===
−
ctfinf format:defocus Cs kV AoverP</div>
+
<pre>
 +
2Dファイル1
 +
2Dファイル2
 +
.
 +
.
  
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===-ctfinfoのフォーマット===
 +
<pre>
 +
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-1VOM-N-Rot3-2D-FFT.png]]<br>
 +
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">57.2237 (78, 32, 0)<br>
 +
520564 (0, 0, 0)<br>
 +
4898.64<br>
 +
12077.5<br>
 +
150.969<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===参照ファイルのデータ===
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot2-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot3-2D.mrc
 +
Input-1VOM-Rot4-2D.mrc
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D.mrc|Input-1VOM-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
49749.7 (27, 28, 0)<br>
 +
7212.9<br>
 +
8827.15<br>
 +
110.339<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot-2D.mrc|Input-1VOM-Rot-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-609.552 (68, 18, 0)<br>
 +
43476 (45, 47, 0)<br>
 +
6507.15<br>
 +
7376.01<br>
 +
92.2001<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot1-2D.mrc|Input-1VOM-Rot1-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot1-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2.31309e-06 (29, 7, 0)<br>
 +
49749.2 (52, 51, 0)<br>
 +
6572.32<br>
 +
8769.91<br>
 +
109.624<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot2-2D.mrc|Input-1VOM-Rot2-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot2-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
49749.2 (28, 52, 0)<br>
 +
6572.32<br>
 +
8769.91<br>
 +
109.624<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot3-2D.mrc|Input-1VOM-Rot3-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot3-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.70846e-06 (56, 57, 0)<br>
 +
40287.6 (43, 43, 0)<br>
 +
6509.38<br>
 +
8494.21<br>
 +
106.178<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot4-2D.mrc|Input-1VOM-Rot4-2D.mrc]]の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Input-1VOM-Rot4-2D.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
40287.6 (43, 36, 0)<br>
 +
6509.38<br>
 +
8494.21<br>
 +
106.178<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-ctfinfo===
 +
<div>以下のデータで実行</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max 594983936.000000 (      31.000000      39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max: 594983936.000000 (      31.000000,      39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max: 416067136.000000 (      19.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max: 693353536.000000 (      52.000000,      44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max: 701726912.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max: 730086528.000000 (      28.000000,      29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max: 844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 0 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oのデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber:        5.000000 max: 844069504.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>以降は-ctfinfo を設定して実行</div>
 +
 +
===オプション　-oCor===
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br>
 +
8.4407e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.16823e+08<br>
 +
6.46029e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>参照ファイルの最後との相関を行う。</div>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-corfilename===
 +
<div>以下のデータで実行</div>
 +
<pre>
 +
Cor.mrc
 +
Cor-Rot.mrc
 +
Cor-Rot1.mrc
 +
Cor-Rot2.mrc
 +
Cor-Rot3.mrc
 +
Cor-Rot4.mrc
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.78706e+09 (1, 0, 0)<br>
 +
5.94984e+08 (31, 39, 0)<br>
 +
-3.75478e+08<br>
 +
5.55949e+08<br>
 +
6.94936e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.96178e+09 (0, 0, 0)<br>
 +
4.16067e+08 (19, 26, 0)<br>
 +
-3.38739e+08<br>
 +
5.38895e+08<br>
 +
6.73619e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot1.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.84834e+09 (2, 2, 0)<br>
 +
6.93354e+08 (52, 44, 0)<br>
 +
-3.42132e+08<br>
 +
5.72357e+08<br>
 +
7.15446e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot2.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.78266e+09 (6, 3, 0)<br>
 +
7.01727e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.42132e+08<br>
 +
6.59549e+08<br>
 +
8.24436e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot3.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.83911e+09 (78, 77, 0)<br>
 +
7.30087e+08 (28, 29, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.96151e+08<br>
 +
7.45189e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
<div>Cor-Rot4.mrcの画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.41115e+09 (3, 78, 0)<br>
 +
8.4407e+08 (33, 41, 0)<br>
 +
-3.38855e+08<br>
 +
5.16823e+08<br>
 +
6.46029e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<div>最後の画像は-oCor と同じになる</div>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-cormode===
 +
====cormode=1で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 1 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max        3.320063 (      60.000000      55.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:        3.320063 (      60.000000,      55.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:        3.700860 (      75.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:        3.524074 (      10.000000,      58.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:        4.016609 (      36.000000,      74.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:        3.594912 (      71.000000,      37.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:        4.224592 (      63.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:      4.224592 (      63.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 1 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.71458 (8, 56, 0)<br>
 +
4.22459 (63, 41, 0)<br>
 +
-0.0125<br>
 +
0.999922<br>
 +
