「pdbTwoProteinFit」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の5版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-ires</td>  
 
<td>-ires</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>入力ファイル: [ResidueInformation]</td>  
+
<td>入力ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-isel</td>  
 
<td>-isel</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>  
+
<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル</td>  
+
<td>参照ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-rres</td>  
 
<td>-rres</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>参照ファイル: [ResidueInformation]</td>  
+
<td>参照ファイル: [[ASCII]](ResidueInformation)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-rsel</td>  
 
<td>-rsel</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output: Selected residue of in after fitting</td>  
+
<td>出力: Selected residue of in after fitting</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-oMatrix</td>  
 
<td>-oMatrix</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Matrix</td>  
+
<td>出力: Matrix: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行62: 行62:
 
<td>-oParam</td>  
 
<td>-oParam</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Param</td>  
+
<td>出力: Param: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行68: 行68:
 
<td>-oDis</td>  
 
<td>-oDis</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: PDB Distance as Temp</td>  
+
<td>出力: PDB Distance as Temp: [[PDB]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行74:
 
<td>-oDis2</td>  
 
<td>-oDis2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力: Distance List for Ca</td>  
+
<td>出力: Distance List for Ca: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行118: 行118:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P-T2.pdb.zip|入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-121P-PDB1.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01   -1.189075e+01<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01   1.189075e+01<br>  
−
3.286664e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
 
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 
</td>  
 
</td>  
行134: 行134:
 
<br>
 
<br>
  
−
===参照ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-121P.pdb.zip|参照ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-121P-PDB2.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-121P-PDB.png]]</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01   1.189075e+01<br>  
+
<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01   -1.189075e+01<br>  
−
3.286664e+01 <br>  
+
3.286664e+01 <br>  
 
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 
</td>  
 
</td>  
行151: 行151:
  
 
===オプション　-ires, -rres===
 
===オプション　-ires, -rres===
 +
<div>-ires, -rrseを以下のデータで実行</div>
 
<div>-ires のデータ</div>
 
<div>-ires のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
行161: 行162:
  
 
</pre>
 
</pre>
−
<br>
 
  
 
<div>-rres のデータ</div>
 
<div>-rres のデータ</div>
行175: 行175:
 
<br>
 
<br>
  
−
<div>-o のデータ</div>
+
<div>-o のデータ(白は入力ファイル)</div>
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-pdbTwoProteinFit.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-pdbTwoProteinFit.png]]<br>
 +
参照ファイルと同じ角度<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata1-pdbTwoProteinFit.png]]<br>
 +
別角度<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
<td><p align="left">重心<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径<br>  
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
最大半径(座標)<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">5.096988e-01    1.932036e+01   -1.189075e+01<br>  
+
<td><p align="left">5.097651e-01    1.932045e+01   1.188975e+01<br>  
−
3.286714e+01 <br>  
+
3.286711e+01 <br>  
 
23.93      24.14      28.04<br> </p>
 
23.93      24.14      28.04<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
行193: 行198:
 
<div>-oMatrix のデータ</div>
 
<div>-oMatrix のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
       0.058144       -0.998308        0.000001  
+
       0.058145       -0.998308        0.000001  
−
       -0.998308      -0.058144        0.000001  
+
       -0.998308      -0.058145      -0.000001  
−
      -0.000001      -0.000001      -1.000000  
+
      0.000001      -0.000001      -1.000000  
−
       25.311028       26.828104        0.000313
+
       25.311117       26.828215      -0.000868
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
行204: 行209:
 
RMSBefore: 26.607964
 
RMSBefore: 26.607964
 
RMSSelectedBefore: 9.794701
 
RMSSelectedBefore: 9.794701
−
RMSSelectedAfter: 1.277620
+
RMSSelectedAfter: 1.277625
−
RMSAfter: 17.793694
+
RMSAfter: 17.793636
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
  
 
<div>-oDis のデータ</div>
 
<div>-oDis のデータ</div>
−
<pre>
+
<table>  
−
ATOM      1  N  MET A  1      -7.176  32.630  6.655  1.00  0.74  0      N 
+
<tr>
−
ATOM      2  CA  MET A  1      -5.913  31.928  6.676  1.00  1.45  0      C 
+
<td>[[画像:Outdata2-pdbTwoProteinFit.png]]</td>
−
ATOM      3  C  MET A  1      -5.903  30.860  5.600  1.00  0.09  0      C 
+
<td><p align="left">重心<br>
−
ATOM      4  O  MET A  1      -6.703  30.881  4.654  1.00  1.16  0      O 
+
最大半径<br>
−
ATOM      5  CB  MET A  1      -4.712  32.869  6.415  1.00 4.47  0      C 
+
最大半径(座標)<br> </p>
−
ATOM      6  CG  MET A  1     -4.594  33.420  4.990  1.00  5.43  0      C 
+
</td>
−
ATOM      7  SD  MET A  1      -3.193  34.558  4.899  1.00  9.01   0      S 
+
<td><p align="left">6.053012e+00   2.519590e+01    1.189075e+01<br>
−
ATOM      8  CE  MET A  1      -4.325  35.886  4.618  1.00  9.39  0      C 
+
3.286664e+01 <br>
−
ATOM     9  N  THR A  2      -4.966  29.934  5.760  1.00  0.15  0      N 
+
24.77     23.85      28.04 <br></p>
−
 
