「pdbPCA」の版間の差分
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| − | '''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[ | + | '''pdbPCA'''とは[[PDB]]ファイルで指定された原子モデルの軸を求めるための[[Eos]]の[[コマンド]]である。[[主成分分析]]（[[PCA]]）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。 |
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>stdion（設定しなければ標準入力）</td> | <td>stdion（設定しなければ標準入力）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル：計算結果を出力 | + | <td>出力ファイル：計算結果を出力: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | <td>stdout(設定しなければ標準出力）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-oU</td> | <td>-oU</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル：Unit Vector (Array)</td> | + | <td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Array)</td> |
<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-oM</td> | <td>-oM</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル：Unit Vector (Marix3D)</td> | + | <td>出力ファイル：Unit Vector: [[ASCII]](Marix3D)</td> |
<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行38: | 行38: | ||
<td>-oPDB</td> | <td>-oPDB</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル | + | <td>出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル: [[PDB]]<br> |
第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td> | 第１，２，３主成分軸がx, y, z軸</td> | ||
<td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | <td>NULL(設定しなければ出力しない）</td> | ||
| 行79: | 行79: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
| − | + | <pre> | |
$ pdbPCA -i 1VOM.pdb | $ pdbPCA -i 1VOM.pdb | ||
Program Start | Program Start | ||
| 行107: | 行107: | ||
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500 | 3140204.500000 1205074.000000 941588.812500 | ||
#第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分 | #第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分 | ||
| − | + | </pre> | |
| + | <br> | ||
===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細=== | ===[[:Media:Input-1VOM.pdb.zip |入力ファイル]]の詳細=== | ||
| 行165: | 行166: | ||
</pre> | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
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<div>-oPDB のデータ</div> | <div>-oPDB のデータ</div> | ||
2014年6月27日 (金) 04:58時点における最新版
pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosのコマンドである。主成分分析（PCA）により、３つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 選択 | 入力ファイル: PDB | stdion（設定しなければ標準入力） |
| -o | 選択 | 出力ファイル：計算結果を出力: ASCII | stdout(設定しなければ標準出力） |
| -oU | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector: ASCII(Array) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oM | 選択 | 出力ファイル：Unit Vector: ASCII(Marix3D) | NULL(設定しなければ出力しない） |
| -oPDB | 選択 | 出力ファイル：Unit Vectorで回転した原子モデル: PDB 第１，２，３主成分軸がx, y, z軸 |
NULL(設定しなければ出力しない） |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 |
実行例
$ pdbPCA -i 1VOM.pdb
Program Start
(0,0):=1149624.289131
(0,1):=-118627.789270
(0,2):=315483.835955
(1,0):=-118627.789270
(1,1):=2010078.268384
(1,2):=-1021173.592972
(2,0):=315483.835955
(2,1):=-1021173.592972
(2,2):=2127164.855685
nrot for PCA: 11
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871 # 第一主成分の固有ベクトル
0.767707 0.543582 0.339330 # 第二主成分の固有ベクトル
-0.621801 0.503931 0.599514 # 第三主成分の固有ベクトル
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
#第一主成分 #第二主成分 # 第三主成分
入力ファイルの詳細
 |
重心 最大半径 |
6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01 5.314867e+01 |
オプション必須項目のみの場合
-o のデータ
Result
C: covariance matrix
2 3 3
1149624.250000 -118627.789062 315483.843750
-118627.789062 2010078.250000 -1021173.562500
315483.843750 -1021173.562500 2127164.750000
u: unit vector
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
lambda^2: lambda^2
1 3
3140204.500000 1205074.000000 941588.812500
Averege: Center Position
1 3
66.530304 36.237804 -29.722399
-oU のデータ
2 3 3
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
-oM のデータ
0.154886 -0.671246 0.724871
0.767707 0.543582 0.339330
-0.621801 0.503931 0.599514
0.000000 0.000000 0.000000
-oPDB のデータ
 |
重心 最大半径 |
-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01 5.314899e+01 |