0.012499<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=2で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 2 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max    14465.583984 (      32.000000      32.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:    14465.583984 (      32.000000,      32.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:    13782.997070 (      34.000000,      34.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:    14514.052734 (      49.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:    17554.871094 (      38.000000,      27.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:    18164.224609 (      31.000000,      28.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:    16113.549805 (      32.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      4.000000 max:  18164.224609 (      31.000000,      28.000000,        0.000000) correlation mode 2 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m２-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-20418.3 (76, 79, 0)<br>
 +
18164.2 (31, 28, 0)<br>
 +
-2058.08<br>
 +
5706.55<br>
 +
71.3319<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=3で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 3 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max        0.019808 (      31.000000      39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:        0.019808 (      31.000000,      39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:        0.015354 (      19.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:        0.025332 (      52.000000,      44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:        0.025638 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:        0.026932 (      28.000000,      29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:        0.031137 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:      0.031137 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 3 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.052056 (3, 78, 0)<br>
 +
0.0311368 (33, 41, 0)<br>
 +
-0.0125<br>
 +
0.0190651<br>
 +
0.000238313<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=16で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 16 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max 970461568.000000 (      31.000000      39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max: 970461568.000000 (      31.000000,      39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max: 754806144.000000 (      19.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max: 1035485184.000000 (      52.000000,      44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max: 1043858560.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max: 1068941312.000000 (      28.000000,      29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max: 1182924416.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:1182924416.000000 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 16 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m16-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-1.0723e+09 (3, 78, 0)<br>
 +
1.18292e+09 (33, 41, 0)<br>
 +
-1.14038<br>
 +
5.16823e+08<br>
 +
6.46029e+06<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=17で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 17 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max        3.332563 (      60.000000      55.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:        3.332563 (      60.000000,      55.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:        3.713360 (      75.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:        3.536574 (      10.000000,      58.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:        4.029109 (      36.000000,      74.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:        3.607412 (      71.000000,      37.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:        4.237092 (      63.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:      4.237092 (      63.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 17 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m17-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-3.70208 (8, 56, 0)<br>
 +
4.23709 (63, 41, 0)<br>
 +
-2.11159e-10<br>
 +
0.999922<br>
 +
0.012499<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=18で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 18 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max    16632.027344 (      32.000000      32.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:    16632.027344 (      32.000000,      32.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:    15840.724609 (      34.000000,      34.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:    16582.058594 (      49.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:    19622.876953 (      38.000000,      27.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:    20222.302734 (      31.000000,      28.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:    18171.628906 (      32.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      4.000000 max:  20222.302734 (      31.000000,      28.000000,        0.000000) correlation mode 18 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m18-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-18360.3 (76, 79, 0)<br>
 +
20222.3 (31, 28, 0)<br>
 +
2.73261e-06<br>
 +
5706.55<br>
 +
71.3319<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====cormode=19で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main
 +
Image Number 6 in main
 +
correlation mode: 19 in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber        0.000000, max        0.032308 (      31.000000      39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 0, max:        0.032308 (      31.000000,      39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 1, max:        0.027854 (      19.000000,      26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 2, max:        0.037832 (      52.000000,      44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 3, max:        0.038138 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 4, max:        0.039432 (      28.000000,      29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
i: 5, max:        0.043637 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
 +
maxNumber:      5.000000 max:      0.043637 (      33.000000,      41.000000,        0.000000) correlation mode 19 in main
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oCor の画像</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m19-mrcImageSimilarityEstimate.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-0.039556 (3, 78, 0)<br>
 +
0.0436368 (33, 41, 0)<br>
 +
2.04503e-11<br>
 +
0.0190651<br>
 +
0.000238313<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月7日 (金) 02:04時点における最新版

mrcImageSimilarityEstimateとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-oCor 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-ref 必須 参照ファイルリスト: ASCII stdin
-corfilename 選択 相関ファイルリスト: ASCII stdin
-cormode 選択 cormode 0
-ctfinfo 選択 CTF情報: ASCII NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-o, -ctfinfo は入力が必要
-corfilename は-ref と同じファイル数にする必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


-cormode の詳細

モード 説明
0 Normal Correlation FxG*
1 Phase Correlation FxG*/ |FxG*|
2 Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)
3 Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)
16 (0, 0)=0


-ref のフォーマット

2Dファイル1
2Dファイル2
.
.


-ctfinfoのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-Rot3-2D-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

57.2237 (78, 32, 0)

520564 (0, 0, 0)
4898.64
12077.5

150.969


参照ファイルのデータ

Input-1VOM-2D.mrc
Input-1VOM-Rot-2D.mrc
Input-1VOM-Rot1-2D.mrc
Input-1VOM-Rot2-2D.mrc
Input-1VOM-Rot3-2D.mrc
Input-1VOM-Rot4-2D.mrc


Input-1VOM-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.7 (27, 28, 0)
7212.9
8827.15

110.339


Input-1VOM-Rot-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-609.552 (68, 18, 0)

43476 (45, 47, 0)
6507.15
7376.01

92.2001


Input-1VOM-Rot1-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.31309e-06 (29, 7, 0)

49749.2 (52, 51, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot2-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

49749.2 (28, 52, 0)
6572.32
8769.91

109.624


Input-1VOM-Rot3-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.70846e-06 (56, 57, 0)

40287.6 (43, 43, 0)
6509.38
8494.21

106.178


Input-1VOM-Rot4-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

40287.6 (43, 36, 0)
6509.38
8494.21

106.178


オプション　-ctfinfo

以下のデータで実行
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 0 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max 594983936.000000 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max: 594983936.000000 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max: 416067136.000000 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max: 693353536.000000 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max: 701726912.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max: 730086528.000000 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0 in main


-oのデータ
Input-1VOM-N-Rot3-2D.fft maxNumber:        5.000000 max: 844069504.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 0


以降は-ctfinfo を設定して実行

オプション　-oCor

-oCor の画像
Outdata-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06
参照ファイルの最後との相関を行う。


オプション　-corfilename

以下のデータで実行
Cor.mrc
Cor-Rot.mrc
Cor-Rot1.mrc
Cor-Rot2.mrc
Cor-Rot3.mrc
Cor-Rot4.mrc


Cor.mrcの画像
Outdata1-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78706e+09 (1, 0, 0)

5.94984e+08 (31, 39, 0)
-3.75478e+08
5.55949e+08

6.94936e+06


Cor-Rot.mrcの画像
Outdata2-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.96178e+09 (0, 0, 0)

4.16067e+08 (19, 26, 0)
-3.38739e+08
5.38895e+08

6.73619e+06


Cor-Rot1.mrcの画像
Outdata3-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.84834e+09 (2, 2, 0)

6.93354e+08 (52, 44, 0)
-3.42132e+08
5.72357e+08

7.15446e+06


Cor-Rot2.mrcの画像
Outdata4-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.78266e+09 (6, 3, 0)

7.01727e+08 (33, 41, 0)
-3.42132e+08
6.59549e+08

8.24436e+06


Cor-Rot3.mrcの画像
Outdata5-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.83911e+09 (78, 77, 0)

7.30087e+08 (28, 29, 0)
-3.38855e+08
5.96151e+08

7.45189e+06


Cor-Rot4.mrcの画像
Outdata6-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.41115e+09 (3, 78, 0)