+
</td>
−
-中略-
+
</tr>
−
 
+
</table>  
−
HETATM 1542  O  HOH A 354      8.176  8.679 -23.903  1.00 13.04   0      O 
+
−
HETATM 1543  O  HOH A 355      12.189  6.560 -22.474  1.00 10.61  0      O 
+
−
HETATM 1544  O  HOH A 356      4.173  6.061 -15.607  1.00 22.34  0      O 
+
−
HETATM 1545  O  HOH A 357      6.776  7.511 -16.417  1.00 16.66  0      O 
+
−
HETATM 1546  O  HOH A 358      13.027  30.333  2.086  1.00 25.12  0      O 
+
−
HETATM 1547  O  HOH A 359      -4.312  38.871  6.155  1.00 13.75  0      O 
+
−
HETATM 1548  O  HOH A 360      4.226  11.323 -17.624  1.00 14.61  0      O 
+
−
HETATM 1549  O  HOH A 361      22.341  27.132 -10.735  1.00 33.25  0      O 
+
−
HETATM 1550  O  HOH A 362      14.256  10.610 -17.524  1.00  1.88  0      O 
+
−
HETATM 1551  O  HOH A 363      26.542  18.231 -27.104  1.00 26.07  0      O 
+
−
</pre>
+
 
<br>
 
<br>
  
 
<div>-oDis2 のデータ</div>
 
<div>-oDis2 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
00001        1.448131
+
00001        1.447996
−
00002        1.329354
+
00002        1.329491
−
00003        0.065898
+
00003        0.065775
−
00004        0.242259
+
00004        0.242391
−
00005        1.683350
+
00005        1.683475
−
00006        1.741295
+
00006        1.741168
−
00007        1.578647
+
00007        1.578526
−
00008        6.625613
+
00008        6.625490
−
00009        3.641503
+
00009        3.641384
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
00157      12.396332
+
00157      12.396196
−
00158        8.093003
+
00158        8.092867
−
00159        3.598640
+
00159        3.598508
−
00160        3.240102
+
00160        3.239969
−
00161        1.259624
+
00161        1.259487
−
00162        4.195987
+
00162        4.196125
−
00163        7.037725
+
00163        7.037861
−
00164        6.740025
+
00164        6.740162
−
00165      11.073345
+
00165      11.073485
−
00166      16.325317
+
00166      16.325453
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>
−
 
−
===オプション　-===
 
−
====で実行====
 

2014年8月18日 (月) 01:43時点における最新版

pdbTwoProteinFitとは二つのタンパク質の位置を合わせるEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-ires 選択 入力ファイル: ASCII(ResidueInformation) NULL
-isel 選択 出力: Selected residue of in after fitting NULL
-r 必須 参照ファイル: PDB NULL
-rres 選択 参照ファイル: ASCII(ResidueInformation) NULL
-rsel 選択 出力: Selected residue of in after fitting NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-oMatrix 選択 出力: Matrix: ASCII stdout
-oParam 選択 出力: Param: ASCII stdout
-oDis 選択 出力: PDB Distance as Temp: PDB stdout
-oDis2 選択 出力: Distance List for Ca: ASCII stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

入力ファイルと参照ファイルのフォーマット

ResidueNumberToBeFitted
...
If |, all residules are sellected till the residue in the next line


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB2.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


参照ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 -1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション　-ires, -rres

-ires, -rrseを以下のデータで実行
-ires のデータ
1
2
3
4
5
6
-rres のデータ
1
2
3
4
5
6


-o のデータ(白は入力ファイル)

Outdata-pdbTwoProteinFit.png
参照ファイルと同じ角度

Outdata1-pdbTwoProteinFit.png
別角度

重心

最大半径

最大半径(座標)

5.097651e-01 1.932045e+01 1.188975e+01

3.286711e+01

23.93 24.14 28.04


-oMatrix のデータ
       0.058145       -0.998308        0.000001 
      -0.998308       -0.058145       -0.000001 
       0.000001       -0.000001       -1.000000 
      25.311117       26.828215       -0.000868


-oParam のデータ
RMSBefore: 26.607964
RMSSelectedBefore: 9.794701
RMSSelectedAfter: 1.277625
RMSAfter: 17.793636


-oDis のデータ
Outdata2-pdbTwoProteinFit.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


-oDis2 のデータ
00001        1.447996
00002        1.329491
00003        0.065775
00004        0.242391
00005        1.683475
00006        1.741168
00007        1.578526
00008        6.625490
00009        3.641384

-中略-

00157       12.396196
00158        8.092867
00159        3.598508
00160        3.239969
00161        1.259487
00162        4.196125
00163        7.037861
00164        6.740162
00165       11.073485
00166       16.325453



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