8.4407e+08 (33, 41, 0)
-3.38855e+08
5.16823e+08

6.46029e+06
最後の画像は-oCor と同じになる


オプション　-cormode

cormode=1で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 1 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max        3.320063 (      60.000000       55.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:        3.320063 (      60.000000,       55.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:        3.700860 (      75.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:        3.524074 (      10.000000,       58.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:        4.016609 (      36.000000,       74.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:        3.594912 (      71.000000,       37.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:        4.224592 (      63.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:       4.224592 (      63.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 1 in main


-oCor の画像
Outdata-m1-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3.71458 (8, 56, 0)

4.22459 (63, 41, 0)
-0.0125
0.999922

0.012499


cormode=2で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 2 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max    14465.583984 (      32.000000       32.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:    14465.583984 (      32.000000,       32.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:    13782.997070 (      34.000000,       34.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:    14514.052734 (      49.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:    17554.871094 (      38.000000,       27.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:    18164.224609 (      31.000000,       28.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:    16113.549805 (      32.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       4.000000 max:   18164.224609 (      31.000000,       28.000000,        0.000000) correlation mode 2 in main


-oCor の画像
Outdata-m２-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-20418.3 (76, 79, 0)

18164.2 (31, 28, 0)
-2058.08
5706.55

71.3319


cormode=3で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 3 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max        0.019808 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:        0.019808 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:        0.015354 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:        0.025332 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:        0.025638 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:        0.026932 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:        0.031137 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:       0.031137 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 3 in main


-oCor の画像
Outdata-m3-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.052056 (3, 78, 0)

0.0311368 (33, 41, 0)
-0.0125
0.0190651

0.000238313


cormode=16で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 16 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max 970461568.000000 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max: 970461568.000000 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max: 754806144.000000 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max: 1035485184.000000 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max: 1043858560.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max: 1068941312.000000 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max: 1182924416.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:1182924416.000000 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 16 in main


-oCor の画像
Outdata-m16-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.0723e+09 (3, 78, 0)

1.18292e+09 (33, 41, 0)
-1.14038
5.16823e+08

6.46029e+06


cormode=17で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 17 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max        3.332563 (      60.000000       55.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:        3.332563 (      60.000000,       55.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:        3.713360 (      75.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:        3.536574 (      10.000000,       58.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:        4.029109 (      36.000000,       74.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:        3.607412 (      71.000000,       37.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:        4.237092 (      63.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:       4.237092 (      63.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 17 in main


-oCor の画像
Outdata-m17-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-3.70208 (8, 56, 0)

4.23709 (63, 41, 0)
-2.11159e-10
0.999922

0.012499


cormode=18で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 18 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max    16632.027344 (      32.000000       32.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:    16632.027344 (      32.000000,       32.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:    15840.724609 (      34.000000,       34.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:    16582.058594 (      49.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:    19622.876953 (      38.000000,       27.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:    20222.302734 (      31.000000,       28.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:    18171.628906 (      32.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       4.000000 max:   20222.302734 (      31.000000,       28.000000,        0.000000) correlation mode 18 in main


-oCor の画像
Outdata-m18-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18360.3 (76, 79, 0)

20222.3 (31, 28, 0)
2.73261e-06
5706.55

71.3319


cormode=19で実行

出力結果
Cs        2.100000, defocus    27000.000000, kV      200.000000, mode 1, AoverP        0.100000, Ain        0.000000 in main 
Image Number 6 in main
correlation mode: 19 in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber        0.000000, max        0.032308 (      31.000000       39.000000        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 0, max:        0.032308 (      31.000000,       39.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 1, max:        0.027854 (      19.000000,       26.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 2, max:        0.037832 (      52.000000,       44.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 3, max:        0.038138 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 4, max:        0.039432 (      28.000000,       29.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
i: 5, max:        0.043637 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) in lmrcImageSimilarityEstimate
maxNumber:       5.000000 max:       0.043637 (      33.000000,       41.000000,        0.000000) correlation mode 19 in main


-oCor の画像
Outdata-m19-mrcImageSimilarityEstimate.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.039556 (3, 78, 0)

0.0436368 (33, 41, 0)
2.04503e-11
0.0190651

0.000238313



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